|
|
|
UAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUCGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGAAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUGCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUCCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGGGGUCUUAAGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGGACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGGACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUGGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAUUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCGGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAACCCGGUUCGCCGCCACC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((..(((((((((.((.....(((((((.ee.eee.)))....(((((((((((((EEE.EE.)))...))))))))))..))))...(((...)))....(((((.....))))).))..(((((((((((((......)))).))))))).))....((..((.....))...(((((((.(((((...))))))))))))...(((.((.((...(((((..))))).....)).))..(((((((((....((((((((.((((((((((....((((......)))).((......ddd.....))DDD..))))))))))..)))))))).))))))).)).....(((((((((......))))))))).....(((((.bbbbbb)))))..)))))......))))))).)).............(((((..)))))..)).........(((((...))))).............)))))))))))))))).......((((((((((......(((((((((..((((.((((((....))))))..)))).))))))))).....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((.(((((.....))))).))))...(((..))).....(((((((((((..))))))))))).((((((....))))))...)))))))))))))..(((((((((((((.....(((((((((.((((((((((((((((..)))))))))))).))))..((((.(((.((........)))))))))...)))))))))...(((.....)))......))))))).))..))))..(((((((((((((((....)))))((((((((((((((.(((((((((.(((((....((((((...))))))..)).))).))))))))))))....)))))))))))...((((((((((.....)))))))))))).((((......))))..(((((((..(((((((.....[[[[[[.....[[...........(((.((((((((((...((..(((((()))))).)))))))))))))))..........)))]]....]]]]]].))))..)))))))(((((((((...)))))))..))..))))))))((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)).....))))))(((...(((.......((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....(({{{(((..((((((((((.....)).))))))))....)))..(((((........)))))))((((((((.....((((((((((((((((((.((((((((((((..cc.))))))(((((((((..((((((((((.(((.....)))..))))))))))...))))))).))((..)))))))).))))))))))......)))))))))))))))).}}}..)).....((......)).))))..(((((...)))))..))))...((((....((((((((((((...............((((((.((((..))))..))))))(((((((((.....)))))))))............(((((((((...((.........))..((((((((((.((((((..)))))).))..)))))))).((((.(((..(((((((..((((...((((((....))))))...)))))))))..)))))((...))....................(((((.......)))))..........))))...)).))))))).....)))))))))))))))))))..))).((..<<<<<......))>>>>>..((((((((.(((.((......((((.((((((..(((((((((((((((((((..)))..((((((..))))))..))))))))))).)))))...((.......))..((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((..)))))))....((...aaa))....)))))))...((((((((((.......)))))))))).((((..)))).))AAA....((.(((((.(((((.BBBBBB))))))))))))........))))..))))))......(((((.(((((((((..(((.....)))..)))))))..))))).))......((((((((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).))....((((((((..)))).))))....))..)))))))))))...((((((..(((((..((((((((((.(((....)))))))))))))(((((...(((((..((((((((((CC..)))))...)))))..))))).))))).(((((..(((((..(((.)))....)))))..))))))))))......))))))...(((((((((((.......)))))....(((((((((((((..((((((((((..)))))))))).))))).))))).)))...))))))...((((((....((((((((.....(((((((....((....)).))))..)))...)))))).)).(((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((....(((((((((((((.((((((((..(((((..((...((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).))..))))).........((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))).((((((((((((((((....((((..((...))..))))..(((....)))..............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.....(((.(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))))).........(((...)))((((((((((.....))))))))))...(((.((((((((..(.((((((((..(((........(.((((((....)))))).)....((((((((((.((........))))))))).)))(.((((((((...(((.........))).)))))))))...)))..)))))))))...(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((.((((((((((((((..((((......)))).(((......(((((((((...((.....)).(((((((...(((..(((..(((((((((((.((....(((..(.....)..)))..((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)).....((((((......))))))..))))).).).))))))..))))))....)))))))..))))).)))).((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)))......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..(((((((..(((.(....)..))))))))))..(((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).))).....((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))..(.(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..))).).)))).....))))))).))))((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..)))......) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....(((((((((((((.(........((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...)))..........(((......(((.....)))..)))...((((((.....((....))......))))).)....................((((((.....((.....))....)))))).((((.........((((....))))..(.(((((......(((((...(((.........(((((((....(.((((......)))))........(((.......)))....))))))).........))).)))))))))).)...(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))).....)..)))))).))............((((((........))))))......(((......)))..........)))))....)))))))))).(.((.(((((((((((.....((((...........))))(((((....)))))............(((....))).))))))))))).)).)(((......(((((((.....(((((((((((((..(((...(((((...)))))...)))...((....)).....((((...(((....)))...)))).(((((......)))))...))))))))))))).........((((((...(((((((((((...(((...(((((((....)))))))....))).....(((..((.............)).)))....)))))))))))(((.......))).....))))))......))))))).........(((((....))))).((((....))))..(((((((((...(((.....(((.......)))...)))....)))))))))((((((((((((((((...((((.(((((((...(((((((...(((((((((..((.(((((.(....((.......)).....).))).....))))..))))))...(((.((((........)))).))).((((((((...........(((((..........((..(((............)))..)).....(((((.......)))))............))))).((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).......(((((((.((((.............((((((.......))))))......)))).).))))))(((((((...........)))))))....))))))))...((((((............))))))....)))...)))))))......)))))))(((((((((((....)))...((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............)))))))).............((((((..((..((..(...(((....))).)))))))))))......(((((((..(((....(.........).)))...(((((....)))))....((((((((.....))))))))..(((((((...........(((((................((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....(((((..(((.....((((......)))).....))))))))....))))))))))).(((((........)))))(((((.......)))))..((.....(((.....)))..)).)))))))....)))))))..))))...........((((((........))))))((((((((..(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((.((((....))))((((....)))).....)))))))....)))).......(((.....(((((((((.......))))))))).)))...((((((((.(((((....)))))...)).(((....)))...))))))....((((((((((.......)))))))))).(((....)))((((.(...).))))....(((((.......)))))..............)))))..)))))))...........((((((((...((.......))...))))))))...............(((((((((((..((.((((((......))))))...))..((((.....))))......)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))).))))))))(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...(((....(((((..(((....))).....)))))....))).)))))..(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))).....)))))))).)))...))))).......(((((((.....(((((..........)))))....))).))))...........)))...((((((....((((((((......((((((.............))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((())))).....(..(((((..(((((...........))))).))))))...((.((((((...(((.......)))......)))))).))((.......))....(....(((((.....)))))...)...(((((..(((((......))))).))))).......................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..((((((......)(((.....(((.((((....)))).)))))))...((((((((((.((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..))))))..(((......(.(......((((((.........(((((((......)))))))......((((....))))..((........))..................((.((((((((((((.(..((((((..((......((.(((((....)))))..)).....)..))))..)))))))))))))))).))(((....))).(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).......)))))).........(((((....)))))..(((((((..(((.(((((((((...(((.(((((())))))........)))....))))))))))))....)..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))....(.((((((....)))))).)............((.((........))))((((((((...((((((((...(((.........))).))))))))..........((((((((((((((.......)))))........((((..(((.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).).))..))))..((((...((....))....((((((.......))))))))))...)))))..))))((((((((..((.....))))))))))...))))))))(..((((((.((.....))..)))))).....)(...(((((........)))))....)...................(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))(((((((...(((..(((..((((((..........((((..((((..........((.....((((..((((...((.((((.......)))).))))))))))(..(..((((((((.((((............((((.(((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))....).))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((.(.(((....))).).)..))))))))((.(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..))))))))).))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))..)).....((.......))))))...)))).......))))))..))))))....)))))))........((((.((((((((.((((....))..((((....))))..)).))))))))..))))))))))))).))))).(((((((((.......))))))))))))...(((((((((.((((((..))))))...)..(((....)))..)))))))).(.(((((((((((.....))))))))))).).....))))))))).(((....(((((.((((((.....)))))))))))...........))))))))))))...........((((((((...((.......))...)))))))).............))))))..(((.((((((((((((......)))))).)))))))))).)...)))...........)))))..)))))....))))))))..))))).)))))))))...............(((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......))))))))).))))).((((((.....))))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).)))......((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((....(((((..((((((.((((((((((((((........((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).........)))..(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..((((((((((......((((......)))).....(((.((((....)))).))).)))))))..((((...)))))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........))))))...............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))).....((((((((((((....((((.[[[[......))))(((((....)))))............]]]]......))))))))))))..((((....))))(((((((....((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...))))))))))))))........((((((((((((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))))))..))))))......)))))))...((((..[[[[))))..]]]](((((....))))).(((((((((.......((((....)))).[[[[[[[[......)))))))))...]]]]]]]].(((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..[[[.........))))))......((((((....))))))]]]...(((.[[[[...)))..]]]].(((.[[[[[)))...]]]]]..((((((.....(((..[[[..)))..]]]......(((..[[[....[[[[[)))....]]]]]......]]]...))))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........(((..[[[[...........))).((((((.......))))))]]]]...........(((.[[[[[[[)))........]]]]]]].........(((((.((((((.......[[[[[))))))....))))).(((((........)))))..((((....))))...]]]]].((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........(((......[[[[[)))..........]]]]].((((((......(((....))).((((....((((.....((((((((.((((........((((((((((.....(((....))))))))((((((((((...)))))))))).....)))))..(((((((.....(((((((((.......((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).....((((((......))))))(((((.......))))))))).....)))))......)))))))....)))))))))))).)))).....((((((......)))))).))))...)))))).((((.[[[[[.....)))).....]]]]](((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))......(((((.[[[[((((((((.......))))))))))))).......(((..(((((....)))))..)))]]]]..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))(((...[[[[))).....((((((.....))))))...(((((((..........................))))))).]]]]..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).)))))((((........)))).....((((......(((((((....))).))))(((((((((((...))))..(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....))))))).))))((((((........[[[[.))))))......]]]]........((((...(((((((((......)))))))))[[[[[[[..))))......]]]]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((......(((((..(((((...........))))).)))))((..((.((((((...(((.......)))......)))))).))..)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...)))))).(((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((..((.........(((((....))))).........))..)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....)))))).((...((((((((((.((........))))))))).)))..))..((((...(((.........))).)))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))((((.(((((.(((..(((((((((.......))))))))).))....((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))).(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))(((((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).)))).)))))))))))...((((......)))).(((((((((((...(((...))))))))).)).))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((....................((((((...(((.......)))......)))))).......................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).)))))...................................(((........)))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((......((((......))))......((.((((....)))).))dd)))))))..DD..........((..((((......(((((((........)))))))......bbbb))))...))BBBB..............)))))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))...((.((((((((((((....((((((.............(((((....))))).............)))..))).)))))))))))).))((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))......)))))))...))))))(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))........(((((((...(((((((((((((.....)))))))))).)))........(((((((((((.........((((......((((((....))))))......)).))..............((((((((((((((...((((((((...(((.........))).))))))))...................(((((.......))))).........((...((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))...))...((([[..............((((((.......)))))).)))...]]..........(((((((...........)))))))....)))))))))..((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((aa.(((((((((((((.<<))))))ccccc(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))cc........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))...((((.(((.....(((((CC.((((((.((((.((((((((........(((..{{{{.)))}}}}.....))))))))..))..CCCCC...(((.>>..(((((((((.......))))))))))))...(((((((...(((((....))))).......((....))....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....))))))))))).....)).))))))AA..)))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......))))))).)))))))).....................................(((((((....))).))))))))).))))).))))))..(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))......))))))).........((((..(((.((((((((....(((((..........)))))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((...((.(((((..(((((...........))))).)))))((.....((((((...(((.......)))......)))))).....)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((.......(((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.(((.(((..((((.((((...(((((((.......)))(....)..................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....)))))............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).....))))))(....))))))))...)))))))(.((....)).).(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....)))))).((...((((((((((.((........)))))))))).))..)).(((((...(((.........))).))))).)))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))............((((((((....))))))))..((((................(..............).....(((((((....)).)))))..((...........))..(((((((...........)))))))......))))((...((((((.((.....))..))))))......))..(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..))))))))......)))....(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))(.((..((.......(((((..((((..(((((((.....(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...(((......)))))))).(.............(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))..........)))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((..(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))......((((.....(((((((((.......)))))))))))))...((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....))))))))))).(((....))).............(((((.((((((.....)))))))))))..........)))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))...)))).)))))(.((((((((((((......))))))).))))))))..)).).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))......(.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..).....))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).))))).))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((...((((((((..(((((.(........)))))).))))).......((((((...(((.......)))......))))))........((((((.(((...(.(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((.(((..(((....((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.(((.(((((((((.((((.....(((((...aaaa)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....))))).(((...)))..(((....)))))))))))))))...((((((.....(((((......((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))........)))))...)))))).(((AAAA..))).(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))...))))))......((((((....))))))......((((((((((.((........)))))))))).)).....(((((...(((.........))).)))))))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......((((..((((((((....))))))))..((((.....[[[[[[..(((((............)).))).(((((((....)).))))).((((.........))))((((((((...........))))))))[[[[.))))((((.((((((............))))))....))))..(((((]]]]....)))))..((((((((.......<<<<...<<<<<<<<<..((((((..(((.dddd)))eeeeee.(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))eeeeeee...))))))....<<<<<<................)))))))).))))........(((((..(((......((((.......))))...)))))))){{{{{{((((((((.(((....ccccc.((((((......(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((........bbbbb..)))))(((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))).....((((((.(...)))))))(((((.......))))).........)))))))))..BBBBBcccccc.)))))))))))...CCCCCC.((((((......))))))............>>>>>>....{{{{{...EEEEEEE.(((((((((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))EEEEEE((((DDDD.(((((((((.......))))))))))))).(.((..((((.(((((....)))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))........))))))>>>>>>>>>.>>>>....]]]]]]{{{{)))..).))........}}}}....}}}}}.......CCCCC.....((.((((((((((((......))))))).))))))).}}}}}}.(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((.((((..(((......)))..))).).)))).))))..)))...))))....((((((((..........))))))))....))))))..(((....))).))))))))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((..(((....(((((((((..((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((.((...(((((.....))))).))))..(((((..(((((......))))).))))).)))).................))))).))))...((((......)))).))).((((..((((..((((....))))....))))....))))..))).))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))..((((((((((((((((....(((..((((.......((.(((((....)))))..))........))))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.(((.(((.(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))))))........)))....(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((..(.((((((((..(((........(.((((((....)))))).)....((((((((((.((........))))))))).)))..((((((((...(((.........))).))))))))....)))..)))))))))...(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((.(....((((((((.((((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.....................(((((.((.......)).)))))..((.((((.((((((....)))...)))..(((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).)))))....((((((......))))))....)))).)).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))............).))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)).......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))..(.(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))).).)))).....))))))).))))((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..)))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.........(((.((((...((((((...(((.......)))......))))))..((((.................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).))))..................))))..)))...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((....(.((((......)))))....(((.((((....)))).))).)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))......(((......)))..........)))))....))))))))))..(((((((((((..(((.......(((.............(((((....))))).............)))......)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.........(((((((((...((..((((....)))).........))....)))))))))..................(((((((((((((.....)))))))))).)))...((((((((....((((((((...............((((((....))))))..........((((((((((.......((((....))))...))))))))))..................................))))))))....(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))..(((((...(((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...............((((((............))))))...........((((........)))).)).))))))))).))..(((....(((((((((......((((((((.((((((((((((...................((((...))))...............(((..(((((((...(((..(((..((((((............................(((((....(((((...((..........(((....)))....)).)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))..((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))....)))))))..........................................)))))....)))))))(((((((......))))))))))))).))))))))..........))))))))))...........(((((((....))).))))....................(((((((((..((((..(((((((...((.(....)..)).)))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..)))...)))).................((((((.((..((.((((.............)))).))..)).))))))...(..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..)......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..(((((.(((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).)))...)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))...((.((((....))))..))......)))))....))))))))))..(((((((((((..(((......((((..((......((.(((((....)))))..)).....))..)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.((......(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).((((.....))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((....((((((((..(((..........((((((....))))))......((((((((((.((........))))))))).)))..((((((((...(((.........))).))))))))....)))..))))))))....(((.((.((((........)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((.((((((((((((((.((((...(((((....(((.....))).....))))).....(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))........((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))))))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)).......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....))))))).))))((((((.((..((.((((.............)))).))..)).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..)))....... |