|
|
|
AGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGCUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((((((.((....)))))))).....))))).)))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((....((..((((............))))..)).....)))))...............(((((..((....)).)))))...................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......(((((..(((...))))))))......)))))))))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..(((...))))))))......)))))))))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......(((....((....))...)))......)))))))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......(((((...........)))))......)))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((.(......)...))))..)).....))))).))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.............((((..((((.{{{........))))[[[[...))))]]]]}}}...........(((((..(((...))))))))...........))))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((((((.((....))))))))......))))).))))))).). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((.((((.(((..((((............))))...(((((....))))))))....)))).))))...(((.[[[..))).....]]].....))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).))).((((.......(((((..(((...))))))))......)))).))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))).). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)..(((((((....((((((.((....))))))))...))))))).)))))))).). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).)).((((.......(((((..(((...))))))))......)))).))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.............(((..(((((.((((((((.((((.....((((((..))))))....))))....)))..)))))......)))))........)))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....................((((((......))..)))).(((.......)))...(((((.......(((((..((....)).)))))......))))).)))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(((((((.........(((((......))..)))..........))))).))..(((.......(((((..((....)).)))))......)))..))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((..<<<<<))..((.[[[[[.[[[[[......[[[[..[[[[.))>>>>>{{{(((((..]]]]..]]]]]]]]].(((..]]]]]...))))))))))))))))}}} |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((......((((((((......))..))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......))))..)))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((........((((............)))).........))))).))((((((.(....(((((..(((...))))))))...)).)))))))))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((.((((......((((............))))...(((((....))))).......)))).))))..((((......))))............))))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((...................((((............)))).................(((((.......(((((...........)))))......)))))))))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((.........(((((......))..)))..........))))).))(((.................(....)......((....)).)))))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).))).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.........((((((.(((.......))((((((((((((((.((((.......))))))(((..))))))))))..)))))..(..((.(...)))..).)))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((...((.((......))...))...)).....))))).))(..((.(.....(((((...((...)).)))))....).)))..))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((.((((....((..((((((......))..))))..)).....))))..))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((..(....(((((..((....)).)))))...)..)))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((................))))..((((.........((((((...(((((....))))).)).))))..((((......))))......((((.....))))......)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......{{{{.{{{{.)))).((((.[[[........))))...(((((....)))))((((...)))).]]]}...}}}.........((((.....}}}}......)))). |