RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01616

RNA: CRW_01616
Rfam family: 5S_rRNA

			GCCAACGUCCAUACCAUGUUGAAUACACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAACAUCGGGCGUAGUCAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAACACUACGUGAUGUUGGCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((....(((....)))...))....))))))))))........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))).)))...))))))))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......(((((.......((((.[[[[[[[[[..))))........)))))(((((((..((((....]]]]]]]]])))))))))))...........)))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((......((((.(((....))).))))....))))))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((((((.((((((((((((((..)))))))))))))..)))))))))))(((((((..(((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((((.(((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((............((((((((((((((...((((............)))).[[[[[[......))))))))).)))))..)))....]]]]]].)))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(...((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((.((......((.((.(((....))))).)).....)).))))))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......((((........((((((((((((((...((((............)))).............))))))))).)))))......))))......)))))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.((((((((((((((((((((((((.((........).).)))).)))..)))).)))))))..))))))))))(((.((.......))))).((...))))))))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..........(((((...((..((((............))))..))....))))....)((.(((...(..((.((.(((....))))).))...).))).))...))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((..(..((....))..)..)).))))))))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((.......)))..((((......)))).((((((((.................))))))))...........)))..((((....))))...((((........)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..........(((......((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]]...)))...(((((..((....))..)))))..........)))))))))..

---