|
|
|
AGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAAAGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAAAGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAAAGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]...(((((..<<<<<<)))))...>>>>>>...(((((..{{{{{{)))))...}}}}}}...(((((..aaaaaa)))))...AAAAAA
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((........))))))))..((((........))))....((((((((......((((((((........))))))))......)))))))))))))........) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((........((((((((......((((((((........((((((((......))))))))........))))))))......))))))))........)))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))........(((((((........))))))).........((((((........))))))(........).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..........))))........................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....)))(((((........((((((((......))))))))........((((((((......))))))))........((((((((......))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))(......)(((((((........)))))))(......)(((((((........)))))))(......).((((((........)))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........)))))...((((((((.[[[[.))))))))..]]]]...(((..........[[[[[[[[))).....]]]]]]]].(((((..[[[[[[)))))...]]]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......)))))))))))))....(((((((......)))))))((((......)))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((([[[[[[[[)))))...((((((((.(((((..<<<<<<)))))...{{{{{{{{......))))))))........]]]]]]]]......}}}}}}}}........>>>>>> |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..[[[[[[))).....]]]]]].........................((..............{{)).........(((}}..............))).............. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......)))))))))))))....(((((((......))))))).(((......))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...[[[[[[[..)))))(((((......))))))))))))).(((((.]]]]]]])))))...((((((((......)))))))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.[[[[[[[)))))...]]]]]]]..(((((.<<<<<<<)))))...>>>>>>>..(((((.{{{{{{{)))))...}}}}}}}..(((((..aaaaaa)))))...AAAAAA |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......)))))))))))))...((((((((......))))))))(((......))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......((((......))))....(((((........)))))...((((((((......((((((((........))))))))......)))))))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((........)))))))..(((((........)))))...((((((((......((((((((........))))))))......)))))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......((((((((........))))))))......))))))))..))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......((((((((........))))))))......)))))))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.(((((........)))))..((((((((((((((..))))))))))....((((......)))).((..))(((((........))))).)))).((..)))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..........)))............................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((........)))))))).(((((........)))))...((((((((......((((((((........))))))))......))))))))..))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........)))))...((((((((......))))))))..((((...........)))).....(((((((......))))....(((((........)))))....))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...<<<<<<.))))...>>>>>>...((((...{{{{{{.))))...}}}}}}...((((...[[[[[[.))))...]]]]]]...((((...aaaaaa.))))...AAAAAA |
