CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01584



RNA: CRW_01584
Rfam family: 5S_rRNA

GUCUACGACCAUAUCACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGAGCGUGGUUAGUACGUGGAUGGGUGACCGCCUCGGAAUACCACGUGUUGUAGGCUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((.((............(((....)))..........)).)))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.....((((....))))))....))))))))))))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((............((((....))))......))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((..((.(..((.(((....))).))..).))))))))))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.....((((((............))))..))....))))))...((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......{{{{{{{{{{{{{....((((.......))))))...[[(((((.......}}}}}}}}.)))))..))))...]]}}}}})))))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..(((..((((............))))..)))...))))))...(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(.((((((((((.((((((((((((((..))))))))))))))..))))))).)))((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)..((((((...(.(((((.(((....))))))))..).)))))).)))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((........((((.....[[[[[..))))................))))))))....((((((...((((..))))]]]]]...)))))))))))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((...((..((((............))))..))....)))))).).(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((.....................................))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......)))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))((((.......(((((..((....)).)))))(....))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((......((((........))))........))))))))))))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((........((((............))))..((...))))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((((.(((..((((((......))..))))..))).).)))))).))((((((.((..((((((.(.((...)))))))))..)))))))))))))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.................(((..((((............))))..)))............(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))...))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))..(((((.((((.......)))).(((............(((..((((.......)))).))).(((....))).)))........)))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................((((((.....[[[[...)))...........(((.....))))))......((((((((((....))))]]]])).))))..)))))))))..