|
|
|
ACCAACGGCCAUACCACGUUGAAAGUACCCAGUCUCGUCAGAUCCUGGAAGUCACACAACGUCGGGCCCGGUCAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAACACCGGGUGCUGUUGGCAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((.(((....))).)).)).)))))))))))))....... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.....(((((((((....)))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...)))))))))))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))).)))...)))))))))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...(..(((((..((....))..))))..).)...)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...(.((((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......((((((.[[[[[[(((((((....)))..))))........))))))...(((((....]]]]]]...)))))...(((((((.....))))))))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......((((((.......(((((((....)))..))))........))))))...(((((((......((((.(((....))).))))....)))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((((((((..((....))..))))..)).)).)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((((......))..))))........)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((((((((((((((((..)))))))))))).))))))))))))))((((((..(((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).))))))))).. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((.(((....))))).))..)))))))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((((((((..((....))..))))..)).)).)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......((((((.......((((............))))........))))))......((((((.............))))))(((((.....))))).))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))).)).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((aaaa.....aaaa(....<<<<<<<<<<))).>>>>.((((...[[...)AAAA{{{{{{)))).((((((((((.>>>>>>...}}}}}}]]...)))))))))).AAAA.. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).)).(((((......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((((((((............))))..)).)).)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((...........(((((....))))).....)))))))))))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.((..((((((((((.((((((((...((..))...)))).)))).))))))))..))..((((((..((..)).....))))))((((((...)))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((..((.((..(..((....))..)..)).)))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.........)))))....((((((.(((....))).(((((.............))))).((((.......)))).))))))..(((((((.....))))))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.........)))))..(((((....(((....))).(((((..[[[........))))){{{{.{{.]]]))..}}}}}}.))).((((((.....))))))........... |