CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_01623



RNA: CRW_01623
Rfam family: 5S_rRNA

GGGUACGACCAUACUUGGCCGAGUGCACCACAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGCCGUACCCUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))).)).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(.....(((....))).....)....)))))))..........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...................................))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))..)))))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))).)))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(......((((((.....((((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).).)))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))((((((...(..(((((.(((....))))))))...).))))))).)))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((............[[[[[[.......[[[[.)))........]]]]........]]]]]]...((((((...{{{{{{{..((((((....))))))....))))))}}}}}}}....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))))..)))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((...(....)...))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((..))))))))))))).))))))))).)))((((((((.(((((((.((((..)))))))))))))))))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((...((.((..(((((....)))))..)).)).)))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))...((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))))..)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..)))))).....(((((((.(((................((((...)))).........)))...((((((....))))))....))))))).)))))))..
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((...((.(((((.(((....))))))))..)).)))))...)))))))..
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((....(((((((.(......)...))))..))...))))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((..(((..((((............))))..)).)..)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))..)))))))..
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((.......((((............))))........))))))...((((((................................))))))..)))))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((..((....)).)).)).....)))))).))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((...((..((((............))))..))....)))))....((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))((((...(..(((((((......)))))))..)...).))).((((((((((((((..)).)))).(((........))).)).)))..))).)))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((.(....(((((.(((....)))))))).)...))))))..)))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))..)))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((....))))).....(((((((......(((((............)))))...((((.......)))).(((((....))))).....))))))).)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.......{{{{{{...))))..((((...[[[......))))..]]]}}}.(((.....))).(((....)))}}}.((((((....)))))).....(((((.....))))).