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GAGUUGAUCCUGGCUCAGGGUAACGCUGGCGGCGUGCGACAUGCAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUACUCCGUGGUCAGCGGCGGUGAGCGUGGGUCCCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCCCCCCAUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCGCUUUGGUGGGGUGGCCCACCAAGGCGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGCCGGCCACGGGGCACUGAGACCGGGCCCCACUCCUGGAGAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCCUGCGGAGCGACGCCGCUGGAGGAAGCCCUUCGGGGAAACUCCUGAACCCGGGCGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACACCGGGGUGCGCCGGCCUCCGUCCAGCGCCGCGGCGGAGGGCGCAGCGUUACCCGCGUAGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCCCGGGAGGAACGCCGAGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGGCUGAGGCGCAGCGUGGGGCAAACCGGAUUCCGGGUAGUCCACGCCCUAACGCGCUGUCUCUGGGUCCUGGGGGCCGAAGCCAGCGCGCCUGGGGCGGCUGAAACUCAAGGAAUUGACGGGGCCCGAGCGGUGAGCAUGUGGUUUUCGCGAAGACCAGGCCUGCUAGGACCCGGGUGGCCUGGGUGCCCGCGAGGGAGCCCUAGCCAGGGCUCCGUCGGCUCGUGCCGGUUGGGUUCCCGACGAGCCCCCGCCGUUACCAGCGGCCGGGCUCUAACGGGGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGGGGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCGCCUGGCACGUGCUAUGCCCUAAGCGAGCCACCCGGCAACGGGGAGCCAAUGGGCCGGAUUGGGGUCUGAAGACCCCAUCCGAUCGCUUAAUCGCGGGCCGCGGUGAAUACGGGCCUUGUACACGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGA |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.((((..(((((((((((.(((((((((((.....)))))..((((((((((....)))))).(((((((((....(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).))))).......(((((....)))))...(((((...))))))))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((..........))))))...(((((.(((....))))))))..((((((.......))))))...(((((((.........)))))))...))))))))).....)))).((((((....)))))).(((((......((((......)))).......)))))..)))))).((((((((.........))))))))...))))))))))).....((((((((...(((((((((((((((.((((((.(((((((((((.(((((....(((((((...))))))).....((((((((....((((((.((((...(((((((...((((....(((((.......((((....(((....(((((((...........)))))))...))).)))).))))).))))..)))))))...))))))))))....)))))))).(((((((((..(((((...((((.....))))..))))).....((((....))))))))))))).))))))))).)))))))))))))....(((((((.(((........))))))))))...(((((...((((((((....)))))))).(((((....))))).(((((.((((..((((((((((........))))..))))))...))))))))).....))))).......)))))))))..(((...((((((((..((((.......)))).(((((((....((((....))))..(((....)))((((.(((((((....))))))))))).)))))))...))))))))...)))...))))))...)))))))).....((((.(((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))).)))).))))....(((((((((....)))))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((((((..((((((((((.....))))))))(((((((((....)))))))))(((((((....(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....)))..)))))...(((((.(........))))))...((((.........)))).....(((((...........)))))....)))))))...........(((((((....)))))))(((((.......((((.....)))).......))))).....))..((((((((.........))))))))...))))))))))).((..((((((((...((((((..(.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).)(((((((((((((((((.(..(((((.(((((.(.((((((((..((((....(((((........((((..........(((((((..((....)).))))))).)))).......))))).)))).)))))))).).))))))))))..).))))))))((((((((((((((((.......((.((((..((((.........((((....))))....))))....)))).))...(((((((....)))))))))))).)))))))))))..)))))))))((((((((.((((((((....))))))))...(((.((((((((.((((((((((..((((((..(((((.....))))).))))))...)))).(((((....))))).........................)))))).)))))))).)))......(((((((((..((((....))))..))........((((.(((((((....))))))))))).))))))).))))))))...........))))))...))))))))))...((((.(((..((((((((((((..(.(((((....).)))).)...))))))))))))..))).)))).........(((((((((....)))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........)))).((((((((((.(((((((((.((.(((.(((..((.(((((((((....))))))))).))))).(((.(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....)))..))))))))(((((...........)))))...........)))))........(.(((((.........))))))))).)))))).((((....(((....)))...))))....(((((....(..((((.....))))..)....)))))..(((((...(((((.((........))))))))))))))))))))))((((..((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((......))))))))))...)(((........))).)))))))..))))))....))))..))))((((((((.....((((...))))....)))))((((((.(((((((.(..(.((((.....)))).).).)))))))..)))))).)))...............(((((((((((.((((..............)))).....(((((((((........))))...)))))..((((((((.((((((((....))))))))....((.((((((((.((((((((.(((((((((..((((.......)))).))))))...(....(((((....))))).....)......))).)).......)))))).)))))))).))...((((...((......((((....))))..))....))))(((((.((((((....))))))))))).........))))))))...........)))))))))).))))).((...((((.(((..((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))..))).))))....))(..(((((((((....)))))))))..) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....)))))).(((((((((((((((((((((((.....))))))))((((((((((()))))))))))(((((((....(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....)))..)))))...(((((.(((....))))))))..((((((.......))))))...(((((((...((())))))))))...)))))))...((....))(((((((....)))))))(((((.......((((.....)))).......))))).....))).((((((((.......())))))))).).)))))))))))(((..((((((((.(.((((((..(.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).)(((((((((((((((((.(..(((((.(((((.(.((((((((..((((....(((((....(...((((..........(((((((..((....)).))))))).))))...)...))))).)))).)))))))).).))))))))))..).))))))))((((((((((((((((.....(.((.(((((.((((..(((....((((....))))))).)))))...)))).))..)((((((((()))))))))))))).)))))))))))..)))))))))((((((((.((((((((....))))))))...(((.((((((((.((((((((.(((((((((..(((((.....))))).)))))((...))..(((((....)))))...........)))).)).......)))))).)))))))).)))......(((((((((..((((....))))..))(....)..((((.(((((((....))))))))))).))))))).))))))))...........)))))).).)))))))))))(.((((.(((..((((((((((((..(.((((((())).)))).)...))))))))))))..))).))))..)......(((((((((....)))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((((((((((((((((((.....)))))))..)))))(((((.((((((((((...(((.....(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..))).((((....))))...))))))))))..(((....))))))))..((((((.......))))))...(((((((...[[[[..)))))))...]]]]...((((....(((....)))...))))......(((......[[[))).....]]].(((...((((......))))[[[[[[[[)))......]]]]]]]]...)))))))))))..............(((((((((((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..(((((((((((((((((....((((((.((((...((((((((..((((....(((((.......((((....(((....(((((((...........)))))))...))).)))).))))).)))).))))))))...))))))))))....)))))))(((((((((((((((((........(((.....((((..(((....((((....))))))).))))..))).........(((((((....)))))))))))).))))))))))))))))))))))))))....((((((((......[[[[[[[[[((((....))))...))))))))...((((((..(((((.....))))).))))))..]]]]]]]]]......(((........[[[[.[[[......[[[[[[[[[)))..]]].]]]]]]]]]]]]]......(((.((((....))))[[[[.....)))(((((.((((((....)))))))))))...]]]].....))))))))(((....[[[[)))..........]]]]..((((.(((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))).)))).........(((((((((....)))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((((((.....(((((((.....))))))).(((..((((....))))[[)))(((((((....(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....)))..)))))]].(((((.((......)))))))..((((((.......)))))).....((((...........)))).....)))))))((((....(((....)))...))))....(((((.......((((.....)))).......))))).........((((((((.........))))))))...))))))))))).....((((((((...(((((((((((((((..((......{{))((((((((((.}}..(((((((((...((((((((((((((((((....(((((.(((((...((((((((..((((....(((((..........((...<<<....(((((((..((.....))))))))).))>>>......))))).)))).))))))))...))))))))))....))))))))((((((((((((((((...((...........((((..(((....((((....))))))).)))).........))...(((((((....)))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))((.((((((((....)))))))).)).))))....))))))))))((((..((((((..(((((.....))))).))))))...)))).(((((....))))).......))))))))).........(((((((..((((.......))))..((((((....((((....))))............((((.(((((((....))))))))))).))))))....)))))))..........))))))...))))))))((...((((.(((..((((((((((((....((((.......)))).....))))))))))))..))).))))....))...(((((((((....)))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((((((((((((((((((.....)))))))..)))))((.((((((((..(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....))..))))))...(((((.(((....))))))))..((((((.......))))))..((((((((..((...))))))))).).))))))))......(((((((((((....)))))))...)))).....((((.....)))).)))))..)))))))).))(.((((((.((.((...)))))))))).).))))))))))).....((((((((...((((((((((.((((((((......((((((.....))))))....))))))))..((((((((((.(((((((....(((((.(((((...((((((((..((((....(((((........((.((..(((....(((((((..((....)).)))))))...)))..))))))))).)))).))))))))...))))))))))....))))))).((((((((((((((((...((..((.((.((.((((..(((....((((....))))))).)))).))))))..))....((((((....)))))).))))).)))))))))))..))))))))))....(((.((((((((....)))))))).)))((.((((((((.(((((.((((..((((((..((((((...)))))).))))))...)))).(((((....)))))..(..(((.....)))...)......))))).)))))))).))...)))).((((((....((((....))))..(((....)))((((.(((((((....))))))))))).))))))..(((((...)))))......))))))...)))))))).(...((((..((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))..))))....)....(((((((((....)))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.((((((((((.(((..(((((((.....)))))))(((((.((((((.((((((((((.((..((((..(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..)))).(((....))).)).)))))))))).)))....))))))))...((((((.......))))))..(((((((....(((((..((((((...((.(((.((((....(((....)))...))))....(((((.......((((.....)))).......)))))..))).))..))))))...)))))...))))))).))))))))))))).....[[[[[[[[.((((((.(((((.((((((((......((((((.....))))))....))))))))..((((((((((((((((((....(((((.(((((...((((((((..((((....(((((.......((((....(((....(((((((..((....)).)))))))...))).)))).))))).)))).))))))))...))))))))))....))))))).((((((((((((((((...((..((.((.((.((((..(((....((((....))))))).)))).))))))..))...(((((((....)))))))))))).))))))))))).)))))))))))....(((.((((((((....)))))))).)))((.((((((((.((((((((((..((((((..(((((.....))))).))))))...)))).(((((....))))).........(((.....))).....)))))).)))))))).))...)))))..((((((..((((....))))..))...(((((((((.(((((((....)))))))))))...))))).)))).)))))).........)))))...]]]]]]]].....((((..((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))..)))).........(((((((((....)))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.[[[)))))).(((((((((((((((((((((((.....)))))))..)))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((..........))))))...(((((.(((....))))))))..((((((.......)))))).(((((((((.........))))))).))))))))))......(((((((((((....)))))))...)))).....((((.....)))).)))))).)))))))).....((((((.((.((...))))))))))...))))))))))).....((((((((((({{{{{{(((((((((((((......((((((.....))))))....))))))))).((((((((((((((((((....(((((.(((((.((((((((((..((((....(((((........((.((..(((....(((((((...........)))))))...)))..))))))))).)))).)))))))).))))))))))))....))))))).((((((((((((((((...(((.((.((.((.((((..(((....((((....))))))).)))).))))))).))...(((((((....)))))))))))).))))))))))).)))))))))))....(((.((((((((....)))))))).)))...((((((((.((((((((((..((((((..((((((...)))))).))))))...)))).(((((....))))).....(((.....))).........)))))).))))))))......)))){{{{{{{))).((((....))))..(((....)))((((.(((((((....))))))))))).}}}}}}}((((((...)))))).....}}}}}}...)))))))).....((((.(((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))).)))).........(((((((((....)))))))))]]] |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((..((((.(...(((((((((((.((.(..(((......)))(((.(.((((((((((..))))))))))))))(((((.(((((((((((((((((..(((((..)))))((((.(((..)))))))((..))...((((((..)))))).(.(((((...))))))))))))..))))))))))(((((((((((((((..)))))))))))))))..((((((((...(((.((((..((..)))))))))))))))).)((((...((((.((((........).)))))).).))))...((..(((((..(.((.((((((((..)))))))))))).))))..)(((......).))(((((...)))))))...((((..)))).)))).)(((((.((........))))))).))))))))))))))(((..((((((((...((((((..(....((((((.(((.((((((.(((((((..))))))))))))....(((((((.((..(((((((((.((((((((.((((((((((.((.((..(..))))))))))).))))((((......)))).))))))))))))))).))))))))).))..((((((.((..(((((...)))))..)))))))).)....((((((.(((.(((((((........((..((((.((((...))))))))..))((((....)))).))))))))))))))))((..))..)))((...))((((((((((((((((...(((((.(((..))))))))((....)).))))).))((((((.(((((...((...........)))))))))))))((.(((...((...)).((((((((...))))))))((..))(......)).))))).)))))))).))))))..((((((((((((.(...).(.(((((((((((.(.(((........)))).))).)(((...(((((((..)))))))..))).))))))))..)))))))).)))).)..))))))...)))))))))))..(........)((((((((((((.(((((((.......))))..))))))))))))))).)).)))..))).)).(((((((((((((..))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........))).((((((((((.((((((.......(((((.(((...(((((((((....)))))))))...........(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((....)))..)))))...(((((.(((....))))))))..((((((.......))))))..............))).)))))......)))))).((((....(((....)))...))))....(((((.......((((.....)))).......)))))..........(((((.............))))).....)))))))))).....((((((((.(.((((((.((((((((..(((......))).(((((((((.(.(.((((.((((...((((((((((.(((((((.(..(((((..((((...((((((((..((((....(((((...............(((....(((((((..((....)).)))))))...)))......))))).)))).))))))))...)))).)))))..).))))))).((((((((((((((((...((..((.((..(.((((..(((....((((....))))))).)))).).))))..))....((((((....)))))).))))).)))))))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))))).)).)))).).)))))))))).((((..((((((..(((((.....))))).))))))...)))).(((((....))))).......))))))))...(((.(.((((((((..((((.......)))).(((((((((..((((....))))..))........(((((.((((((....))))))))))).)))))))...)))))))).).)))...)))))).).)))))))).....((((..((..((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))..))..)))).........(((((((((....)))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.((((..(((((((((((((..((..((((.....))))..))(((((((((....))))))))).((.((((((.(((((((((((((((((.(((((....((((((....)))))).)))))...(((.(((((....))))).)))((((...)))).)))))))..))))))))))((((((((((((((....))))))))))))))........(((.(((((.((((((((((((((.(((....))))))))...(((((....((((..(((....)))........((((((.((.(((....))).((((....(((....)))...))))....))))))))....((((.....))))))))...)))))))).)))))).))).))))))))))).)).....)).))))))))))).....((((((((...((((((....(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..(((((((((((((((((....((((((.((((...((((((((..((((....(((((....((....))...(((....(((((((..((....)).)))))))...)))......))))).)))).))))))))...))))))))))....))))))).((((((((((((((((...((..((.(((.(.((((..(((....((((....))))))).)))).))))))..))...(((((((....)))))))))))).))))))))))).))))))))))((((((((.((((((((....))))))))...(((.((((((((..((((.((((..((((((..(((((.....))))).))))))...)))).(((((....)))))..((..(((....)))..))......))))..)))))))).)))......(((((((((..((((....))))..))........(((((.((((((....))))))))))).))))))).))))))))...........))))))...)))))))).....((((..((..((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))..))..)))).))))....(((((((((....)))))))))))) |
