|
|
|
GCGAGCCUAGCGAAGUCAUAAGCUAGGGCAGUCUUUAGAGGCUGACGGCAGGAAAAAGAGUAUCCUUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUCUCGAGAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGCAGCGAGCCUAGCGAAGUCAUAAGCUAGGGCAGUCUUGGCUGACGGCAGGAAAAAAGCCUACGUCUUCGGAUAUGGCUGAGUAUCCUUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUCUCACUAGAAAUGGUGAGAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((.(((((.......))))).....(((((............(((()))).........)))..))))))))).(((((((((((..........)))))).(((((..)))))..((.((((((((((((...(((....)))..)))))).)))))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..)))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).....((((.((((((...((((.....(((......))).....))))..........)))))).)))).((...((((........)))).(((..((.......(((((.((((((((...))))))))...(((((((.(..((((...(((....)))..))))...).))).......))))...)))))....((((((((....))))))))..))..)))......)).))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((.((((.........)))).....(((((((.....(((....)))...))))..)))......)).))))).(((((((..(((..(((((.((((((((...))))))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))...)))))....((((((((....))))))))......)))))).......)))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((.........))).......))))((..................))...........................((((((..........)))))).............(((..(((.......))).)))....((((((......)))))).......................((((((((....))))))))..................))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................((((((..........)))))).((((....))))..(((.(((....((((...(((....)))..)))).....)))........)))............((((((((....))))))))....................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((..(((.........)))......(((((............(((.......)))....)))..))))))))).(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((..(((....((((...(((....)))..)))).....)))......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).(((((((..)))))))..(((((((.........))).......))))((.(.(((...))).)....))..................((...)).(((((((..........)))))).).((....)).((((..(((.......))).))))...((((((......)))))).........((((..........((((((((....))))))))))))..............))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........))))))...(((....[[[[[[)))(((((((.........))).......))))..........]]]]]]..(((.....[[[.........)))...]]]..((((((...[[[....)))))).((((....))))..]]]((((....((((...(((....)))..)))).....))))........((((.[[[......((((((((....))))))))))))..]]].........))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.....(((......))).....))))...(((((...((((((.(((.((............)))))....))))....))...))))).((((((((...))))))))((((..(((.......))).))))...((((((......)))))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))).....))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........))))))....(([[[...))(((..(((((((..{{.....)))}}.....)))).)))....]]]......................................((((((..........))))))........(((<<.....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......))).>>.........((((((((....))))))))..................))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.....(((......))).....)))).....(((...((((((............................))))....))...)))....(((((((...))))))).((((..(((.......))).))))...((((((......)))))).........((...((..(....((((((((....))))))))..)..))..)).......))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).(((((((..))))))).....((((.........))))........((((...(((...)))......))))..((((........((((...))))((((((..........)))))).(((((..)))))..(((.........))).....(((((....((((.................))))......)))))((((((((....))))))))......))))........))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...[[[[[..)))))).((((((....))))))..((((.....(((......))).....))))...]]]]]..........(((.((...((((........)))).(((..((.......(((((.(((((((.....)))))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))...)))))....((((((((....))))))))..))..)))......)).))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.....(((......))).....))))...(((((.....((((.(((.................)))....)))).........))))).((((((((...))))))))((((..(((.......))).))))(((((((((......))))))..)))..((((............((((((((....)))))))).........)))).....))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((.........))))........((((..................))))..((((.........((((......((((((..........)))))).......((((.......((((....((((...............)))).....)))).......))))..)))).....((((((((....))))))))......))))........))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(((..(((((.(((((((((.(((((....((((...((((.....(((......))).....))))...(((((...((((((.(((.((............)))))....))))....))...))))).))))))))).)))))))))...(((((((.(..((((...(((....)))..))))...).))).......))))...)))))..(.((((((((....)))))))).)....)))((....)).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((.......(((((.(((((((((.(((.......((((..((((.....(((......))).....)))).))))))).....((((.(((.((............)))))....))))((((((..........))))))...)))))))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))...)))))....((((((((....))))))))..))..)).((....))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........)))))).((((((....))))))((.((((((.........)))).....((.((((.((.((...(((((((((.((....((((........))))......((((((..........)))))).)).))))))..)))(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))...)).))....((((((((....)))))))))))).)))).))......))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........))))))).)...((....))((((.((((((((..((((..)..)))..)))))))))))).((((((.(((..)))..))))).(((..(((((((.((((((((((((((........))))))))))))((((((((.((((((.((...((((((...((..)).)).)))).(..).))(..)..))))))))))..).)))(((((((((..))))))))).))))).).)))..))).))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........))))))...................(((........................)))..................................................(((((..........)))))................(((.(((....((((...(((....)))..)))).....)))........)))............((((((((....))))))))..................))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.....(((......))).....)))).............)))).(((.((...((((........)))).(((..((.......(((((.((((((((...))))))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))...)))))....((((((((....))))))))..))..))).......))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((.........))))........((((..................))))...((((........))))......((((((..........)))))).((((....))))..((((........(((((..((....)))).))).(((....))).....))))............((((((((....))))))))...................)))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...<<<<<..)))))).((((((....))))))..((((.........((((.{{{{{..))))(((.(((((......))))).)))....((((........))))......((((((...}}}}}..))))))..(((....)))((((...........[[[..))))...((((((]]]...)))))).......))))...>>>>>....((((((((....)))))))).......((((........)))) |