CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01556



RNA: CRW_01556
Rfam family: 5S_rRNA

GCUAUCGGCCAUACUAAGCCAAAUGCACCGGAUCCCUUCCGAACUCCGAAGUUAAGCGGUUUAAGGCCUGUUAAGUACUGAGGUGGGGGACCACUCGGGAACUUCAGGUGCUGAUAGCUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))...............((.(((....))))).........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))))..(((((..((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))))))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((............)))).........))))))..(((((.......(((((.(((....))))))))......))))))))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((............)))).........))))))..(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......(((.(((((....))))))))......))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(.(((((......((((((............))))..)).....)))))..).((((.......(((((.(((....))))))))......)))).)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))))).)(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........(((([[[[.))))(((......)))....))))))..(((((...........(((((....))))).]]]]....))))))))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.(((((.(((....))))))))..))))))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))))...((((..((((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.(((((.(((....))))))))..))))))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....)))).((......)).....))))))...((((..((((.((((.((((....))))))))..)))))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))................))))))..(((((.......(((((.(((....))))))))......))))))))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).)).((((.......(((((.(((....))))))))......)))).)))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))((((........((.((..((....)).)).)).......))))))))))).)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((......((((((((......))..))))..)).....))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((........((((.....)))).(((....))).....)))))).)(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((............)))).........))))))..(((((..((((.....(((((....))))).....))))))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((...........)))))......))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((......((..((((((......))..))))..)).......))).))............((..(..((....))..)..))..........)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.(((((.(((....))))))))..))))))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....)))).(((....))).....))))))...((((..((((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((..(((((((((((((..(((((((......)))))))..)))))).))))))..)((((..((((((((((.((((..)))))))))).))))))))))))))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((......((..(((.((......))...)))..)).......))).))(((((.......(((((.(((....))))))))......))))))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))(((......)))....))))))..(((((..((((.((((.((((....))))))))..))))))))))))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))))...((((.......(((((.(((....))))))))......)))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....))))((((....))))....))))))..(((((..((((.(((((.(((....))))))))..))))))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....)))).(((....))).....))))))..(((((...(((.(((((.(((....))))))))..))).))))))))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((........((((.....)))).(((....))).....))))))..(((((.......(((((.(((....))))))))......))))))))))))))..