|
|
|
GACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGGAGACUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCCGAAAGGGAGUUGGAGUACUCGGACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGGAGACUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCCGAAAGGGAGUUGGAGUACUCG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.((((((....((((.........((((((((((((..))))))))))))((.......)).................))))...)))))))))).))))...((((((...((((((........))))))..))))))..........{{{{..)))))))..((((((.....))))))........}}}}...((.((((((((..)))))).))......)).(((((((((......((((.(((((.....((((.((...(((..(((.((((((..)))))).)))..(((.....)))....)))........))))))....))))))))).......(((((((...((((((.((..)).))))))..)))))))....[[[..[[[[)))))))))..((..((.....))..))........]]]].]]]....((((((..))))))............
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.(((.(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).))))))))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...((((((((.(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...)))))))). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))......(((((....)))))...((((((((............((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((....(((.....(((((((.....)))))))....)))..))))......(((((....)))))...)))))))). |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................((((.((...((((................(((..(((......(((((((((....)))))))))..........................))).)))...............)))).....((((...((((((........))))))..)))).................)).))))..((((((.......))))))...................(((((....)))))............ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((.(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).)))))(((...(((....((((.....))))....)))...)))(((((....)))))...)))))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))(...((((.(.((((((((....)))))))).)))))).........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))....(.(((((....)))))..)((((((((.((((.......((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))....(((((....))))))).)))))))). |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...((((((((.((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...)))))))). |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))......((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...)))))))). |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))......(((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)((......))..........((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....))))....((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...((((((((...((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...)))))))). |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))..........(((......(((((....)))))...[[[[[[[[.))).(((...(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...]]]]]]]]. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........))).....(((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))........................((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))(((((....)))))...((((((((.(((.......((.(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))))))))).)....))).)))))))). |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((.(((...(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).)))))))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((((.((.......((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))))).)).(((((....)))))...)))))))). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((((((((((((.((((...((((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.((...((......)).(....((((((((..))))))))..((((......)).))(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))..).(.((((((..))))))...(((..)))..)(((.((...))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...)))))))).).))))))))))).))))))((...((((...(((((((..))))))).)).)).)).((..(.(.(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))))..))((((((..)))))))))))..).)). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((...((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))..(((((....)))))...)))))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...)))))))). |