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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00079



RNA: PDB_00079
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((....((((((((.((((((....((((.........((((((((((((..))))))))))))((.......)).................))))...)))))))))).))))...((((((...((((((........))))))..))))))..........{{{{..)))))))..((((((.....))))))........}}}}...((.((((((((..)))))).))......)).(((((((((......((((.(((((.....((((.((...(((..(((.((((((..)))))).)))..(((.....)))....)))........))))))....))))))))).......(((((((...((((((.((..)).))))))..)))))))....[[[..[[[[)))))))))..((..((.....))..))........]]]].]]]....((((((..))))))............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.(((.(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).)))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...((((((((.(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((..(((....(((.......)))....)))...)))(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))......(((((....)))))...((((((((............((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((....(((.....(((((((.....)))))))....)))..))))......(((((....)))))...)))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................((((.((...((((................(((..(((......(((((((((....)))))))))..........................))).)))...............)))).....((((...((((((........))))))..)))).................)).))))..((((((.......))))))...................(((((....)))))............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((.(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............).)))))(((...(((....((((.....))))....)))...)))(((((....)))))...)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))(...((((.(.((((((((....)))))))).)))))).........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))....(.(((((....)))))..)((((((((.((((.......((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))....(((((....))))))).)))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...((((((((.((((........[[[[......)))).....]]]](((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).(((..[[[)))...]]].(((.....[[[[...((((((((....)))))))).....)))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))]]]]..(((((....)))))...)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......))))......((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).((.((...((((...((((((((....))))))))..)))))).)).....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((((.((...((((((...(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...)))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......))))......(((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)((......))..........((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))).(((((....)))))...((((((((.(((..((......(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....))))....((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).))))))))))).....))))).)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...((((((((...((((((..(((((((.............((((............((((((((....))))))))))))))))))).................))))))....(((((...............((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))).(((((....)))))...)))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((..(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))..........(((......(((((....)))))...[[[[[[[[.))).(((...(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...]]]]]]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((........))).....(((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))........................((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))(((((....)))))...((((((((.(((.......((.(((((..((((((.....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((....)))).........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))))))))).)....))).)))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((..(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.(((.(((...(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))...((((....))))))).)))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((...((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))................(..(((((....)))))..)((((((((((.((.......((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))))).)).(((((....)))))...)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((((((((((((.((((...((((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.((...((......)).(....((((((((..))))))))..((((......)).))(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))..).(.((((((..))))))...(((..)))..)(((.((...))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...)))))))).).))))))))))).))))))((...((((...(((((((..))))))).)).)).)).((..(.(.(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))))..))((((((..)))))))))))..).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((...((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...((((((((....))))))))..))))..........((((...((((.....(((((((.....)))))))....)))).)))).)))..(((((....)))))...)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...((((((((.....(((....((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))))........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))...)))))))).