CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00343



RNA: PDB_00343
Rfam family: -

GGGCGGCCUUCGGGCUAGACGGUGGGAGAGGCUUCGGCUGGUCCACCCGUGACGCUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((.(((....)))...((((((((((.((((..))))))))))).)))...))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((...(((....)))..))))).)))..)))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((...(((....)))..)))))).))..)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....((((........((((...(((....)))..))))))))...)))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....((((.........(...................).))))...)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((....))).....((((((...(((....)))..))))))......))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....((((........((((...(((....)))..))))))))...)))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....))).....((((((...(((....)))..)))))).....)))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((...(((....)))..))))).)))..)))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..)))).(((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...(((((.(((..(((....)))..)))).))))..)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..)))).....((((((...............)))))).....)))))
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((...(((....)))..)))).))))..)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...(((((((.(..(((....)))..)))).))))..)))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.....(((((((......((((...))))..)))))))..)))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....((((.....((((.((((...)))).)))).....))))...)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((..)))......(((((((.(((((..))))))))))))(...))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...(((((.(((..(((....)))..)))).))))..)))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((..(((..(((....)))..)))..))))..)))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((..((.......))..)))).))))..)))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....)))...((((((((..((.......))..)))).))))..)))))