RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00528

RNA: PDB_00528
Rfam family: -

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...)))))).(((((.(((((((.......)))))))...))))).((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))........
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.........(((((.....((((((((((...(((((.........)))))..........((((....(((((.........)))))......))))(((((...(((((.........))))).....)))))(((((...(((((.........))))).....)))))((((....(((((.........)))))......))))........(((((.........))))).....))))))))))...))))).........))))))....)))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((.........))))))...))))))((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.((((((.........))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...))))))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))....(((((((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))..(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...))))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......(((((((...((((((((((((.(((((((.......(((((((...((((((((((((.(((((((.......(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).))))))).......)))))))...)))))))))))).))))))).......)))))))...)))))))))))).))))))).......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...))))))........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((.......(((((((...((((((((((((.(((((((.......(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).(((((((.......)))))))...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).))))))).......)))))))...)))))))))))).))))))).......)))))))...))))))........
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.......))))))).).).........((((((((((.......))))))).).))....((((((((((((((.......))))))).).))))))((((((((((((((.......))))))).).))))))((((((((((((((.......))))))).).))))))((((((((((((((.......))))))).).))))))....((((((((((.......))))))).).)).........(((((((((.......))))))).).).............
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((..((((.(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...)))))))))))).)))))))..)))).)))))))...))))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((....)))))..((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).))))))......((((....))))))))).((((((.(((((((.......)))))))...))))))........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((.......)))))))...))))))((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......).)((((.(..(((.((.(((.............)))(((....(((...(.(((((((((((((((((((((((.(........).).)).))).))))))))))).)))(((....((((...))))((((((((((((((((((((.(........).).)).))).))))))))))).))))))....)))...).)))((((((((((((((((((((.(........).).)).))).))))))))))).))))))......(((((..)))))))).))..)).)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))((((((.(((((((..((...(((((((...((((((((((((.(((((((.......)))))))...)))))))))))).)))))))..))...)))))))...))))))........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((....))).((((....)))).((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....)))).((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....)))).((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....))))......(((((...(((....))).((((....)))).)))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(((.......[[[[))).]]]].((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....)))).(((....)))...(((....))).((((....)))).((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....)))).((((((((((...(((....))).((((....)))).))))))))))...(((....))).((((....)))).)))))........

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