RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00417

RNA: PDB_00417
Rfam family: -

			AAGGCGGCCGAAAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUUUAAGGCGGCCGAAAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((.((((..))))...((((((((((.(((((((............(((..))).)))))))))))))).)))...)))..(((((.((((..))))...((((((((((.(((((((.............(((..))).)))))))))))))).)))...)))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.(..(((((.(((((......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).....))))).)))))....).)))))))..)))..))))..))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((((((...((((((((...(((((..(((.......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..)))))))......)))..)))))....)).))))))..)))))).))..))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....)))...((((((((...(((((((....(((((.(((((......(((((((..((((((.((..((((....))))(((....)))...))))))))...))))))).....))))).)))))......)))))))..)))))).))..))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....))).......(((....(((((((....((((...((((......(((((((...(((.......(((......)))(((....))).......)))....))))))).....))))...))))......)))))))...))).......))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((....))).....((((((...(((((((....(((.....)))......)))))))..))))))......)))).(((((.(((....))).....((((((...(((((((.....(((.....)))......)))))))..))))))......)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((((((...((((((((...(((((.(((((....(.(((((((..((((((.((..(((((())))))(((....)))...))))))))...))))))))....))))).)))))....).)))))))..)))))).))..))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((....(((((.(((((......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).....))))).)))))......)))))))..)))..))))..))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((..(((((...((((..(((..(((((((....((((...))))......)))))))..)))..))))...)))))..))).)))..(((((...((((..(((..(((((((.....((((...))))......)))))))..)))..))))...)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.(..(((((.(((((....(.(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).)...))))).)))))....).)))))))..)))..))))..))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((((((...(((((((....(((((.(((((......(((((((..(((((.(((..((((....))))(((....)))...))))))))...))))))).....))))).)))))......)))))))..))))).)))..))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((((((..((((...))))....))))))))))))))))))))..((((....))))((((..))))...((((((((((((((((((((...((((...))))....))))))))))))))))))))))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((..(((((...(((((.(((..(((((((....((((...))))......)))))))..)))).))))...)))))..))).)))..(((((...(((((.(((..(((((((.....((((...))))......)))))))..)))).))))...)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.(((((.....((((((...(((((((....((((...))))......)))))))..))))))......)))))....)))))).(((((.....((((((...(((((((.....((((...))))......)))))))..))))))......)))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...<<<(....{{{{{{...{{{{{{{....{{{{{.{{{{([[[[[.[[[[[[[..[[[[[(aa....aaaaa....))))))...)AAA....)AAAA]...]]]]]]].....)]]]].}}}}}}}}}}.}}}}}}}..}}}}}>>>....]]]]]
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((....(((((.(((((......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).....))))).)))))......)))))))..)))..))))..))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((..(((((...(((((((.(..((((((((...((((...))))....).)))))))..)))).))))...)))))..))).)))..(((((...(((((((.(..((((((((....((((...))))....).)))))))..)))).))))...)))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....))))....((((((...(((((((....(((((.(((((......(((((((..((((((................((((....))))....))))))...))))))).....))))).)))))......)))))))..))))))...........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.(..(((((.(((((....(.(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).)...))))).)))))....).)))))))..)))..))))..))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....)))...((((..(((..(((((((....((((...))))......)))))))..)))..))))..))))).(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.....((((...))))......)))))))..)))..))))..))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.(..(((((.(((((......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).....))))).)))))....).)))))))..)))..))))..))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((..))).((...(((((((.(((((((((..((.((.......)))))).))))))))))))))(...)(((((..))))).(((..))).))...(((((((.(((((((((.(.((..........)).))).))))))))))))))(...)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((.(..(((((.(((((....(.(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).)...))))).)))))....).)))))))..)))..))))..))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....)))...((((..(((..(((((((....(((((..((((......(((((((..(((..((((..((((....))))(((....)))...))))..)))..))))))).....))))..)))))......)))))))..)))..))))..))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....)))...((((.(((....((((......))))..((((.......)))).....))).((((....(((....))).(((....))).......))))...(((.((((....))))..((((.......)))).....)))..))))..))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....))).....((((((....((((......))))...(((.......))).(((..(((((.(((...(((....))).(((....)))...))))))))...))).((((....))))..((((.......)))).....)))))).....))))..

---