CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01620



RNA: CRW_01620
Rfam family: 5S_rRNA

GUCUACGGCCAUACCUAGGCGAAAACACCAGUUCCCGUCCGAUCACUGCAGUUAAGCGUCUGAGGGCCUCGUUAGUACUAUGGUUGGAGACAACAUGGGAAUCCGGGGUGCUGUAGGCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....((((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))).))((((((......((((..(((....))).)))).....))))))))))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...................................))))))...((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))).)))((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.........[[[[[[[[..................))))))...((((((...........((((....))))]]]]]]]].))))))))))))))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((..(((..((((............))))..)))...))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).))).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))).)))((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((((.((((((((((((((..))))))))))))))..)))))).)))((((((.((((((((((.((((..))))))))))))))))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.((((.((((....))))))))..)))))))).))))))))).
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).))).(((((......((((.((((....)))))))).....))))).))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((((((((..........[[[[[[[[[[[[[[[.........[[[[.......))))]]]].......]]]]]]]].......]]]]]]]...))))))))))))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....))))).))).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((.((.((......))...))...))....)))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......)))))))))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))).)))((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...........((((....)))).........))))))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((............(((....)))..........))))))))))))))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).))).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((..(((((((((.(((.((((((((......))))))).)))).).))))).))).(((((.....((((((.((((..))))))))))....))))))))))))))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((...(..(((((.(((....))))))))...).))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))).)))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((.....)))))))............((((.........[[[[[[[..((((...........))))....(((((.(((....))))))))......)))).]]]]]]]...