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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00401



RNA: PDB_00401
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..((((((((((((((((((..(((((((((.((.....(((((((.ee.eee.)))....(((((((((((((EEE.EE.)))...))))))))))..))))...(((...)))....(((((.....))))).))..(((((((((((((......)))).))))))).))....((..((.....))...(((((((.(((((...))))))))))))...(((.((.((...(((((..))))).....)).))..(((((((((....((((((((.((((((((((....((((......)))).((......ddd.....))DDD..))))))))))..)))))))).))))))).)).....(((((((((......))))))))).....(((((.bbbbbb)))))..)))))......))))))).)).............(((((..)))))..)).........(((((...))))).............)))))))))))))))).......((((((((((......(((((((((..((((.((((((....))))))..)))).))))))))).....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((.(((((.....))))).))))...(((..))).....(((((((((((..))))))))))).((((((....))))))...)))))))))))))..(((((((((((((.....(((((((((.((((((((((((((((..)))))))))))).))))..((((.(((.((........)))))))))...)))))))))...(((.....)))......))))))).))..))))..(((((((((((((((....)))))((((((((((((((.(((((((((.(((((....((((((...))))))..)).))).))))))))))))....)))))))))))...((((((((((.....)))))))))))).((((......))))..(((((((..(((((((.....[[[[[[.....[[...........(((.((((((((((...((..(((((()))))).)))))))))))))))..........)))]]....]]]]]].))))..)))))))(((((((((...)))))))..))..))))))))((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)).....))))))(((...(((.......((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....(({{{(((..((((((((((.....)).))))))))....)))..(((((........)))))))((((((((.....((((((((((((((((((.((((((((((((..cc.))))))(((((((((..((((((((((.(((.....)))..))))))))))...))))))).))((..)))))))).))))))))))......)))))))))))))))).}}}..)).....((......)).))))..(((((...)))))..))))...((((....((((((((((((...............((((((.((((..))))..))))))(((((((((.....)))))))))............(((((((((...((.........))..((((((((((.((((((..)))))).))..)))))))).((((.(((..(((((((..((((...((((((....))))))...)))))))))..)))))((...))....................(((((.......)))))..........))))...)).))))))).....)))))))))))))))))))..))).((..<<<<<......))>>>>>..((((((((.(((.((......((((.((((((..(((((((((((((((((((..)))..((((((..))))))..))))))))))).)))))...((.......))..((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((..)))))))....((...aaa))....)))))))...((((((((((.......)))))))))).((((..)))).))AAA....((.(((((.(((((.BBBBBB))))))))))))........))))..))))))......(((((.(((((((((..(((.....)))..)))))))..))))).))......((((((((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).))....((((((((..)))).))))....))..)))))))))))...((((((..(((((..((((((((((.(((....)))))))))))))(((((...(((((..((((((((((CC..)))))...)))))..))))).))))).(((((..(((((..(((.)))....)))))..))))))))))......))))))...(((((((((((.......)))))....(((((((((((((..((((((((((..)))))))))).))))).))))).)))...))))))...((((((....((((((((.....(((((((....((....)).))))..)))...)))))).)).(((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((....(((((((((((((.((((((((..(((((..((...((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).))..))))).........((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))).((((((((((((((((....((((..((...))..))))..(((....)))..............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.....(((.(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))))).........(((...)))((((((((((.....))))))))))...(((.((((((((..(.((((((((..(((........(.((((((....)))))).)....((((((((((.((........))))))))).)))(.((((((((...(((.........))).)))))))))...)))..)))))))))...(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((.((((((((((((((..((((......)))).(((......(((((((((...((.....)).(((((((...(((..(((..(((((((((((.((....(((..(.....)..)))..((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)).....((((((......))))))..))))).).).))))))..))))))....)))))))..))))).)))).((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)))......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..(((((((..(((.(....)..))))))))))..(((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).))).....((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))..(.(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..))).).)))).....))))))).))))((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..)))......)
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((())))).....(..(((((..(((((...........))))).))))))...((.((((((...(((.......)))......)))))).))((.......))....(....(((((.....)))))...)...(((((..(((((......))))).))))).......................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..((((((......)(((.....(((.((((....)))).)))))))...((((((((((.((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..))))))..(((......(.(......((((((.........(((((((......)))))))......((((....))))..((........))..................((.((((((((((((.(..((((((..((......((.(((((....)))))..)).....)..))))..)))))))))))))))).))(((....))).(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).......)))))).........(((((....)))))..(((((((..(((.(((((((((...(((.(((((())))))........)))....))))))))))))....)..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))....(.((((((....)))))).)............((.((........))))((((((((...((((((((...(((.........))).))))))))..........((((((((((((((.......)))))........((((..(((.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).).))..))))..((((...((....))....((((((.......))))))))))...)))))..))))((((((((..((.....))))))))))...))))))))(..((((((.((.....))..)))))).....)(...(((((........)))))....)...................(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))(((((((...(((..(((..((((((..........((((..((((..........((.....((((..((((...((.((((.......)))).))))))))))(..(..((((((((.((((............((((.(((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))....).))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((.(.(((....))).).)..))))))))((.(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..))))))))).))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))..)).....((.......))))))...)))).......))))))..))))))....)))))))........((((.((((((((.((((....))..((((....))))..)).))))))))..))))))))))))).))))).(((((((((.......))))))))))))...(((((((((.((((((..))))))...)..(((....)))..)))))))).(.(((((((((((.....))))))))))).).....))))))))).(((....(((((.((((((.....)))))))))))...........))))))))))))...........((((((((...((.......))...)))))))).............))))))..(((.((((((((((((......)))))).)))))))))).)...)))...........)))))..)))))....))))))))..))))).)))))))))...............(((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......))))))))).))))).((((((.....))))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).)))......((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((....(((((..((((((.((((((((((((((........((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).........)))..(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..((((((((((......((((......)))).....(((.((((....)))).))).)))))))..((((...)))))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........))))))...............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))).....((((((((((((....((((.[[[[......))))(((((....)))))............]]]]......))))))))))))..((((....))))(((((((....((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...))))))))))))))........((((((((((((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))))))..))))))......)))))))...((((..[[[[))))..]]]](((((....))))).(((((((((.......((((....)))).[[[[[[[[......)))))))))...]]]]]]]].(((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..[[[.........))))))......((((((....))))))]]]...(((.[[[[...)))..]]]].(((.[[[[[)))...]]]]]..((((((.....(((..[[[..)))..]]]......(((..[[[....[[[[[)))....]]]]]......]]]...))))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........(((..[[[[...........))).((((((.......))))))]]]]...........(((.[[[[[[[)))........]]]]]]].........(((((.((((((.......[[[[[))))))....))))).(((((........)))))..((((....))))...]]]]].((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........(((......[[[[[)))..........]]]]].((((((......(((....))).((((....((((.....((((((((.((((........((((((((((.....(((....))))))))((((((((((...)))))))))).....)))))..(((((((.....(((((((((.......((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).....((((((......))))))(((((.......))))))))).....)))))......)))))))....)))))))))))).)))).....((((((......)))))).))))...)))))).((((.[[[[[.....)))).....]]]]](((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))......(((((.[[[[((((((((.......))))))))))))).......(((..(((((....)))))..)))]]]]..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))(((...[[[[))).....((((((.....))))))...(((((((..........................))))))).]]]]..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).)))))((((........)))).....((((......(((((((....))).))))(((((((((((...))))..(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....))))))).))))((((((........[[[[.))))))......]]]]........((((...(((((((((......)))))))))[[[[[[[..))))......]]]]]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((......(((((..(((((...........))))).)))))((..((.((((((...(((.......)))......)))))).))..)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...)))))).(((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((..((.........(((((....))))).........))..)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....)))))).((...((((((((((.((........))))))))).)))..))..((((...(((.........))).)))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))((((.(((((.(((..(((((((((.......))))))))).))....((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))).(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))(((((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).)))).)))))))))))...((((......)))).(((((((((((...(((...))))))))).)).))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((....................((((((...(((.......)))......)))))).......................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).)))))...................................(((........)))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((......((((......))))......((.((((....)))).))dd)))))))..DD..........((..((((......(((((((........)))))))......bbbb))))...))BBBB..............)))))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))...((.((((((((((((....((((((.............(((((....))))).............)))..))).)))))))))))).))((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))......)))))))...))))))(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))........(((((((...(((((((((((((.....)))))))))).)))........(((((((((((.........((((......((((((....))))))......)).))..............((((((((((((((...((((((((...(((.........))).))))))))...................(((((.......))))).........((...((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))...))...((([[..............((((((.......)))))).)))...]]..........(((((((...........)))))))....)))))))))..((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((aa.(((((((((((((.<<))))))ccccc(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))cc........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))...((((.(((.....(((((CC.((((((.((((.((((((((........(((..{{{{.)))}}}}.....))))))))..))..CCCCC...(((.>>..(((((((((.......))))))))))))...(((((((...(((((....))))).......((....))....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....))))))))))).....)).))))))AA..)))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......))))))).)))))))).....................................(((((((....))).))))))))).))))).))))))..(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))......))))))).........((((..(((.((((((((....(((((..........)))))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((...((.(((((..(((((...........))))).)))))((.....((((((...(((.......)))......)))))).....)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((.......(((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.(((.(((..((((.((((...(((((((.......)))(....)..................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....)))))............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).....))))))(....))))))))...)))))))(.((....)).).(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....)))))).((...((((((((((.((........)))))))))).))..)).(((((...(((.........))).))))).)))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))............((((((((....))))))))..((((................(..............).....(((((((....)).)))))..((...........))..(((((((...........)))))))......))))((...((((((.((.....))..))))))......))..(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..))))))))......)))....(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))(.((..((.......(((((..((((..(((((((.....(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...(((......)))))))).(.............(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))..........)))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((..(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))......((((.....(((((((((.......)))))))))))))...((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....))))))))))).(((....))).............(((((.((((((.....)))))))))))..........)))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))...)))).)))))(.((((((((((((......))))))).))))))))..)).).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))......(.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..).....))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).))))).))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((...((((((((..(((((.(........)))))).))))).......((((((...(((.......)))......))))))........((((((.(((...(.(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((.(((..(((....((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.(((.(((((((((.((((.....(((((...aaaa)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....))))).(((...)))..(((....)))))))))))))))...((((((.....(((((......((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))........)))))...)))))).(((AAAA..))).(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))...))))))......((((((....))))))......((((((((((.((........)))))))))).)).....(((((...(((.........))).)))))))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......((((..((((((((....))))))))..((((.....[[[[[[..(((((............)).))).(((((((....)).))))).((((.........))))((((((((...........))))))))[[[[.))))((((.((((((............))))))....))))..(((((]]]]....)))))..((((((((.......<<<<...<<<<<<<<<..((((((..(((.dddd)))eeeeee.(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))eeeeeee...))))))....<<<<<<................)))))))).))))........(((((..(((......((((.......))))...)))))))){{{{{{((((((((.(((....ccccc.((((((......(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((........bbbbb..)))))(((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))).....((((((.(...)))))))(((((.......))))).........)))))))))..BBBBBcccccc.)))))))))))...CCCCCC.((((((......))))))............>>>>>>....{{{{{...EEEEEEE.(((((((((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))EEEEEE((((DDDD.(((((((((.......))))))))))))).(.((..((((.(((((....)))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))........))))))>>>>>>>>>.>>>>....]]]]]]{{{{)))..).))........}}}}....}}}}}.......CCCCC.....((.((((((((((((......))))))).))))))).}}}}}}.(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((.((((..(((......)))..))).).)))).))))..)))...))))....((((((((..........))))))))....))))))..(((....))).))))))))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((..(((....(((((((((..((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((.((...(((((.....))))).))))..(((((..(((((......))))).))))).)))).................))))).))))...((((......)))).))).((((..((((..((((....))))....))))....))))..))).))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))..((((((((((((((((....(((..((((.......((.(((((....)))))..))........))))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.(((.(((.(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))))))........)))....(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((..(.((((((((..(((........(.((((((....)))))).)....((((((((((.((........))))))))).)))..((((((((...(((.........))).))))))))....)))..)))))))))...(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((.(....((((((((.((((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.....................(((((.((.......)).)))))..((.((((.((((((....)))...)))..(((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).)))))....((((((......))))))....)))).)).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))............).))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)).......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))..(.(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))).).)))).....))))))).))))((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.........(((.((((...((((((...(((.......)))......))))))..((((.................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).))))..................))))..)))...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((....(.((((......)))))....(((.((((....)))).))).)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))......(((......)))..........)))))....))))))))))..(((((((((((..(((.......(((.............(((((....))))).............)))......)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.........(((((((((...((..((((....)))).........))....)))))))))..................(((((((((((((.....)))))))))).)))...((((((((....((((((((...............((((((....))))))..........((((((((((.......((((....))))...))))))))))..................................))))))))....(((.((.((((.(....).)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))..(((((...(((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...............((((((............))))))...........((((........)))).)).))))))))).))..(((....(((((((((......((((((((.((((((((((((...................((((...))))...............(((..(((((((...(((..(((..((((((............................(((((....(((((...((..........(((....)))....)).)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))..((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))....)))))))..........................................)))))....)))))))(((((((......))))))))))))).))))))))..........))))))))))...........(((((((....))).))))....................(((((((((..((((..(((((((...((.(....)..)).)))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..)))...)))).................((((((.((..((.((((.............)))).))..)).))))))...(..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..(((((.(((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).)))...)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))...((.((((....))))..))......)))))....))))))))))..(((((((((((..(((......((((..((......((.(((((....)))))..)).....))..)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.((......(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).((((.....))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((....((((((((..(((..........((((((....))))))......((((((((((.((........))))))))).)))..((((((((...(((.........))).))))))))....)))..))))))))....(((.((.((((........)))))).)))((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((.((((((((((((((.((((...(((((....(((.....))).....))))).....(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))........((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))))))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))))).)).......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....))))))).))))((((((.((..((.((((.............)))).))..)).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..))).......