|
|
|
UUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGGACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGGACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUCCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((........)))))..((((((((.(((.........((...((((((..(((((((((((((((.(((..)))....((((..)))).....)))))))))).)))))...((..{{...))..((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((..)))))))....((...[[[))....)))))))...((((((((((.......)))))))))).((((..)))).))]]]....((.(((((.(((((.......))))))))))))........))))..))..))......(((((...(((((((..(((.....)))..)))))))....))).))......((((((((((((..(((((((((......))))))..))).((((((...)))))).....)))))..))..))).))....((..((((..))))...))........)))))))))))...}}..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....)).....(((.((((((((..((.(((.....(((((.((((((((.(((((((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).....(((.(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))).)))....(((((.((((((.....))))))))))).)).))).)))))).)).))))).......((((.((((((((..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).))))).(((.....))).....))))).))).....(((((((....))).))))))))))).))..)))))))).))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((........))))).(((((((((((..(((..((((((.....((((..(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))).((((((((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..)))))))).(((.(((((((((.....)))))))))..((((....)))).)))..((((((.....((((.(((...((((((....(((((((.......((.......))........)))))))))))))..)))..(((((((...(((.....)))...))))))).)))).((((.(((((((((((......))))))).))))))))..))))))...........)))))..)))))))))).(((((((....))).)))).)))....))).))))))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((........))(((.((((((((.(((.(((.....(((((.(((((((((((((.((((((((.((((....))..((((....))))..)).))))))))..)))))......((((.....(((((((((.......)))))))))))))..(((((((...(((((....)))))......(((....)))...)))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).((.......))(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...))))))))((((.(((((...........(((.((((((((((((......)))))).))))))))).................))))).))))..........(((((((....))).))))....))).))).)))))))).))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................((....))..............................................................................((((((...((.......))...)))))).................................((((((......))))))................................................((((((....))).)))........................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((........)))))(((((((((..(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((.((((....))))((((....)))).....)))))))....)))).......(((.....(((((((((.......))))))))).)))...((((((((.(((((....)))))...)).(((....)))...))))))....((((((((((.......)))))))))).(((....)))((((.(...).))))....(((((.......)))))..............)))))..)))))))...........((((((((...((.......))...))))))))...............(((((((((((..((.((((((......))))))...))..((((.....))))......)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))).)))))))..))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((........))(((.((((((((.(((.(((.....(((((.(((((((((((((.((((((((.((((....))).((((....))))...).))))))))..))))).....(((((.....(((((((((.......)))))))))))))).(((((((((.((((((..))))))...)..(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).((.......))(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...))))))))((((.(((((......(((..(((.((((((((((((......)))))).)))))))))......)))........))))).))))....((((..(((((((....))).))))))))))).))).)))))))).))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((.....(((.....(((((...((((((.(((..((((((((.((((....))))((((....)))).....)))))))).....(((((((((((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))))))....)))))(((((.((((((.....)))))))))))....))).))))))....))))).......((((....(((((..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).)))))((((........)))).))))).........(((((((....))).))))))))))).....)))))))).)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((.(((.((((.((((((.....(((((.(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))).(((((((((.(((((((((((((.......)))))))))(((((.((...(((..(((((....)))))..))).(((....))).....((((((..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((..((...(((((.((((((.....))))))))))).))..))).)))))).)))))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).)))))..))))....((((.(((((((((((......)))))).))))))))).....(((((........))).)).))))))))))).(((((((....))).))))...)))).))).)))))))).)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((([[...)))..]](((.((((((((.(((.(((.....(((((.((((((((.(((..((((((((........((...{{{{..))}}}}.....)))))))).........(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))...((((((...(((((....))))).......((....))....))))))....(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).)))........(((((.((((((.....)))))))))))....))).)))))).)).)))))..............(((((...((.......))...)))))(((((((.(((((...........(((.((((((((((((......))))))).)))))))).................))))).))))))).......(((((((....))).))))....))).))).)))))))).))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...((((.((((((((..((.((((....(((((.(((((((.(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......)))))))))))))).(((..(((..(((((....)))))..)))..((....))........)))...(((((((((((.....))))))))))).(((....))).............(((((.((((((.....))))))))))).........))))).)).)))))................((....(.......(((((((((((((....)))).)))..))))))..(((.((((((((((((......))))))).)))))))).....).(((........)))....))..........(((((((....))).))))...)))).))..)))))))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((........))))))((((((((......(((((((((............(((((.((((((((.(((((..)))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......)))))))))))))).((((((((..((((((..))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))))))).............((((((.....))))))...(((((((..........(((..)))........))))))).))))...((((....((((((..(((((..)))))..(((((((((((((((((....(((((((......))))))).(((((((....)))))))......)))))....)))))))........))))).......)))))).)))).....))))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((..((.(((.....(((((.(((((((((((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..)))))..(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).)))........(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).))))).......((((.((((((((..(((((...(((((((((((((....)))).)))..))))))..(((.((((((((((((......))))))).)))))))).))))).(((.....))).....))))).))).....(((((((....))).))))))))))).))..)))))))).)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((.(((.((((.((((((((.(((((((((((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......))))))))))))))......((((.(((((....)))))).))).(((....))).............(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))..............................(((((((((.(((....)))..)))..))))))..(((.((((((((((((......))))))).))))))))......((((........))))...........))).(((((((....))).))))...)))).))).)))))))).)))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((..((.(((.....(((((.((((((((.((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).....(((.(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))).)))....(((((.((((((.....)))))))))))..).))).)))))).)).))))).......((((.((((((((..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).))))).(((.....))).....))))).))).....(((((((....))).))))))))))).))..)))))))).)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((.((.(((....))).))...((((.(((((...(((((.(((((((((((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..)))))..(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).)))........(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...))))))))))))).))))....((((((((((((....(((((((......))))))).(((((((....)))))))......)))))....))))))).....(((((((....))).))))..........)))))).((....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((((((.(((((...(((((.((((((((.(((((((((((((.((((....))))((((....)))).....)))))))).....(((((.(((((.(((..(((((((((.......)))))))))..))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))))(((((.((((((.....))))))))))).)).))).)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...))))))))))))).))))((((.((((((((((((((((((((((......))))))).)))).((((.....))))......)))))....))))))(((...(((((((....))).)))).)))..))))..)))))))).)))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..)))))))).((((((((.((((...(.(..((((((((((((((.(((((.((..(((((..(((((...(((((...).)))).(((((.((((((((....(..)(((((..((..(((((((((.......))))))))).((...))..))))))).(....))))))))))).)))...((((........))))..(((((((((.(......))))))))))(((((..)))))))))))))))))(((((.(((((((..)).)))))))))).)).))).)))))).))))))))((((((.((..(((((((((.(((......).))).))))))))..))...(..)((......))((((.(.(((((((((.(...)))))))).)).)))))..((((((((.(......)))..))))))))))....(((((((....))).)))).)).))..))))))))))))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((..((.(((.....(((((.((((((((.((...((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).........(((..((((.....((((((((.......))))))))))))...((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).)))........(((((.((((((.....))))))))))).....)).)))))).)).)))))...............(((((..((((.....((((((((.(((....)))..)))..)))))...(((..(((((((((((......))))))).)))).)))..)))).................))))).........(((((((....))).))))....))).))..)))))))).)))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((.((((((((..(..(((.....(((((.(((((((((((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..)))))..(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).)))........(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).))))).......((((.((((((((..(((((...(((((((((((((....))).))))..))))))..((((.(((((((((((......)))))).))))))))).))))).(((.....))).....))))).))).....(((((((....))).)))))))))))..)..)))))))).)))). |