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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01555



RNA: CRW_01555
Rfam family: 5S_rRNA

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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..((......))..)))).)))))))))))))))))).................
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