CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00430



RNA: PDB_00430
Rfam family: tRNA

GGGCAGGUUCCCGAGGGCCAAAGGGGACGGUCUGUAAAACCGUUGGCGUAGCCUUCGCUGGUUCGAAUCCAGCCCUGCCCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((..........)))(((((((.....)))))))(((...)))...(((((.......)))))))))))).
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((......(((((.......)))))))).....)))))(((((.......)))))))))))).
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................((((((.......))))))(((...)))...(((((.......)))))))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..........))))(((((.......))))).(((...)))...(((((.......)))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((...(((.[[[[[)))......]]]]]......))))))(((((.......)))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((.((((((((((((.((..)))))))))))))))))))))(((((...)..)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((([[[[[[[....)))((((((.{{(<<.)))))).)>>..]]]]]]]((((}}.....)))).))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).............(((((.......)))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).............(((((.......)))))))))))).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((.....)((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((([[[[[[....)))((((((.......))))))......]]]]]]((((((....).)))))))))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((.......)))))........)))).(((((.......)))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.......((((((.......))))))......)))))))................))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((((.(......))))).(((...)))...((((((...)..)))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....(..((((((.......))))))..)...))))))(((((.......)))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.......((((((.......))))))......))))))(((((.......)))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........))).(((((.......)))))..(((.......)))(((.......)))..))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.[[[[[....)))((((((.......)))))).(((..]]]]])))(((.......)))..))))))).