RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01540

RNA: CRW_01540
Rfam family: 5S_rRNA

			GCUUACAGCCAUACUGUCCUGAGCACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGACAAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACUGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(.((((((....(..((((..((....))..))))..).....))))))..)((((((.............((....))...........))))))...........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))))..(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..(((((((..............................))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(..((((............))))..).....)))))).))(((((((...(.(((((.(((....))).))))).).))))))))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..)))...))))))).)(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((((......)))..)))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..)))...))))))).)(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.......(((([[[[[[[[[[..))))..(((...))))))).)))...........]]]]]]]]]]....((((((.....)))))))))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))).)))...))))))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((.(((.....[[[[.)))........]]]]..(((((.((((......)))).)))))....))))))......((((((.....)))))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((.(((.....((((..((....))..))))..(((((.((((......)))).))))).))))))))).......(((((.....))))).)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((...(.((..(..((....))..)..)))..))))))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((....((((((......)))..)))..)))...)))))))..(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((((((((((((((((((..)))))))))))).))))))))))).)(((((((((.(((((((((((...)))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(((((....)))))..)).))))))))))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((.(((.....((((((......))..))))..(((((.((((......)))).))))).))))))))).......(((((.....))))).)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((....((((............))))..)))...)))))))..(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.....((((((............))))..))....)))))))..(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))...
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((.(((.....((((............))))..(((((.((((......)))).))))).)))))))))......((((((.....)))))))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((...........((((......))))......(((((.((((......)))).)))))....)))))).....(((((((.....)))))))))))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((..............................))))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((...(.((..(..((....))..)..)))..))))))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))...((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((...)))).).((((((......))))..))((((((((((((((..))))))))))))))(........).((.(((((((...))))))))))))))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((.(((((......))..)))...))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))).).)))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))))...((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((((((...((.((((......))))..))..)))...)))))))..(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((.(((..........))).((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))......((((((.....)))))))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((........(((..........))).((((....)))).......((((.[[[[.)))).......]]]].))))......((((((.....)))))).))))))))..

---