|
|
|
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..((((........))))((...............))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))(((.............)))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((((.((((((..((((((...))....))))..))))))........((((((((....))))))))..)))))))))).((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((..(((((((....))))))).((((....(((..((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((.((((((((((....))))))))........)))))))))))..))))..))))))...))))..))))))...)))..((((((((....))))))))))))..))..)))))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......................((....((((.....((.................((((((((....))))))))............................((((..........(...........).((((((((....))))))))............................))))..........((.........)).((((((((....))))))))..........................................((.........)).((((((((....))))))))......................))....)))).....)).................)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....)))))))..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....)))))))..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(........(..((((((..((((..((((((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..)))(((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..)))(((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..)))(((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..))))))...))))..))))))....).).)))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........[[[[.[[[[[[..[[[[..)))))))..]]]]..]]]]]]..]]]]..((((((...[[[[[))))))......]]]]]..((((((..((((.....[[[[..))))..))))))......]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((.(((.((((((.(((((...........))).))))))))..))))).((((((((....))))))))......((.(((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......((.(((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....)))))).....)).).)))).))))).))))))..))))))...))).))))))))..))))).((((((((....))))))))......).)))).))))).))))))..))))))...))).))))))))..))))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((...........<<<<<)))....>>>>>.......(((.......)))..(((((((....))))))).....(((...........{{{{{)))....}}}}}.......(((.......)))..(((((((....))))))).....(((...........bbbbb)))....BBBBB.......(((.......)))..(((((((....))))))).....(((...........aaaaa)))....AAAAA.......(((.......)))..(((((((....))))))).....(((...........[[[[[)))....]]]]].......((.........))..))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((.(((((....(((..((((((...(((....(((((..(((...((((((((....)))))))).........))).)))))....)))..)))(((...(((....(((((..(((...((((((((....)))))))).........))).)))))....)))..)))(((...(((....(((((..(((...((((((((....)))))))).........))).)))))....)))..)))(((...(((....(((((..(((...((((((((....)))))))).........))).)))))....)))..))))))...)))....)))))..)))...)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((...((((((((((((((((....)))))))...((((((((((......(((((.......))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))...((((((((((......(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))...))))))))))......(((((.......))))).....))))).))))..)))))(((((((....)))))))...))))))))))......(((((.......))))).....)))))...)))))))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((....))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((.[[[[[[.[.[[[..[[[[[[...[[[[.(((((((..<<<...((((((((....)))))))).........<<<.)))))).).............................)))...((((((((....)))))))).........(((.............................(((((((..>>>...((((((((....)))))))).........aaa.)))))).)....................{{{{{{{..)))...((((((((....)))))))).........>>>.}}}}}}.}]]]]..]]]]]]...]]]..]]]]]]]..AAA...)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..((((..((((((((....))))))))((((....((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..((((..((((((((....))))))))((((....((((.((((((..((((...........))))..))))))..))))..((((((((....))))))))))))....)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))..((((((((....))))))))))))....)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))..)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(......((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))).)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((........))))..((((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((((((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........((((((((....))))))))..)))))))))).))))))..))))..))))))...))).))).))))).((....)).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((...((((((((....))))))))((((.(((((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).)......)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..)))...((((((((....)))))))))))).))))))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..)))...((((((((....)))))))))))).))))(((.((((((..((((...........))))..))))))..)))...)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((........))))((((((...(((.((((((....((((((...)..)))))((((((((.(.(((((((..((((........))))((((((...(((.((((((....((((((...)..)))))((((((((.(.(((((((..((((........))))((((((.......))))))....((((((...)..))))))))))))).).)))))))..((((........)))))))))))))....))))))....((((((...)..))))))))))))).).)))))))..((((........)))))))))))))....))))))....((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........................................................((((((((....))))))))........................................................((((((((....))))))))........................................................((((((((....))))))))........................................................((((((((....))))))))........................................................)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((..((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..(((....))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((........)))).(((((.......))))).))))).(((.......)))......(((....))).(((..((((........)))).(((((.......))))).))).(((((.......))))).((((((....))))))...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).((((((....))))))...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).((((((....))))))...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))<<<<<(((((.......)))))))))))).(((((.>>>>>...[[[)))))..((((.(((((.]]]...))))).....(((((.{{{{{.)))))(((((((....)))))))..((((.}}}}}..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).((((((....))))))...))))...(((.......))).(((...((((....))))..(((.aaaaa.))).((((((((....)))))))).((((.AAAAA..)))).(((((.......))))).))).(((((.......)))))........... |
