CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00555



RNA: PDB_00555
Rfam family: -

GGCCACCUGACAGUCCUCUCCGGAGAGAGAAGUCAACCAGAGAAACACACCAACCCAUUGCACUCCGGGUUGGUGGUAUAUUACCUGGUACGGGGGAAACUUCGUGGUGGCCGGGCCACCUGACAGUCCUCUCCGGAGAGAGAAGUCAACCAGAGAAACACACCAACCCAUUGCACUCCGGGUUGGUGGUAUAUUACCUGGUACGGGGGAAACUUCGUGGUGGCCG
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((..(((((((())))))))..))))(((.(((((..((((((((((..........))))))))))...)).))).)))(((((((..)))))))))))))).(((((((.(((..(((((((())))))))..))).(((((((((..((((((((((..........))))))))))...)).)))))))(((((((..)))))))))))))).
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((...((((((((((((((....(((.(((((((..((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))....)))))))))))).))..)).(((((((..((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((((((.((.(((((((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))((((((...))))))))))..)))))))))))))).)).))))(((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((((((....(((((((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))((((((...))))))))))....))))))))))))....))))(((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((((((.(..((((.((((((.(...(((((((((..........)))))))))...).))..))))..(((((....))))).((((((...))))))))))..).)))))))))))).........((((((.(...(((((((((..........)))))))))...).))..))))..(((((....))))).))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((((((.((.(((((((((..(.((.(((((((((..........)))))))))))....)..)))))((((((....))))))(((((((.)))))))))))..)))))))))))))).)).))))(((((..(.((.(((((((((..........)))))))))))....)..)))))((((((....))))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((((((....(((((((((.......(((((((((..........)))))))))(((...))))))))((((((....))))))((((((...))))))))))....))))))))))))....))))(((((.......(((((((((..........)))))))))(((...))))))))((((((....))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((((((.((.(((((((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))((((((...))))))))))..)))))))))))))).)).))))(((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((((((....(((((((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))((((((...))))))))))....))))))))))))....))))(((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))((((((....))))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((((((.((.(((((((((....((.(((((((((..........))))))))))).......)))))((((((....))))))((((((...))))))))))..)))))))))))))).)).))))(((((....((.(((((((((..........))))))))))).......)))))((((((....))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((((((((((....((((............(((((((((..........)))))))))........((((((((((((....)))))))....))))).....))))....))))))))))))....))))(((((.......(((((((((..........))))))))).........)))))................))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......((((((((((.((.(((((((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))((((((...))))))))))..))))))))))))......))))(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))((((((....))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((((((.((.(((((((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))(((..(....)..)))((((((...))))))))))..)))))))))))))).)).))))(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))(((..(....)..)))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((((((((.(..(((((((((.((((..(((((((((..........))))))))).....)))))))))(((((((..)))))))((((((...))))))))))...))))))))))))).)))))))(((((.((((..(((((((((..........))))))))).....)))))))))(((((((..)))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..(.((.(((((((((..........)))))))))))....)..)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..(.((.(((((((((..........)))))))))))....)..)))))(((..(....)..)))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((((((((((((((.((.(((.(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))(((..(....)..)))((((((...)))))).)))..)))))))))))))).)).))).(((((..((((.(((((((((..........)))))))))))...))..)))))(((..(....)..)))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....((((....))))....))).(((((.......(((((((((..........))))))))).........(((((.(((((....))))).(((((.....))))).(((....((((....))))....))).))))).......(((((((((..........))))))))).........))))).(((((....))))).))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....(((((....)))))..))).............(((((((((..........)))))))))........(((((.((((((....))))))[[[[.))))).]]]].(((....(((((....)))))..))).((((..........(((((((..........))))))).(((.....))))))).(((((....))))).))))))).