CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01548



RNA: CRW_01548
Rfam family: 5S_rRNA

GCUUACGACCAUAUCACGUUGAAUGCACGCCAUCCCGUCCGAUCUGGCAAGUUAAGCAACGUUGAGUCCAGUUAGUACUUGGAUCGGAGACGGCCUGGGAAUCCUGGAUGUUGUAAGCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).)))((((((...((.((..(..((....))..)..)).)).)))))))))))))).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......((....(((....)))....))....))))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((((((....)))))))))....))))))))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((.(((....))).)))))....))))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....))).)))))....))))))))))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....))).)))))....))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......(((.[[[(.<<<<<<<<)))........)]]]))...{{{{{{.........>>>>>>>>........))))...}}}}}}))))))))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(.(((.(((....))).))))....)))))))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((((((....((((............))))..)))...))))))...((((((.......((((............)))).....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).)).((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).)))((((((...((.((..(..((....))..)..)).)).))))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....))).)))))....))))))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.(((((((..))))))))))..)))))))((((((....))).)))(((((((.((((((((((.((((..))))))))))))))))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))))))))))))).
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.(..(((....))).)..))...)))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.............[[[[[[[[[[...[[[[[....))))))..............]]]]]]]]]]]]..]]].(((((...)))))..))))))))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((............))))..))....)))))).).((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).)))((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))).))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).)))((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))).))))))))).
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((...((.(((((..((....))..))))).)).))))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(..((((((((..(((..((((............))))..)).)..)))))).)).(((((.........((.(((....)))))........))))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((............)))))....))))))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((............)))))....))))))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((...(((((......))..)))...))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).)))((((((...((.((..(..((....))..)..)).)).))))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))....(((((...((.(((((..((....))..))))).)).))))).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((...((.((..(..((....))..)..)).)).))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(..(((((((((((((..(((((((......)))))))..))))).)))))).)).(((((.....((((((.((((..))))))))))....))))))))))))))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((...(((((......))..)))...))....)))))).))...(((......((.((.(((....))))).)).....)))...))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((..(..((....))..)..))....))))))))))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).)))((((((...((.((..(..((....))..)..)).)).))))))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))..((((.((((............)))).......(((.((((..((((((.......))))))....))))..((((.....)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......(((((.......((((..[[[[[[[[..))))...((((.]]]]])))).((((((....)).))))]]]))..))).((((.....))))..))))))))).