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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00701



RNA: PDB_00701
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((..[[))))))))....((((.]].....)))))))).((((((((((((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))))........((((((....(((((.(((((....))))).)))))..)))))).)))))))))).)))))))((((.((....(((((...((.((((.)))).)).....)))))...)).)))).......(((((.(((((((.(((((...)))))))))))).)))))..((.(((((......))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((((((((((((.((...((..((((........)))).))..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..(((((((.........(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).))))))))))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((((.(((((.(((.(((((((((.((((........))))(((((...))))).))))))))))))..)))))..((...((((((......)))))).(((((....)))))....)).)))))).....((((....(((((.......)))))...))))(((((((..(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).....)))))))..)))))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..(((((..(((((.(((.(((((((((.(...((((...(.........)...)))))))))))))))))..)))))...))))).....................((.((((((((.....((((.((((....((((.((.(((((.......))))))).))))))))))))....))..)))))).))........(((((...)))))......(((((.(((((((.(((((...)))))))))))).))))).......)))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................((.((.......(((((..((((((....))))))..)))))...((((........)))).............((....))....................)).))........................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((......)))))))....((((........))))))))..((((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))))))(((((((((............)))))..))))....(((..((((.((((..........(.(((((.(((((((.((((.....))))))))))).))))).)...))))....))))...))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.(((((((.(((((.(((.(((((((((.(...(((((.(((.......))).))))))))))))))))))..))))).).))))).((((......))))......((.(((((((((..(.((((.((((....((((.((.((((((....).))))))).))))))))))))..))))..)))))).))..(.....(((((...)))))...)..(((((.(((((((.(((((...)))))))))))).))))).....).)))))))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((....((((........)))).....(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.........((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....))))))))))).....(((((((.((((.......(((((...))))).(((((...))))).............((((((.(((((...))))))))))))))).)))))))..)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.(((((((.(((((.(((.(((((((((..(((........))).(((((...))))).))))))))))))..))))).).))))((((((......)))))).(((((....)))))..((((((..........)).)))).((((.((....))))))(((((((.........(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).)))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((...(((.(([[[[[.[[))(((((((((<<.<<<<<<<...<<<<<<<<<<...<<<<.))))))))).]]..]]]]]>>>>)))>>>..................((((....(((....)))....)))).........>>>>>>>....>>>>>>>.>>..(((({{{{{{{...(((((((((..............(((((...)))))...)))))))))(((((((.(((((...))))))))))))))))}}}}}}}..)))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.(((((((.(((((.(((.(((((((((..(((........))).(((((...))))).))))))))))))..))))).).))))((((((......)))))).(((((....)))))..((((((..........))).))).((((.((....))))))(((((((..........((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))).((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).)))))))))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..(((((......((((..(((((((((.((((........))))(((((...))))).))))))))).(((((((..(((((((...))).......))))..((((((..))))))..................)))))))))))...........))))).....(((((((...((((((((((((((...))))).(((((...)))))...)))))))))(((((((.(((((...))))))))))))....)))))))..)))))))))))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((aaaaaaaaaaaaaaa(((((((.(({{(..bbbbbbbbbbbbb)).ggggggg.ggggggg(ccc....cccccBBBBBBBBB.ccccccc.....))))))CCChhhhhhhhhh(CCCCiiiiiiiii(()}}...<<(dddddd(....CCCCCCC.eeeeee..CGGGGGG..eeeeeee))GGGGGGGG.)EE..)EEEEEE))..[[[[[[[..)HHHH)))HHHHHH.IIIIIIIII(((((]]]]]]]ff.BBBB)))))..EEEEEDDDDDD>>AAAAAAAAAAAAAAAFF
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.((...((..((((........)))).))..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..(((((((.........(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).)))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((.(((((((((.(((((.....).))))(((((...))))).))))))))))))..))))).).))))((((((......)))))).(((((....)))))..((((((..........))).))).((((.((....))))))(((((((.........(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))......)))))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((..((((....((((........)))).....(((((((...(((((((.....(((((..((((((....))))))..)))))..((((((......)))))).(((((....)))))....((((..........)))).)))))))....))))))))))).....(((((((..(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))..((((((((((...)))))....)))))..)))))))..)))))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.((...((..((((........)))).))..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..(((((((.........(((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).)))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((......))))))))..((((.....(((((((.(((..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..))).........)))))))...))))....)).(((..(((((((((((.....(((..((((..(((((((.(((((...))))))))))))..))))))).)))).))).))))...))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.(((((((..((((........)))).))..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....))))))))))).....(((((((.((((((((((((((((...))))).(((((...)))))...)))))))))(((((((.(((((...)))))))))))).)).)))))))).)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.((((((((((((..(((((((((.(((((((((.((((((((((..........))))))))))))))))))))))).)))))..((.((((((((((..)))))).))))))..)))))(..)..(..)(((((((((((((((.((.(((..((..))...))))).))))))).(((..)))...))))))))..(((((...(((((...))))).)))))(((((.(((((((.(((((...))))))))))))).))))..).)..))))).)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((...........................((..(((((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.........((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..)).....(((((((.((((((((((((((((...))))).(((((...)))))...))))))))).((((((.(((((...)))))))))))..)).)))))))..)))))))))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((.((...((..((((........)))).))..(((((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))..(((((((.........(((((((((((((((...))))).((((.....))))...))))))))))((((((.(((((...))))))))))).)))))))...)).)))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....))))).((((((((....))).(((((((((..(((........))).((((.....)))).))))))))).)))))..(((....))).((((......))))...(((((....)))))....((((..........))))..((((....))))....(((((.........))))).(((((((((((((.....)))).(((.......)))...))))))))).((((((.((((.....))))))))))...........(((((((....)))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((......)))))).(((((....))))).{{{{{{(((((((.....)).)).((((.....))))..((((((....))))))(((....))).((((......))))...(((((....)))))......))).))))....}}}}}}.((((.((((.[[[[[[...))))..]].]]]]...(((((((((((((.....)))).((((.....))))...))))))))).((((((.((((.....))))))))))....))))...(((((((....)))))))..