|
|
|
GACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGGAGACUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCCGAAAGGGAGUUGGAGUACUCGGACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGGAGACUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCCGAAAGGGAGUUGGAGUACUCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.((((((....((((.........((((((((((((..))))))))))))((.......)).................))))...)))))))))).))))...((((((...((((((........))))))..))))))..........{{{{..)))))))..((((((.....))))))........}}}}...((.((((((((..)))))).))......)).(((((((((......((((.(((((.....((((.((...(((..(((.((((((..)))))).)))..(((.....)))....)))........))))))....))))))))).......(((((((...((((((.((..)).))))))..)))))))....[[[..[[[[)))))))))..((..((.....))..))........]]]].]]]....((((((..))))))............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.(((.(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...((((((((.(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...)))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))......(((((....)))))...((((((((............((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((....(((.....(((((((.....)))))))....)))..))))......(((((....)))))...)))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................((((.((...((((................(((..(((......(((((((((....)))))))))..........................))).)))...............)))).....((((...((((((........))))))..)))).................)).))))..((((((.......))))))...................(((((....)))))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((.(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).)))))(((...(((....((((.....))))....)))...)))(((((....)))))...)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))(...((((.(.((((((((....)))))))).)))))).........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))....(.(((((....)))))..)((((((((.((((.......((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))....(((((....))))))).)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...((((((((.((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))......((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...)))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))......(((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)((......))..........((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....))))....((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...((((((((...((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...)))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))..........(((......(((((....)))))...[[[[[[[[.))).(((...(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...]]]]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........))).....(((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))........................((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))(((((....)))))...((((((((.(((.......((.(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))))))))).)....))).)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((.(((...(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).)))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((((.((.......((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))))).)).(((((....)))))...)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((((((((((((.((((...((((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.((...((......)).(....((((((((..))))))))..((((......)).))(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))..).(.((((((..))))))...(((..)))..)(((.((...))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...)))))))).).))))))))))).))))))((...((((...(((((((..))))))).)).)).)).((..(.(.(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))))..))((((((..)))))))))))..).)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))..(((((....)))))...)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...)))))))). |