CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01580



RNA: CRW_01580
Rfam family: 5S_rRNA

GCUUACGGCCAUAUCACGCUGAAUACACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUAGAGCCUAGUCAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACUAGGUGCUGUAAGCAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((........(((....((..((((..((....))..))))..))..)))........(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))...))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((.((...((..((((............))))..))....)).))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((.....((((((..((....))..))))..))....)).))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((..((((..((....))..))))..))....)).))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((.....((((((............))))..))....)).))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((....((..((((..((....))..))))..))..))...)))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((((......((((.[[[[[[[[[..)))).......................)))))..]]]]]]]]].....((((((.....)))))))))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((.......((.(((((....))))).)).....)))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((........(((...[[[.))).....]]].....)))...(((..[[[[[.....))).....]]]]]....((((((.....)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...................((((((((((((((..((.((..(((.((........)).))))).))..))))))))).)))))(((((.....))))).)))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((....((..((((..((....))..))))..))..)))........(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((....((..((((............))))..))..)))........(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((....))))).((((((((((((((((((((((....)))))))((((((((....))))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))).))(((((((.....(((.(((((....)))))).))...))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.....))......((((((((((((((..((.((..(((.((........)).))))).))..))))))))).)))))(((((.....))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...................((((((((((((((....................................))))))))).)))))(((((.....))))).)))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((..((((............))))..))....)).))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((....((..((((..((....))..))))..))..)))........(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((...))).))...((((((((((((((.........(((..............))).......))))))))).)))))(((((.....))))).)))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((..(((((.......((((((...........................))))))...))))).....))))......(((((((.....)))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((..........((((............))))...........)))...(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((...(((............)))...))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((....((..((((..((....))..))))..))..)))........(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((..((((..((....))..))))..))....)).))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((..((((..((....))..))))..))....)).))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(..........)....(((((((((((((.(((....((((...))).)...)))(..)..((((..((..)).....)))).))..)))))..)).))))))))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((.((...((...(((............)))...))....)).))).)).(((((...(..((.((.(((....))))).))...).))))).)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......(.......((..((((..((....))..))))..))........)....(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((...((..((((..((....))..))))..))....)).))).)..((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........(((....((..((((..((....))..))))..))..)))........(((((((..((.((..(..((....))..)..)).))))))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))..((((.((((............)))).................(((((.((........)))))))...(((((((.....))))))).)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))).......((((............))))....)))))....(((.(((((.((........)))))))....((((((.....)))))).))).......