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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00187



RNA: PDB_00187
Rfam family: -

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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...)))..)))))..((((((.............(((........(((((.((((((((((((((((.....((((((((((((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).((((((((((.(((((((((((((((..((((.((((((((..((((((....)))))).((((.((((((((.((((.(((..(((.((((((((.(((((....)))))))))))))...)))))).))))...(((((((.....(((.........................(((.......))).)))...)))))))..((((((((((((........(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((.....(.((((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....)))).......))))))))))))))((((((..(((.((((((((.((((.....((((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))......((((((((....(((((...((((.((..(((((.(((....)))...)))))..))))))......(((..[[[[[[)))]]]]]]............(((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....))))))))))....))))))))....(((((((.(((....))).)))))))....(((......))).{{{{.))))))..}}}}(((...(((((((...))))))))))(((((....))))).........(((((.(((((.......))))).))))).....))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.........(((((..........)))))......))))))).)))...))))))))).....))))).((((((.......))))))....)))))........((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((.(.((((..(((....))).).)))..)))...(((((........))))).)))))....(((.((((((........)))))).)))((((((((((.(((((((.....(((((((((........(((((((((.((.(((...))))))))...((((..(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))..)))).)))))).........)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......)))))(((((((.(((((.((((.(((((.....(((....)))))))).(((((((...)))))))......((((((..........))))))............(((((((.....(((.....))).......))))))).........(((................))).(((((....))))).......................(((((((....).))))))...)))).))))).)))))))(((((.....)))))((((((((...(((((..........)))))(((((.....))))).((((...))))....(((((((....)))))))....))).)))))....((((...........)))).))))))).)))))))))).))))))).)))))...(((((.(((((...((((((.....))))))..(((((...))))).))))).))))).....))))))))))))..)).)))))).)))))))))).((((((....(((((((...........))))))).....((((((((((.((((((((...))))))))................).)))))))))..((((..(((.(...))))..)))).(((....))).............(((((((.((........)))))))))...(((........))).))))))........)))))))))(((((((.........)))).)))..))))))....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........)))((((((...((((.(((.(((((((....))).))))(((((.((.((...((((.....((((((((...(((.(((((((...(.((.......(((.......))).......)))(((((((((((((....))))))...)))))).)....((((((...)))))).(((((...........)))))).)).)))))))......))))))))..))))...)))))))))(((((.......)))))....))).))))))))))((((((....))))))))))))(((((((....)))))))...))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..((.((((((.(((.....))).)).)))).))......(((((((.......(((((.(((((.((((((((((.....((((((..(((((((..((((...((((....))))((((....)))).((((....))))((((..(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).(((((.(((((((((((..((....(((.......((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).)))))))))...))...))))))))...))).....)))))....)))).).)))......(((......((....)).....))).......))))))).(((((((....((((((......(((.(((((.....((((((((((((((....).)))))))))).))).......((((.(.(((((((...(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......)))))))))))))..(((..((((.(((.(((...)).).))).))))....(((((......)))))..)))...))..))))).).)))).....))))))))...((((((.((((((..((..........))..)))))).)))))).))))))(((((.((((.((((((((..(((((((((...((((.((((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....)))))).).)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((....((((((...(.(((((((.........((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))))))))....((((((((.((((......((((((........(((..((((((((...))))))))))))))))).)))).(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))....(..(..((((((...........((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...((.....)).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))))))))..)..).(((((........))))).))))))))...))))))).))))))).................((((.....))))...))))).)))).)))))..))))((((((...((.....)).))))))...)))))))))))).))))).)))))))..)))))).....(....).(((.(((((((((...(((((.((..((((((....((((.((((...(((((.((((((...(((..((((((.(((((((.(((.(((((.((((....((((((((.((.....((((......(((((.....(((....)))))))).(((((((...))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))))))..........(((((((....)))))))...)).)))..((((..((((..((...))..))))......)))).))))))).))))))(((((((..(....)..).))))))..))).)))))).(((((((((((...((((..(((((..(((((((......)))))))..((.(((((((((..(((((.((((.((((....((((((...........))))))))))...))))..(((.(((((((.....)))))))...)))((((.((((........))))...)))).)))))...))))))))).)).)))))..)))))))))......))))))....)))))..)))).)))).))))))..)).))))).(((((..((((...((....((((....))))..)).))))..)))))...))))))))))))...))))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))))........(((((((((...((((.(((.(((((((....))).)))).((((....((...((((.....((((((((.(((((..(..((((..((.(....).)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).))))))))..))))...))..)))).(((((.......)))))....))).)))))))))).))).......))))))).)).(((((((....)))))))...))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........................................................................................((..((((..((..(....(((....))).((((....))))...((((...((((((...(((((..(((((......))))).)))))......................))))))....)))).)..))..))))..)).............(((((((.(((...((((((....))))))(((......))).................((((((....(((......)))...))))))..........)))......((((..(((.(((.((((........((....))...............((((....)))).......(((.............(((((.....((...(((((((((....).))))))))(((((((.......((((((((((((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))..((((..((((((...(((((((..((((..((((..(((((......)))))(((((((((.....))).))).)))........)))).)).))..))))))).(((.....)))......)))))).....(((((..(((((((.....................................................((((......)))).......................................(((((((..((....))..))))))).........................................(((((.....)))))...........................(((((.(((((.......))))).)))))....................................................................((((...((((((((((((((((...))))))))....((((((((((..((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))).((.(.(((((((((((((((.......((((((.......))))))..((....)).....(((((((((((.....((((((.............................(((((.((((..((((........(((((........)))))......................................................))))..)))).)))))........((((..(((..(.((.....))).)))...((((..(((.((((...((((((((.((.((.(.((..(..(....).)..)).).)).))..))))))))..)))))))..))))...))))...................(((((..((((......))))..))))).........((((((((.........(((.......(((......(((....))).)))..(((((((...))))))).))).....((((((((((((....................(((((.((...(((.....)))...))...)))))...((((.(((((.((((....)).))..))).)).((((..(((((.......................((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....))))))..))))....))))...)).))))))).)))....))))))))..................((((((......))))))...........)))))).....))))).)))))).)))).))).)))))))).).))....))))))))))...((.((((((....(((((((((((((((...(((((...((((..(((((..(((((((......)))))))..((.(((((((((..((((((............(((((((...........))))))).....((((((((((.((((((((...))))))))................).))))))))).......))))))...))))))))).)).)))))..)))))))))...((((((...)))).)).....)))))))))))...........((((((....)).)))).))))..))))))))...)))))))))))))))))))..)))))...)))).)))))))))).))(((((((((((......))))))).))))(((((.....))))).......)))))))..))..))))).(((((((....))).))))...))).....))))))).))).))))...)))))))...............(((((.(((((.((...(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))..))......((((((((..((((((.(((....(((.(((.........((....................)).(((((.......)))))......)))..))).....))).)))..)))..)))))))).))))).))).)).......))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..((((.((((((((.(((....)))))...)))).)).....((((......))))....))))..))..((((((.(((...((((((((((((...((((..((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((......((((((((..(((((...((((((((.((((...(((..(((..((........((((((((......((((((....))))))..(((...((((....).)))....(((..(((((((..(((.(((.((((.(((..((....))..)))))))...))).((((((.....(((((((......((....))..((((((.......((((....))))...................(((((.(((.......))))))))))))))....))))))).(((((((.......(((((((((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))........((((..((((((.((((..(((((((....(((((......)))))(((.((((((...)))).)).(((....((.(((..(((.......)))..))).))...)))...))))))))))..)).))))))))..(((((.((((.((((((((..(((((((((...(((..((((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....))))))...)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((...((((((....(((((((...))))))).((.((..(((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))..))))..........))))))...............((((((((...((((((((...))))))))..(((((..(((((((((((((.((......((((..((....))..))))...)).)))))).(((((.....((((((...........((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...(((...))).))))))))..))).((.(((......)))))..)))))))))))).......(((((........))))).((.(((((.....))))))).....))))).))))..)))..)))))..))))))))..))))).)))).)))))..))))((((((.............))))))...)))))))))))).))))).(((((....)))))....)))).....(((.((((((((....((((..((..((((((....((((.((((...(((((.((((.(((.((.(((....((((..(((..(((..(((.((((....((((((((.((.....((((......(((((.....(((....)))))))).(((((((...))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))))))...)))....(((((((....)))))))........))).))))....))))).)))....(((((((.((((((.....(..((((..(((((((......(((((.....(((((....)))))..)))))..)))))))..))))..)...(((((((......)))))))..((.(((((((((..((((((.....((((....((((((...........))))))))))..(((((((((..((((((((...)))))))).....((......))...))))))))).......))))))...))))))))).)).(....).))))))))))))).))))(....).)))))..)))).)))).))))))..))...((((((....)).)))).)))).(((((((((((.........)))..))))))))))))))))))).))))))))))).)).((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).......)))))))..))))))....(((((((....))).)))).))).....))))).))..)))..)))..))))))))......((((........))))..))..))).)))..)))).))).((((((((((((....))))))...))))))..)))))...))))).((....(((((...........)))))....))...........))))))))..(((.....)))....))))))))...)).))))))))))..((...(((....)))...))..))).)))))).(((((((....)))))))...))))))))).