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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00675



RNA: PDB_00675
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..((((((((((((((((((..(((((((((.((.....(((((((.ee.eee.)))....(((((((((((((EEE.EE.)))...))))))))))..))))...(((...)))....((((((.....))))))))..(((((((((((((......)))).))))))).))....((..((.....))...(((((((.(((((...))))))))))))...(((.((.((...(((((..))))).....)).))..(((((((((....((((((((.((((((((((....((((.dd...)))).((......<<<.DD..))>>>..))))))))))..)))))))).))))))).)).....(((((((((......))))))))).....(((((.{{{{{{)))))..)))))......))))))).)).............(((((..)))))..)).........(((((...))))).............)))))))))))))))).......((((((((((......(((((((((..((((.((((((....))))))..)))).))))))))).....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((.(((((.....))))).))))...(((..))).....(((((((((((..))))))))))).((((((....))))))...)))))))))))))..(((((((((((((.....(((((((((..(((((((((((((((..)))))))))))).)))...((((.(((.((........)))))))))...)))))))))...(((.....)))......))))))).))..))))..(((((((((((((((....)))))((((((((((((((.(((((((((.(((((....(((((((.)))))))..)).))).))))))))))))....)))))))))))...((((((((((.....)))))))))))).((((......))))..(((((((..(((((((.....ffffff.....ff.........(((((.((((((((((...((..(((((.(((..(((.........)))..)))........((((....))))..))))).)))))))))))))))))........)))FF....FFFFFF.))))..)))))))(((((((((...)))))))..))..))))))))((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)).....))))))(((...(((.......((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((aaa(((..((((((((((.....)).))))))))....)))..(((((........)))))))((((((((.....((((((((((((((((((.((((((((((((..cc.))))))(((((((((..((((((((((.(((.....)))..))))))))))...))))))).))((..)))))))).))))))))))......)))))))))))))))).AAA..)).....((......)).))))..(((((...)))))..))))...((((....((((((((((((...............((((((.((((..))))..))))))(((((((((.....)))))))))............(((((((((...((.........))..((((((((((.((((((..)))))).))..)))))))).((((.(((..(((((((..((((...((((((....))))))...)))))))))..)))))((...))....................(((((.......)))))..........))))...)).))))))).....)))))))))))))))))))..))).((..[[[[[......))]]]]]..((((((((.(((.((......((((.((((((..(((((((((((((((((((..)))..((((((..))))))..))))))))))).)))))...((.......))..((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((..)))))))....((...bbb))....)))))))...((((((((((.......)))))))))).((((..)))).))BBB....((.(((((.(((((.}}}}}}))))))))))))........))))..))))))......(((((.((((((((((((((.....))))))))))))..))))).))......((((((((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).))....((((((((..)))).))))....))..)))))))))))....((((((..(((((..((((((((((.(((....)))))))))))))(((((...(((((.(((((((((((CC..)))))...)))))).))))).))))).(((((..(((((..(((.)))....)))))..))))))))))......))))))...(((((((((((.......)))))....(((((((((((((..((((((((((..)))))))))).))))).))))).)))...))))))...((((((....((((((((.....(((((((....((....)).))))..)))...)))))).)).(((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).))))))...(((())))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((....(((((((((((((.((((((((..(((((..((...((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((.....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).))..))))).........((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))).((((((((((((((((....((((..((...))..))))..(((....)))..............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).(((.(((..((.....))..))))))..(((...(((((((.((((((.(((...................(((((((((((((((((.((((((((((((((.....)))))))))).)))).((.(((((((((((((((.....((((((.....(.((((((....)))))).)....((..((((((((((...(...(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))))..))))))))))..)).........))))))..((((((((((...((((..(((...(((.((.((((.(....).)))))).)))..........(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((.((((((((((((((..((((......)))).(((......(((((((((...((.....)).(((((((...(((..(((..(((((((((((.((....(((..(.....)..)))..((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)).....((((((......))))))..))))).).).))))))..))))))....)))))))..))))).)))).((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))).))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..)))))))(((((((......))))))).(((((((....)))))))......)))))))))).).))))))..(((((((....))).)))).....)))))).)))))).))).(((((((..((((..(((((((..(((.(....)..))))))))))..(((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).))).....((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).))....)))))))).)))...)))).))...(.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))))....)))))))))...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))....)))))))))))
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((()))))....((..(((((..(((((...........))))).)))))))..((.((((((...(((.......)))......)))))).)).(.......)...........(((((.....)))))......((((((..(((((......))))).))))).).....................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..((((((......))(((((...((.((((....)))).))((((((.(((((((.((.(((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..)))))....................................(((((((......)))))))......((((....))))..((........))....(((((((((((...((.((((((((((((.(..((((((..((......((.(((((....)))))..)).....)..))))..)))))))))))))))).))(((....)))...))))(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).....)))))))..........(((((....)))))..(((((((..(((.(((((((((...(((.(((((())))))........)))....))))))))))))....)..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))..(.((((((((....))))))........(.((((((((((...(...(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))))..)))))))))))(((.........)))..........))..)..............))...)).)))))))..))))))......)))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))....(...(((((((((...((....))....((((((.......)))))))))).........)))))((((((((..((.....))))))))))........((((..((((((.((.....))..)))))).....)))).(((((........)))))........................(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))(((((((...(((..(((..((((((..........((((..((((..........((.....((((..((((...((.((((.......)))).))))))))))(..(..((((((((.((((............((((.(((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))....).))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((.(.(((....))).).)..))))))))((.(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..))))))))).))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))..)).....((.......))))))...)))).......))))))..))))))....)))))))........((((.((((((((.((((....))..((((....))))..)).))))))))..))))))))))))).))))).(((((((((.......))))))))))))...(((((((((.((((((..))))))...)..(((....)))..)))))))).(.(((((((((((.....))))))))))).).....))))))))).(((....(((((.((((((.....)))))))))))...........))))))))))))..........)((((((((...((.......))...)))))))).(((.(((((......((...(((.((((((((((((......)))))).))))))))).......))........))))).)))..........))))))))..))))).))))))))).....(((.......)))(((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......)))))))...)))))(((((((.....))))))..).(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).))).......((((((...((((((((((.(.((.((((.............)))).)).)..))).....(((..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))..)))))))))))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..)))).((...(((((..((.((((..(((((..((.(((((....(((..............(((.((((((..((((...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))....((((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((..((.........(((((....))))).........))..)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((((.(((((((((.(.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..)))))))))))))).....(((.......))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..))))((((.(((((.(((..(((((((((.......))))))))).))....((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))).(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))((.((((...(((.(((.(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))..(((....((((((.....))))))))).(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))))).)))...)))).)).....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))..(((((......))))).))))))))))))..))))))).)))))..)))).)))))))....)).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((....................((((((...(((.......)))......)))))).........................((ee...eee.))........(((((..(((((......))))).)))))............EEE...EE...............(((........)))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....((((((.......((((......))))......((.((((....)))).))...))))))..............((..((((......(((((((........)))))))......dddd))))...))DDDD..............)))))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))...((.((((((((((((....((((((.............(((((....))))).............)))..))).)))))))))))).))((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))......)))))))...))))))((((......))))(((((....))))).(((((((((.....[[[[[[.[[[[[[..[[............)))))))))........(((((((...(((((((((((((.....)))))))))).)))..(((..((ffffffffff..))....)))((......((((((....))))))......))...................(((((((((..((((.......))))..)))).......(((....hh)))bb)))))...((((((((...(((.........))).))))))))....................((((.......))))...................((((((((......((((((((....))))))))ggg))))))))..........((...(((..............((((((.......)))))).......)))....))...(((((((...........))))))).........GGG...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((aa.(((((((((((((...)))))){{{{{(((((....(((((....(((.....))).....))))).....))))){{........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).....((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))...((((.(((.....(((((}}.((((((.((((.((((((((........(((..cccc.)))CCCC.....))))))))..))..}}}}}...(((.....(((((((((.......))))))))))))...(((((((...(((((....))))).......((....))....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....))))))))))).....)).))))))AA..)))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......))))))).))))))))........................BB...HH......(((((((....))).))))......FFFFF.FFFFF......(((((((..(((...((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...))))..)))......)))))))........)))))))...................((((((((....(((((..........)))))...)))).))))......]].]]]]]]..((((......<<((((((.....((.((((.............)))).)).....)))))).(((..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))...>>]]]]]]....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..))))......(((((..((.((((..(((((..((..((((....(((...)))........((..((((((..(((....(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).((...((((......))))..))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))..)))....((((((((((((((.((((.......(((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.((.(((((.((((.((((.....(((((.......)))))...((.................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....)))))............(((....))))))))))))))).(((((....))))).))..(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...)))))))))))))).))).....((((((..((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).((((..(((((....)))))......))))..(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..)))))).))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((..(((((((((.((.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..))))))))))).))...................))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))............((((((((....))))))))..((((................(..............).....(((((((....)).)))))..((...........))..(((((((...........)))))))......))))((...((((((.((.....))..))))))......))..(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..))))))))......)))....(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))(.((..((.......(((((..((((..(((((((.....(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...(((......)))))))).(.............(((((((....(((....)))......))))))).((.(((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))).))...(((((......))))).(((((.......)))))..........)))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((..(((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))......((((.....(((((((((.......)))))))))))))...((..(((..(((((....)))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....))))))))))).(((....))).............(((((.((((((.....)))))))))))..........)))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))...)))).)))))(.((((((((((((......))))))).))))))))..)).).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))..((((((.......))))))((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))).(((((..((((((((((.....))))))......(.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..).....)))).....))))).....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))..(((((......))))).)))))).)).....)))).)).)))))..)))).))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((..(((((..((((..(((((.(........)))))).)))))))))..))))......(((((.....((((..(((((..((.(((((....(((...)))........((.(((((((..((((...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))....((((((((((((((.((((.(((..(((....((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.((.((((((((((.((((.....(((((...{{{.)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....))))).(((...)))..(((....))))))))))))))).(((((....)))))..........((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).................(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....))))..(((..(((((....)))))......)))...(((((}}}.)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......(((.(((((((((.((.....((((((((((.((((.......))))).))))......((((......)))).)))))..))))))))))))))...................))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......((((..((((((((....))))))))..((((....aaaaaaa..(((((............)).))).(((((((....)).))))).((((.........))))((((((((...........))))))))aaaa.))))((((.((((((............))))))....))))..(((((AAAA....)))))..((((((((.......dddd...ddddddddd..((((((..(((.cccc)))[[[[[[.(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))[[[[[[[...))))))....dddddd................)))))))).))))........(((((..(((......((((.......))))...))))))))bbbbbb((((((((.(((....<<<<<.((((((......(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((........eeeee..)))))(((...........((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))).....((((((.(...)))))))(((((.......))))).........)))))))))..EEEEE<<<<<<.)))))))))))...>>>>>>.((((((......))))))............DDDDDD....bbbbb...]]]]]]].(((((((((((.((((((((.((((....))))((((....)))).....))))))))..)))))]]]]]]((((CCCC.(((((((((.......))))))))))))).(.((..((((.(((((....)))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))........))))))DDDDDDDDD.DDDD....AAAAAAAbbb)))..).))........BBB.....BBBBB.......>>>>>.....((.((((((((((((......))))))).))))))).BBBBBB.(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))....((((.......)))).(((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))(((((..((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....)))))...(.((((((((.(((....((((.............))))....))).)))))).)))((((((......))))))))))))))).....))))))).)))))..))))...))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((..(((....(((((((((..((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((.....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).................))))).))))...((((......)))).))).((((..((((..((((....))))....))))....))))..))).))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))..((((((((((((((((....(((..((((.......((.(((((....)))))..))........))))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).(((.(((..((.....))..))))))..(((...(((((((.((((((.(((.................(((.((((((.((((((((..(((((((((((((.....)))))))))).))).((..(((((((((((((((.....((((((.....(.((((((....)))))).)....((..((((((((((...(...(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))))..))))))))))..)).........)))))).(((((((((((...(((((....(..(((.((.((((.(....).)))))).)))..).......(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((.(....((((((((.((((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.....................(((((.((.......)).)))))..((.((((.((((((....)))...)))..(((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).)))))....((((((......))))))....)))).)).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))............).))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......))))))..(((((((....)))))))........)))))))).).))))))).(((((((....))).)))).....)))))).)))))).))).(((((((..((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).))....))))))))...))))).))))....(.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).)))))....)))))))))...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))....)))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.........(((.((((...((((((...(((.......)))......))))))..((((..................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).))))..................))))..)))...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((....(.((((......)))))....(((.((((....)))).))).)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))......(((......)))..........)))))....))))))))))).((((((((((((((((.......(((.............(((((....))))).............)))......))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).(((.(((..((.....))..))))))..(((...(((((((.(((((..(((.................(((..(((.((((((((((..(((((((((((((.....)))))))))).)))......((((((((((((((.....((((((.....(.((((((....)))))).)........((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...)))))))))).............)))))).(((((((((((...(((((.......(((.((.((((.(....).)))))).)))..........(((((((.((((((((....))))))))(((((((...(((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...............((((((............))))))...........((((........)))).)).))))))))).))..(((....(((((((((......(((((((..((((((((((((...................((((...))))...............(((..(((((((...(((..(((..((((((............................(((((....(((((...............(((....))).......)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))..((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((....))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((....)))...)))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))....)))))))........................(((....)))........)))))))..)))))))(((((((......)))))))..((((........)))).........)))))))).).))))))).(((((((....))).)))).....)))))).)))))).))..(((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).......)))))))).))..)))..)))......((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).)))).....))).)))))...((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))....)))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...((((((.....((((((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((.....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))....(((((((...(((((.(((((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.(((((((((.(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))...........((((.(((((..((.....(((((((......)))))))....((((.(((((..(((((((......(((.((....))))).((..(((((((((((..(((......((((..((......((.(((((....)))))..)).....))..)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).)).)).))))).....(((.(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))))).....(((((((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..............))))))..))))((((((....))))))))))).))))((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...))))))))))...)).....)))))..))))................))).))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))....((((((..((((((((....))))))))((((((..(((.......((((((..((((..(((..((....((((((.......)))))).)))))))))...))))))(((((((...........))))))).)))..))))))....)))).)).....((((...((((((..((....(((((........)))))..((((....))))..........(((((((((......((((((((.((((((((((((((.((((...(((((....(((.....))).....))))).....(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))((..((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))..))..((((((......))))))(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))........((((((((..(((....))).((((....)))).....)))))))))))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))....))...))))))(((....)))......))))))))).)))))..(((((((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))).((((((((.(((.....)))..((((..((((.......(((((((....))).))))))))..(((((((.......)))))))..))))..)))))))).........))).)))))).......(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....)))..(((((.((((((((((((((.....))))))..)))...))))))))))..))))))))))).)))))))....)))..))))))......((((.....((((((....((((((((.((..((.((((.............)))).))..)).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...)))))).....)))).)))))