|
|
|
AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).))))).....) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((....((((((((..((...((((............))))...))...)))))).))((((((......((.(..(((....))).).)).....)))))))))........ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((....(((((((............))))..)))...)))))))))).(((..(((((((...((((....))))..((....))..)))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...........((((....)))).........)))))))))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......((((((....(((((((............))))..)))...))))))..(((((((......((.(.((((....))))).)).....)))))))))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(((((....((((((((..((...((((............))))...))...)))))).))((((((......((.(.((((....))))).)).....))))))))))).).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.(((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))).).).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((......((.(.((((....))))).)).....)))))))))))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......{{{{{{.......(((.[[[[[[.......)))........]]]]]]))))......(((((((...((((....))))}}}}}}......)))))))....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))..)) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......[[[[[[....[[[[[[[..))))......]]]]..]]]...]]]]]].((((.....[[[[[[[...((((....))))))))........]]]]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((..)))))))))..)))))))))))((((((...(.(((((((((...)))))))))))))))).))))))).))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....)))))).)).)))))))).))))))).)). |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((.......(((([[[[[.......))))........))))))))))......(((((((...((((....)))).]]]]]......)))))))....... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))...... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((........((.((.(((....))))).)).......))))))))))))... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((.aaaa.((((((..{{{{{((((<<<<<<<<<<..))))..{{{...))))))))[[[[[[[>>>>.......))))).}}}...>>>>>>...]]]]]]]AAAA.}}}}} |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((...........((((.((((......((((..........))))...(((((.............)))))))))....))))...)))))...)))))...... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...........((((....)))).........)))))))))))...... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((...((.(((((................((((((....(((((..(...)).))))((((...(((..))).((((...))))..).))))))))).)))))))...))...)... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.(((((....((((((((...(...((((((......))..))))...)....)))))).))((((((.(....((.((.(((....))))).)).)...))))))))))).)..). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((.......((((((......))..))))........)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....((((...................)))).....((((...........)))).((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((.(((.......(((({{{{{.......))))........))).(((([[[[[[[...))))....((((....)))).]]]]]...]]}}}}}.....))).. |