|
|
|
GUUGGUGGCCAUACUAAGCCUAAAGCACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGGCUUAAGGCGAGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCUCGUGUUGACAACCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((..........((.(........))).........)))))........... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((........)))...((((..((((((((....((((....)))).((((((((...((..(((....)))...))..))).)))))))))..))))...))))..)))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.....................................))))))..((((((................................))))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).))(((((((.....(((((..((....)).)))))....)))))))))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((....((..((((............))))..)).....))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....))))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))).)))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....((((((......((((((............))))..)).....))))))......)))...))))))(((((....))))).(((..(((........)))..))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((((...(((..((((.(......)...))))..)))....))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))).....)))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.......<<<<<<.....)))))).(((((((((.....)))).......>>>>>>..{{{{{{..........((((([[[.))))))))))...}}}}}}........]]] |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......[[[[[[.....))))........((((.....)))).......]]]]]]..(((((..........((((((....))))))[[[..[[[)))))...]]]..]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((........)))...))).(((.......((((.....))))......))).((((.((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.....((((((...(((..((((((......))..))))..)))....))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))..)))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...........(((((....((..((((............))))..)).....)))))...((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))).....)))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..)))))))(((((((((((((((((...(((((...))))))))))))))))))))))(.((((..((((((((((((..))))))))))))((((((..))))))))))) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((((....((((((.((....))))))))...))))))).))))))))).. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))((((((......((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..........)..(((...(((..((((.(......)...))))..)))....)))((((.((((((......((((.((((....)))))))).....)))))).))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((....((((((........(((([[[[[.......)))).........)))))).)))...((((((((.......((((((....]]]]].)))))))))))))).))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((...................((((............)))).................((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))..)))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))............((.((...(....)..)).))...........)))..)))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((......((((((((......))..))))..)).....))))).))((((((......((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((......((((((((......))..))))..)).....))))).))((((((......((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(...(((((((......((((((.(......)...))))..)).....))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....)))))..)))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.....((((((...(((..((((((......))..))))..)))....))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))..)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....))))).(((...(((..((((............))))..)))....)))((((.((((((......((((.((((....)))))))).....)))))).))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((((........((((............)))).........))))))..((((((.........((((((....)))))).......)))))).....)))).. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...........(((((........((((............)))).........)))))...((((((......(((((...........))))).....)))))).....)))).. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((((........((((((......))..))))..(.....)))))).))(((.........((.((..((....)).)).))........)))))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.....((((((...(((..((((((......))..))))..)))....))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))..)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((.......((.....))..((((((......))..)))).........))))(((.((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).))).)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(.((((...((((.((((..(((...)).((((.....)))).....)..)))).))))((((......((((.((((....)))))))).....)))))))).)...))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(...((..((.(....).))((((((...(((..((..((.(.((((((..))))))).))))...).)..)..))))))(((((((.......).)))))).))...))))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((.((....(..................................................)(..(((.(....(((((...((...)).))))).)...)))))))....).).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((((...(((..((((............))))..)))....))))))..((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))).....)))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.....((((((...(((..((((((......))..))))..)))....))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))..)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((((...(((..((((((......))..))))..)))....))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).....)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....))))).((((.......((((............)))).((((....))))..))))..((((.((.....(((((....))))).(((.....)))......)))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((....))))).((((.......((((............)))).((((....))))..))))..((((.((.....(((((....))))).(((.....)))......)))))). |