RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00078

RNA: PDB_00078
Rfam family: -

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))((...((((...(((((((((...(((((((((..((((...((......((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))))...))))...)))))))))...)))))))))..))))...))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...(((((((((...(((((((((..((((..........(((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))))....))))...)))))))))...)))))))))..)))).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..............(((.(((((.....((((((.((....)).)))))).........................))))))))............)).))))...........(((.............)))....................((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...(((((((((...)))))))))..)))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))......((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...(((((((((...(((((((((..((((....((()))(((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....))))...)))))))))...)))))))))..))))...))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..............((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))(((((((......(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..............((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).((((.....((((((((...(((((((..((.((((((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))......))))))...)))))))....))).))))))))).(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))).((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...(((((((((...(((((((((..((((...((......((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))))...))))...)))))))))...)))))))))..)))).......
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).((((((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))......))))((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))......((((...(((((((((...)))))))))..)))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((....(((((...(((((.(((((((((....)))))))))..((((...))))...))))).......)))))...)))))))..............((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))(((((((......(((((((....(((((...(((((.(((((((((....)))))))))..((((...))))...))))).......)))))...)))))))..............((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(f(((((....(((((...(((((.eeeeeeeee....eeeeeeee(bbb({{{{{{{{{{{{))))).}}cccc)))))...))))))).........((....}}}}..aaaaaaaaa)F)<<<<<<<<<.<<<.))))))))(((((((((((..(((((((....(((((...(((((.)EEEEEEEE....EEEEEEEEE)}}}}}}BBBdddddd))))).DDCCCC)))))...)))))))..[[[.)A..>>>..DDDD..>>>>>>>>>)))AAAAAAAA).]]].))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))..........((((...(((((((((...(((((((((..((((...((......((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))))...))))...)))))))))...)))))))))..)))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..............((((.(.(((((((((...))))))))).)))))...........((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((.(.(((((((((...))))))))).)))))...))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.............((((.......(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....))))..((((.((((............)))).))))...(((((((((...(((((((((..((((..........(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...))))))).....)))))....))))...)))))))))...))))))))).....))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))..........((((...(((((((((...(((((((((..((((...((......((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))))...))))...)))))))))...)))))))))..)))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))).((...((((...(((((((((...)))))))))..))))))......)))).((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))..((...((((...((((((((.....))))))))..)))))).....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((((.((((...((((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.(((.(((((((..)(((((...(((((((...))))))).)).)))(........)))))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...)))))))).).))))))))))).))))..((...((((...(((((((...))))))).)).)).))...)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....((...(((..((....(((..((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))).)))...))..)))..))..........((((...((((((((.....))))))))..))))...........((((((...(((..((....(((..((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))).)))...))..)))..)).))))......(((...((((((((.....))))))))..)))....))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))..........((((...(((((((((...(((((((((..((((...((......((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))))...))))...)))))))))...)))))))))..)))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...............))))....(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....((((.((....((((....))))))))))....(((...((((((((.....))))))))......(((((....))))).)))...(((..........)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....((((.((....((((....))))))))))...((((...((((((((.....))))))))..)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...............))))....((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))))....((((.(([[[..(((....))).))))))...]]]....((((((((.....)))))))).((((.....))))....((((...............))))....((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))))....((((.(({{{..(((....))).))))))...}}}....((((((((.....))))))))..(((.....)))

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