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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00195



RNA: PDB_00195
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((())))))))))))))(((((((((((((())))))))))))))(((((((((((((())))))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..((((((((((((..((((....))))..))))))))))))..))))))))))))..))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..((((((((((((..((((....))))..))))))))))))..))))))))))))..))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..((((((((((((..((((....))))..))))))))))))..))))))))))))..))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..((((((((((((..((((....))))..))))))))))))..))))))))))))..))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..((((((((((((..(((((())))))..))))))))))))..))))))))))))..))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..))))))((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((((((((....((((((((((....))))))))))....))))))))))....)))))(((((....)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..))))))))))))..))))))((((((..((((((((((((..))))))))))))..))))))
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((((....)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))))(((((....)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((................(((((((((.....[[[)))))))))...........]]]..))))................
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((((((((....))))))))))....((((((((((....))))))))))....)))))(((((....)))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))(((((....)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..)))))).((((....)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..))))))((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....)))))((((((..((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))))..))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((....))))..(((((((((((....)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....))))).(((((..(((((((((((....)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))).