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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00644



RNA: PDB_00644
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((........(((((((((((.((((..((((((((((((.....((((((..<<..<<..)).....((((((...((.>>..>>..))......))))))...))))...(((....)))(((((....)))))(((((..)))))))....(((((((...((....))....)))))))...........((....))...((((.((..((((...))))..))))))...(((.....((((((..((..((((..(((((......)))))((.....dddd.....))DDDD.))))....))..))))))......((((.((((.......)))).))))......(((((.[[[[[)))))..)))......)).)))))).)).............(((....)))...))........((((((..))))))............)).))))))))))).........((((((.(((.......))).))))))..................((((((....(((.((((((((....((....(((....)))....))...(((..)))...((.......))..........)))))))))))..((..((.((((((.....(((((((((.((((...(((((((......)))))))....))))..(((....((........))...)))....)))))))))...((.......))......))))))..))....))..(((((((...((..........))..(((((((....((..((.((...((.....(((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))).....))...)).))...))...))))))).....(((((((............)))))))....(((......)))...((((.(((..(((((((.....cccccc...........(((...((((((............((((((..(((.........)))..))).........(((....)))..)))........))))))..)))..........)))......CCCCCC.))))..)))))))...((((((((...))))))))......)))))))..(((.((((((....((.(((..(((..)))..))).)).)))))).)))........)))))).....((((.....((((((.......)))))).((((...((((.(((...((((((...((.....)).))))))....((bbbb.((..(((....(((....)))....)))..))...(((((........)))))))..((((((((..(((...(((((..(((((.((((((((((..(((.((...aa....)))))...(((((.((((.((.((((((.............))))))....))))..))))))).((.((((((....)))))).))))))))).)))..))))).......)))))...))).....))))))))..BBBB..)))....((......)).)))).((((......)))).))))...(((((...((((((((.((...............((((((..(((..)))...))))))((((((((...))))))))............((((((.((((.((.........)).))(((((((....((((.....))))......)))))))..((((.(((..((.((((..((((...((.((((((((((....)))).)))))).))...))))))))...)))))..(((.........))).........((............(((((.....)))))......))...))))...))..)))))).....)).))))))))))))))))).........(((((........)))))..((((((((..((.........((((.((((((..(((((.....(((((.((((((((((((((((((.........((((((((((...(((((((((((..)))))))))))))))..........))))))))))))))))))))))))...(((((((......)))))))....)))))......)))))..(((.......)))((((((...........))))))..((....((((((...(((((.........))))).....((...{{{))....))))))....((((..((((....))))..)))).((((..)))).))}}}.......((((((..((..]]]]].)).)))))).............))))..))))))........((...(((((((...(((.....)))...)))))))....))...........((((((((((..((((((............)))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).......((((((((..)))).))))........)).))))))))....(((((((...((((..(((((((...............)))))))((((((.....(((..(((((((((((.AA.))))))...)))))..)))...))))))...(((..(((((.............)))))..)))..)))).......)))))))..(((..)))....(((((((((.......)))))....((((((((.((((...((((((..))))))..))))..))))).)))...))))....)))))))).((((((((((....((.((((((....(((((...............)))..))...))))))..)).(((..((.(((.((((((..)))))).)))..)).)))..))))))))))
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((...))))).((((.((((((..((((((......((.(((..((((((.....((((((.((((.........))))....))))))..((((((..(((....)))(((((....)))))((((....))))......(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).......(((((((((......(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....)))))(((((....)))))......)....)))....))).))))))((....))...((((((((((..(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((.....(((((.((...(...........(..((((..((...((((........((((....))))...........))))....)))))).)......(((((((.(.((((((..(((.........((((........))))(((((..((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))((((((..(((.((((((((.((((.(((.((((....(((((......)))))(((....)))))))))).........((((..(((....)))...))))..((((.....(((((.((......))...)))))....))))......(((((....)))))..(((((((...((((.((((((...(((...(((.((((.(.(((((((.....))))))).).)))).)))..)))....)))))).).)))..)))))))((.(.((((((..((((((((((((...(((....).((.(((.((..((((((.(((...((((.......)))))))..))))))..)).))).))(((.....))).))..))))))))))))....)))))).).)).......))))....))))))))))))))))).......))((((......)))))))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))))..).(((((((((...(((((((....((((((.......))))))...)))........((((((((((((.....((((((((((.(.......))))..(((.(((.((((((..(...(((((((((.(...(((((........))))).)..........(.((((((........)))))).)........((((.....))))....(((((((((..((....((((((((((....(.....)..)))))).((((..((.(((((...((((((((..((((...((..((((......))))..))))..)).))))))))..)))))))..))))...)))).....))..)))))).)))(((((..(((((....)))))..))))).(..(((..((((((((((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))...............((((((.((((...........)))(((((((((...(((.....)))...)..))))))))).)))))).(((.((((((..(((...((...(((((..((....))...)))))...))...)))))))))..))).((((((.......))))))...)))).))))).))))))((((((.....))))))..........(((((..........))))).....)))))))).))))..........)))))))))...)...))))))).)).)))).)))))).....))))).)))))))))))...).))))))))(((((((((((........(((((...(((((..((((.....(((((((....))))))).....)))).........))))).)))))))).))))))))...(((((((......)))))))..(((.......)))......(((((.....((.(((((((...........))))))).))...))))).(((.((((((((...))))))))...))))......))..)))))).).)))))))..(((......)))).)).)))))........))))).)))...))))))).)))))))))..)).))))).)).))))))))..(((((((()))).)))).))))))))).((((((.........))))..))(((((.....))))).......)))))))))(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).....(((...)))..(...((....(((((((....))).))))...))......((((.((((((.(((((((...(((..(.((((((..((.(....).)).))))))..).....((((((..((((((((((((....))))))...))))))..))).((((((...)))))).(((((...........)))))......)))))).......)))))))(........)(...(((.(((((.......)))))....((((((((.((((.((((((....)))))).).)))..))))).)))..........)))....).......)))))).)))).(((((....(((.....((((........))))..)))...))))))..............))))))))))))))).)).....)))))))))))).))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((....[[[[[.[[[[[[[[[)))...]]].....]]]..]]].]]]]].(((.....[[[[[[.............)))......]]]]]]...(((...((((....))))((((....))))(((((....))))).....[[[[)))(((((......)))))..]]]].((((..(((......)))..))))....(((((((.....((((((((...((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))......((((((((((.....))))))))))......((((((....))))))..))))...........(((((.....(((((((..............(((((.......((((....))))...................((((((............))))))))))))))))))))))).(((((((.........(((((((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....)))).......))))))))))))))........((((..((((((.......(((((((....(((((......)))))((((((((((...)))).)))(((.......(((..((((.....))))..)))......)))...)))))))))).......))))))..(((((......((((((((..(((((((((........((((((...(((...(((.((((...((((((((...))))))))...)))).)))..)))....))))))........))))).(((((.(((((((.(((.....))))))))))....(((......)))..(((((((((....((((((.....(((((((..((((.......((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))...((((........))))....)))..))))))))))))))...((((((((.((((......((((((........(((..((((((((...))))))))))))))))).))))(((((((((((......(((((..........)))))...............))))))..((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...(((...))).))))))))..)))....(((......)))....))))))..)))).))))).(((((........))))).))))))))...)))))))..)))))).................((((.....))))...))))).)))).)))))..))))((((((...(((...))).))))))...)))))))).....))))).(((((....)))))....)))).........(((((((((...(((((.....((((((.........((((...(((((..(((((....(((((..(((((....)))))..)))))(((((......))))).((((((.(((((....(((((.......(((....)))(((((((((((((...))))))))((((((.........(((....)))(((...)))......(((((.((((..(((.....)))........(((((...)))))..(((................)))...))))))))).......)))))).......)))))))))).....((((((.......))))))........))))).))))))))))).....((((.(((((.(((.....))).....((((.((((((((((((((.(((..(((((...)))))...(((((((....)))))))..)))......((((..((((...........))))......)))).........)))))))))..))))).)))).))))).))))........(((((((....)))))))...(((((((((.......((((.(((((.(((((.((((....(((((((......)))))))((((((.(((((..(((.....((((.((((....((((((...........))))))))))...))))))))))))))))))(((.....)))....)))))))))))))).))))((((..((((..(((......)))..)))).(((....))))))).......)))))))))....)))))..))))......)))))).......((((.........)))))))))..((((((((((.........)))..))))))))))))))))....)))))))))))...(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).......)))))))...)))))))).(((((((....))).)))).........))))))).......((((((((.(((((.....)))))..(((.......[[[..)))..]]]...((((((..((((((((((((....))))))...))))))..(((.((((((...)))))).[[[[[...))).....]]]]]...)))))).........))))))))..............(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...))))...))))))))).((((((((((((((....))))).........((((..[[[......)))).(((...))).]]](((............[[[[)))...]]]](((.....)))....)))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((...))))).((((.((((((..((((((......((.(((..((((((.....(((((((((((.(......))).)))..))))))..((((((.((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).........((((.((..((((((.((.((........(((((.((.((((.....)))).))...((.(((((....))))))).(((((...((((((.(((...((.(((.....(((((((((((((....(((......))).((((((....)))))).........(((((((...(((.((..((((((((((((((((((...((((.......(((((.....))).))........))))....(((((.(((.......))))))))..))))))).)))))))).(((((........)))))....((((((.(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......)))))))))))))............((.((((((.((((..((((((.....(((((......)))))(((....)))...((((((((.(((((((((.(((....))))))).))))).))......))..)))).))))))..)).)))))))).))((((..(((((....)))))...))))..)))).)).((((((...(((...(((.((((...(((((((.....)))))))...)))).)))..)))....)))))))))..)).))).))))))).(((((((.(((....))).)))))))....(((......)))...((((.((((..(((.(((...(((((((...)))))))))).....(((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))))))).((.((((......)))).))...........)))..))))))))...((((((((...)))))))).((((((.....((((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).)))...)))))))))))))))))))......))).))...))).))))))...)))))..)))))..(((((..((((.((((((...(((...((((((((((..(((...(((....)))...)))........(((((........))))).((.(((((.....)))))))..(((((((((..((((((((((((((.((.........)))))).((((((.((..((((((((((.............))))))....))))..))))))))....(((((....)))))...))))))...(((((((.(((.......((((.((..((((((....((((.((((...(((((.(((......)))(((..(((((....)))))..)))..(((((......))))).......((((((..((((((((((......)))........((((((((((...)))))))).)).((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((.....)))...))..))))))).((((((.....((((.((..(((...((...(((((..((....))...)))))...))...)))(((.....))).((((((.......)))).)).((((..........))))((((((.....))))))))))))...)))))).....((((.((((((((((((((..(((.(((((...)))))...(((((((....)))))))........((.((((..((((..((...))..))))......)))).)).)))..)))))))))..))))).))))...))))))).))))))..(((((((....)))))))((.(((((((((...((.(((((.(((((.(((((.((((.((.(((((((......)))))))((((((.((...((((...))))...)).))))))((((((...........))))))(((....))).......((((((((...)))))))).)).)))))))))))))).))))).....((((..(((......)))..)))).(((....))).......))..))))))))).)).)))))..)))).)))).))))))..)).)))).((..(((((....((((((..(((((.((((.........)))).)))))))))))...)))))..)).)))))))))).((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....(((((((((...((((.(((.(((((((....))).)))).((((.((.((...((((.....((((((((...(((.((((((......((.((.((.(((.......))).)).)).))((((((((((((((....))))))...)))))).))...((((((...)))))).(((((...........)))))..)).)))))))......))))))))..))))...)))))))).(((((.......)))))....))).)))))))))).))).)))))))))))))....(((((((....))))))).))))))))))...))).((((.....)))).)))).)).))))..))))).)).)).)))))).(((...))).))..))))........))))))))))))))).)).....)))))))))))).))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((.....))..))))).(((........................((((........(((((eeeeee..................))))).........((((....))))((((....)))).((((....)))).......((((..(((((......))))).))))..........................(((.(((((((.((..((((((.((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))(((......)))............)))....))).))))))............(((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((.....................((((((....((....))....(((........((((....))))....................................bbbbbbbb)))..))))))BBBBBBBB...............((((((.......(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((..((((.((((((((.(((...(((((......(((((......)))))......(((.....)))............................................aaa.......)))))....AAA.....................((((.....))))(((......{{{{{{{{..........(((.((((...(((((((.....)))))))...)))).)))........................)))........(((((((.dddddddddd.)).........................................................((......(((((....)))))......)).<<DDDDDDDDDD.....))))).....>>......)))....))))))))))))))))).........((((......))))))))))........((.........(((..((((((((...))))))))))).)).........(((((((...((....(((((.((....)).)))))....)))))))))....(((((((((....((((.......((((((.......))))))..((....))....((((((((((((.....((((((((.........................((((((......(((((((((.....(((((........)))))............................................(((.......))).....((((((((((hh....((((((((((.............)))))).((((..(((.((((...((((((((.((.((...((...............))...)).))..))))))))..)))))))..))))...)))))))..HH...))))).)).(((....(((((....)))))....)))....(((..((((((((.((...............(((((...............)))))((((((((...))))))))..........(((((((((.....................(((((((((...(((.....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..(((...((...(((((.............)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........)))..((((.......))))..........)))))).....))))))).))..)).)))))))).)))...........))))))))).......)))))).......)).)))))).....))))).))))))))))).....))))))))).......}}}}}}}}..................((((.....(((((((....))))))).....)))).........(((((.(((((.(((((.(((.....(((((((......)))))))((...................(((((.(((....(((((((...........))))))))))...))))).....cccccc)).....CCCCCC.....))))))))))))).))))).....((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))).....................))))))))((((((((.........))))..))))....................EEEEEE...(((((((((((......))))))).)))).((((.....)))).........[[[[[[.....)))))).(((((((....))).))))....))...))))))).))).............(((....((((((...............))))))..(((((....(((..((((((((((((....))))))...))))))..)))..)))))....((....(((((...........)))))....))...)))......................))))......(((((.......)))))............]]]]]]......................ffffff)))...FFFFFF...))))))))).(((((((((.....((.(((((....(((.((gg.............))GG.)))...)))))..))(((.......((.(((((....))))).)).......)))..)))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...))))..))))..((((((..((......)).(((........(((((.((((((((((((((((.....((((((((.(((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).)))).)))).((((((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))((....))...((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((.....((((((....((.....(.....)..((....))...((((........((((....))))...........))))....((.((..(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((..((.((.(((((((...(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).((((((..(((.((((((((.((((.....(((((...(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))...((.((((((((....((((....((((.....(((((.(((....)))...)))))....))))..........(((((((...)))))))...........(((((...(((...(((.((((...(((((((.....)))))))...)))).)))..)))....))))).))))....)))))))).)).(((((((.(((....))).)))))))....(((......))).((((.........))))(((...(((((((...))))))))))....(....).......))))).(((((.(((((.......))))).))))).....))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))..)).)).((((((((...(((...))).)))))))).....))..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).((.(((((.....)))))))....((((((((((...((((.(((((.(((((((.....(((((((((..((....((((((((((.(.(((...)))))))))).((((..(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))..))))...)))).....))..)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......))))).((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).((..((........)).))..(((((((((.........(((((((((...(((.....)))...))..)))))))...(((...(((....)))..)))........((.......((..((...)).))........))...))))))))).((((((.......))))))...)))).))))).)))))).(((((.....)))))((((((((...(((((..........)))))(((((.....)))))................(((((((....)))))))....))).)))))....((((..((...))..)))).))))))).)))))........)))).))))))))))........))))))........(((((((....))))))).((((((((((((......)))).(((((.(((((.((((.((.(((((((......)))))))..((((.....))))......(((((.((((....((((((...........))))))))))...))))).....((((((((...)))))))).)).)))))))))))))).))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..))))))....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........)))((((((...((((.(((.(((((((....))).)))).((((.((.((...((((.....((((((((...(((.((((((......((.((.((.(((.......))).)).)).))..((((((((((((....))))))...))))))......((((((...)))))).(((((...........)))))..)).)))))))......))))))))..))))...)))))))).(((((.......)))))....))).)))))))))).(((((....))))).))))))(((((((....)))))))...))))))))).(((((((((.....((.(((((....(((...((.(((........))))).)))...)))))..)).((........(((((((....))))).)).......))...)))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...))))..))))..((((((.............(((........(((((.((((((((((((((((.....((((((((((((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).((((((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))...........((((((((((..(((((......(((((((((((((((((((.(((((.....((((((....(((((.............((((.....((((........((((....))))...........))))...........aaaaa..aaaaaaaaaaaaa.))))..AAAAAAAAAA.AAA.(((((........(((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....)))).......))))))))))))))((((((..(((.((((((((.((((.....((((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))......((((((((....(((((...((((.((..(((((.(((....)))...)))))..))))))......(((..[[[[[[)))]]]]]]............(((((...(((...(((.((((...((((((((...))))))))...)))).)))..)))....))))))))))....))))))))....(((((((.(((....))).)))))))....(((......))).eeee.))))))..EEEE(((...(((((((...))))))))))(((((....))))).........(((((.(((((.......))))).))))).....))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.........(((((..........)))))......))))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....AAAAA........((((((((...(((<<<))).))))))))..))))).......(((...(((....)))...)))........(((((....bbb.))))).((.(((((.{{{.)))))))....((((((((((}}}((((((((((.(((((((.....(((((((((........((((((((((.(.(((...)))))))))).((((..(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))..))))...)))).........)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......))))).((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))(((...............))).(((((((((.........(((((((.....(((.....))).......)))))))........................................(((..........)))............))))))))).(((((((....).))))))...)))).))))).)))))).(((((.....)))))((((((((...(((((....BBB...)))))(((((..ccc)))))CCC.............(((((((....)))))))....))).))))).>>>((((...........)))).))))))).)))))).......)))).))))))))))........))))))........(((((((....))))))).((((((((((((......)))).(((((.(((((.((((....(((((((......))))))).(((((...............ddddd...))))).((((((...........)))))).......DDDDD...(.((((((((...)))))))))...)))))))))))))).))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).))))))))).....))))).)).))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..))))))....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........)))((((((...((((.(((.(((((((....))).))))(((((.((.((...((((.....((((((((...(((.(((((((...(.((.......(((.......))).......)))(((((((((((((....))))))...)))))).)....((((((...)))))).(((((...........)))))).)).)))))))......))))))))..))))...)))))))))(((((.......)))))....))).))))))))))((((((....))))))))))))(((((((....)))))))...))))))))).(((((((((........(((((....(((...((.(((........))))).)))...)))))....(((........(((((((....))))).)).......)))..)))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((.....)))).((((.((((((..((((((......((.(((..((((((.....((((((.((((.(......)))))....))))))..((((((..(((....))).((((....)))).((((....))))(((...(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).......((.....))...)))..((((........((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))......((.(((((((.(((..((((((.((((((((((((((....))))))..((((...........(((((.....(((((((...((....))...(((((.......((((....))))...................(((((.(((.......))))))))))))))))))))))))).(((((((.......(((((((((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))........((((..((((((.((((..(((((((....(((((......)))))(((.((((((...)))).)).(((....((.(((..(((.......)))..))).))...)))...))))))))))..)).))))))))..(((((.((((.((((((((..(((((((((...((((.((((((...(((...(((.((((...(((((((.....)))))))...)))).)))..)))....)))))).).)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((....((((((...(.(((((((.........((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))))))))....((((((((.((((......((((((........(((..((((((((...))))))))))))))))).)))).(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))....(..(..((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...((.....)).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))..))))..)..).(((((........))))).))))))))...))))))).))))))).................((((.....))))...))))).)))).)))))..))))((((((...((.....)).))))))...)))))))))))).))))).(((((....)))))....)))).....(((.(((((((((...(((((.((..((((((....((((.((((...(((((..(((((....(((((..(((((....)))))..))))).((((......))))..((((((.(((((.((((((((......((((....))))((((((((((((...))))))))((((((......((.(((....))).(((((....((((.((((((((....(((.....)))......))))))))...((((..(((....))).))))...))))...)))))..)).......)))))).......)))).)))))..((.((((((.......))))))))..))).))))).)))))))))))....(((((.((((((.(....))).......((((.((((((((((((((.(((..(((((...)))))...(((((((....)))))))..)))...((.((((..((((..((...))..))))......)))).))......)))))))))..))))).))))..)))).))).))......(((..((....))..)))((.(((((((((......(((((.(((((.(((((.((((.((.(((((((......)))))))((((((.(((((.((......(((((.((((....((((((...........))))))))))...))))))))))))))))))............)).)))))))))))))).))))).....((((..(((......)))..)))).(((....)))...........))))))))).)).)))))..)))).)))).))))))..)).))))).(((((..((((...((....((((....))))..)).))))..)))))...)))))))))))).))))))))))).))..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).......))))))).))))))))))))..))))))((..(((((((((........((((.((((((.((((((((.(((((..(..((((..((.(....).)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).)))))))).........((((((((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).))).........)))))).)))......)))))).))))...((((.......)))).....)))))))))..))......))))))))))))..))))..))))))))))))))).)).....)))))))))))).))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........((.....))...........................................................................................(((....))).((((....)))).((((....))))......(((((..(((((......))))).)))))..............................((((((.................(.......((((((.(((..(((...((((((....))))))........................)))....))).))))))......((((((((((.....))))))))))......((((((....))))))....)......................(((((((...((....))...(((((.......((((....))))...................((((..(((.......))).))))))))))))))))......(((((((.......((((((((((((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))......................................(((((......)))))....(((((.....))).)).......................................................................(((((.((((.(((((((...(((.(((((...((((.((((((...(((...(((.((((...((.(((((...))))).))...)))).)))..)))....)))))).).)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((.(((((...............................((.((..(((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).))))).......................)))..)))))))..))))..........................................((((((((...))))))))................((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))..............................(((((.......)))))..................((((((((.............))))))))............................................(((((........))))).............................................((.......))....)))))..))).)))))...)))((((((...((.....)).))))))....))))))))))).))))).(((((....))))).................(((((((......(((......((((((....((((.((((...(((((..(((((....(((((..((((......))))..)))))(((((......)))))..(((((.(((((.(((............(((....)))(((((((((((((...))))))))((((((.........................................((...(((.....)))...))................(((((...((....)).....))).))................)))))).......)))))..........((((((.......))))))....))).))))).))))).)))))......(((.(((.((.(....)))........(((.((((.(((((((((.(((..((((.....))))...(((((((....)))))))..)))...((..(((..((((...........))))......)))..))......)))))))))...)))).)))....))).))).........(((..((....))..)))((.(((((((((......(((((.(((((.(((((.((((.((.(((((((......)))))))((((((.((((..........(((((...(.((.(((((((...........))))))))))...)))))...))))))))))............)).)))))))))))))).))))).....((((..(((......)))..)))).(((....)))...........))))))))).)).)))))..)))).)))).)))))).......((((((....)).)))).)))...((((((...................))))))..))))))).....)))))))))).))(((((((((((......))))))).)))).((((.....))))........)))))))............(((((((....))).)))).........))))))...........................((((.....(....)....))))....(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))..........((((.............))))............................................(((((.......))))).............................................................))))))))).(((((((((.........((((....................................))))...............((.(((((....))))).))............)))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((.....)))).((((.((((((..((((((......((.(((..((((((.....((((((.((((.(......)))))....))))))..((((((..(((....))).((((....)))).((((....))))(((...(((((..(((((......))))).)))))................((((...((((.....))))....)))))))..((((........((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))......((.(((((((.(((..((((((.((((((((((((((....))))))..((((...........(((((.....(((((((...((....))...(((((.......((((....))))...................(((((.(((.......))))))))))))))))))))))))).(((((((.......(((((((((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))........((((..((((((.((((..(((((((....(((((......)))))(((.((((((...)))).)).(((....((.(((..(((.......)))..))).))...)))...))))))))))..)).))))))))..(((((.((((.((((((((..(((((((((...(((..((((((...(((...(((.((((...((..(((.....)))..))...)))).)))..)))....))))))...)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((...((((((....(((((((...))))))).((.((..(((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))..))))..........))))))...............((((((((...((((((((...))))))))..(((((..(((((((((((((.((......((((..((....))..))))...)).)))))).(((((.....((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...(((...))).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))..)))).......(((((........))))).((.(((((.....))))))).....))))).))))..)))..)))))..))))))))..))))).)))).)))))..))))((((((.............))))))...)))))))))))).))))).(((((....)))))....)))).....(((.((((((((....((((..((..((((((....((((.((((...(((((..((.......(((((..(((((....)))))..))))).((((......))))....))..((((((..(((((((((....((((....))))....((((((((...))))))))((((........(((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).....(((((......(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).)))))))...(((((((((.(((..................(((((((....)))))))...((......))..........))).(((((((..((....))..))).)))).)))))))))....))))..))...))))))).))))))..(((..((....))..)))((..((((((((......(((((.(((((.(((((.((((.((.(((((((......)))))))((((((.(((((.((......(((((.((((....((((((...........))))))))))...))))))))))))))))))............)).)))))))))))))).))))).....((((..(((......)))..)))).(((....)))...........))))))))..)).)))))..)))).)))).))))))..))...((((((....)).)))).)))).(((((((((((.........)))..))))))))))))))))))).))))))))))).)).((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).......))))))).))))))))))))..))))))((..(((((((((........((((.((((((.((.((((....(((((..((((...........((.(((.......))).))(((((..((((.((((((((....)))))..((((....((((..((((((...))))))...))))...))))...)))))))..)))))........)))).)))))...)))).((((((((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).))).........)))))).)))...)).)))))).))))...((((.......)))).....)))))))))..))......))))))))))))..))))..))))))))))))))).)).....)))))))))))))))).