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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((((..{{.....)))).((((.(((((..((((((((.....(((.(((.((((...((.((((((.)))))).)).))))....((((......((((((((..(((..(((((((.(((((((.((((((((..)))))))).)).)))))((..((((((((((....)))))))))))).((((...)))).))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..(((((((((..)))))...))))))))((((((..........))))))((((((..))))))..))))))......((.(((....(((((..)))))..))))))).))))))..(((((....(((((....)))))...)))))....((.((((((((...))))))))..))......((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]])))))..)))))))))..........(((((.....((((.(((((.(((((((.(((((((((((....((((((((...))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))...))))))))))))))).......(((..))).)))))))))))))).)))...))))).))))...(((((((...(((.(((((.........))))).)))))))))).........<<<<<<.(((((((((((...)))))))))))..<<..))>>.....>>>>>>.))).(((((.((.(((((..)))))))))))).....}}.(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((......((........))..........(((((((......((((((......((((((..)))))).....))))))..((.(((...(((((((((...((((((((((..))))..(((((....)))))..)))))).....((((.(((((((.((...((((.....))))...)))))))))....(((((((..))))))).......))))....)))).)))...)).)))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((((..(((.......((((....)))).........)))..)))))))))......((.(((((((((........))))))))).))....))))))((.((((((((((........)))))))))))).)))...)))))))))).))....((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((...(((....)))))))))))))))))))))))))).)))))))).))))).))).....(((((((((....)))))))))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((.((((.(((..(((((.((((..((((((((((((((((..(((......)))....))).))))))))...)))))...((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((((...((((((((..((((....))))....((((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((.((..((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).......((((.....)))).............)))))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....))))))))))..(((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....))).......((((((((......((((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))).....(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).((((((((((..........)))))))...)))......)))))...)))..)))))))))).)))).)))).(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)..))))))).)).........((((((((((....))))))))))..))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((..((((..((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...)))))...(((((((((((...((((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((..((((....))))..)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))....((((((..((((((((.......))))))))(((.....(((((((((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((.(((((...((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...))))))..((((((((((.((...............))))))))..))))..))))).......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))..))..)))))).((((.(((((((...(((((((...(((((((((.((((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((......)))....)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).))))...)))....)))))).)))))..((...(((((.(((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..)).)))))).))))..((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..)).))))................(((((((((....))))))))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((...................((((((((((...)))))))))).................((((((((.......(((((((((((.......................................................................)))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))....................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..................................................................((((((.....))))))............................((((((................................................................................))))))..................................((((.........)))).....................(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).........................................................................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((((((((((................................)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((..((((((.))))))..)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....................................(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....))))))).))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((((.))))))).))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))....................................(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....))))))).))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((.....))))))...)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......)).....((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...))))).................(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))......((....))((((((.......))))))................(((((((.........)))))))....(((((.((.......)))))))...(((.((((.((.............((((((.(((.((((....))))......(((....))))))..))))))...........((....)).............((((.....))))......((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))(((.....)))..(((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..)))...((((((.((((((((((...))))))))))..).............))))))).)))))))(((.(((((....)))))..)))................................(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(...((((((((..(((((((....))))))).))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))).)))..))))))......)..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).......((..(((((((.(....).))))))).....))((...((......(((((((..........))))))).....))...))...(((((................((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).)))).........)))))((((((((((....))))))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..........((((.....)))).............(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))..... |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((...))))))...((((((((((((((((..(((..()..)))....)))).)))))))...)))))......(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))))))..((((())))((((((.......))))))........)....((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....))))))))..((((.((((.(......(...((..((((((.(((.((((....))))......(((....))))))..))))))..)).((((((((....))))).)))......((((.....)))).....)((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))(((.....)))..(((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))..)...(((())))..))))))).))))))))((.(((((....)))))..))((.........))......(((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).......((..(((((((.(....).))))))).....))((((.((......(((((((..((....))))))))).....)))).))..)((((((((.(...........((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))..)..)).))))))((((((((((....))))))))))...). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((................(.)............................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((.((((......)))).)))))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(..((..............))..).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......((((((((....)))))))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((((((....))))))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..(((..((.......)))))...)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..(((((((.((((....(.((((....(((....))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))) |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]].....(((((((((.((((((.....))))))...(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))))))....(((..((((((((.......))))))))))).....((((((((..((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))....(((((((((.((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))........((((.....))))))))...........)))))))..((((((.........[[[[.....))))))..]]]]...))))))))..((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))...((((((.....))))))(((.(((((((.(((((((.(((.....((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))...((((...))))......)))))))..))))))......)))...(((......)))...))))...((((.........))))))).))))))))))...(((((((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).....)))))))))....(((((..[[[[[(((((..((((........)))))))))))))).(((((((...((((((((..(((((((....))))))).)))))))))))).)))]]]]]...((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....)))))........)))))))))....(((.[[[[[[)))....................]]]]]].....(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....))).....(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]...((((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.((((((((((..(((((...))))))))).((.((((...(((((.(((((((((((((.....))))))(((((.(((.....(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....))).)....(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((.((..........(((.....)))((((((((.....((..(((((((((..((.....((((.((((((.......)))))).......((((.....)))).(((.((((..(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).)))))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).)))).))))...((((((((..(((((((....))))))).)))))))).)).))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).))))...((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....)))))))......))))....)))).(((((...)))))....))))))).)))))...)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))...((((((........)))))).)).))))((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...))))))))...(((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))) |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...............((((..(((((..................[[[[[[[[[))))).....))))....((((((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......(((((.((((......((((....)))).....))))...........(((.....)))..............(((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))............(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............]]]]]]]]].)))))...(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))....(((((..(({{(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))))..))}})))))..........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........))))))).............................)))))).((((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))). |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((...)).......................................((.((((.(....))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((((((((((..)))))))))))..............)))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......((((((.(((....((((((....))))))...))).((((((...((....))...........))))))..))).))).....((((((((.((....)))))...)))))..((....))...........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))...........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))...((...((((.(((((....)))))..))))..))..............((((....))))....((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((......(((((((........((....)).......)))))))..((.((.((((((.(.(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((..((((((.(((((((......))).))))..))))))...((.(((((....))))).))..)).))))))))....).....))))))))))...))))))........)))))).......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))......(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...(.((((.....((....))..)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))). |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((((...)))))).).((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...)))))...((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).((..(.(((..((((((((.......)))))))))))...)..))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........((..((((((.(((..((((...((........))..))))..)))..))))))..)).(((((((.......)))))))......((((.....))))...........(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)....((..((........))....(((((.(((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))..(.....((..(.(.((((((.(((((..((....))....(((......)))....)))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))).....).).)).....).....)))))))........)))))......(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..((......(((((((..........))))))).....)).)))))))).........)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))..... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((....((((.))))....)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(..(......................).....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.(((..((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((.((((..((.......))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))((..((((...(((((((........)))))))))))...)).)))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))))))))))..))).))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))) |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((((.)))).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((......................).))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).....(((((((((....)))))))))...... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..(((....((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((....((((.))))....)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(..(......................).....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..)))....(((((....)))))))))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..((.......))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))((..((((...(((((((........)))))))))))...)).)))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))))))))))..))).))))..((....))....((((((((((....))))))))).....) |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(((......)))....)))).)))))))((((.(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((.((((.((((((((..((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).(((((.((((.((......((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......))))))......))))))...)))))...............)))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....)))))))))).(((((((((((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).)))))))))))...((..(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....))))))))..)))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....)))..))).)))))))).)))).)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))). |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...(((((.)))))...)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((..))).))))).................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....................................(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))......((..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((...((((((....))))))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.............))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))........)))))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))) |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(((......)))....))).))))))))((((.(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((.((((.......((.(((.((.(((..(((((((((...(((((.(((.....)))))))).(((((.((((.((...(..((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......))))))..)...))))))...))))).............).)))))))).))))).))).)).(((((((((....((..(((.(((((.....((((((((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..)))((((((((....(..(((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......)))))))).)))))...(((((((........)))))))....))).((.((((.(....).)))).))..)).))))))))).....)))).)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((......................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....(.(.................).....)....(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((....((.(.........).)).))....)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....................))))...(.((.((((...(((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(....((.((.(((..))).)).))..)...((......)).)))))))..)).)))))))(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....(......................).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((..(((...((((...((((........)))).)))).).(((((((......((.(.(((...((((........)).))..))).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).))))..))))...)))))...)))))))...)))))))))....))).))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).))....(((((...((...(((((((...(....).)))))))...)).)))))))))))............)))))))((((..(...((((((((((((.(....(((...(...(....).)..))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((((((.(((..(((......)))....)))..))))))).....(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((..((..((((((..........(((..(((((((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))....((.((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).......((((.....))))..)).........).)))))))).)))......................................))))))......(..(((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...(((((..((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))..)).).))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))..............((((((((....(..((((((((((((......((((........))))........(((((((.((...((((((((..(((((((....))))))).))))))))..((.((.((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...)))))))...)))).)).)))))))......)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))...((((..(((((((........))))))).....)))).........................................))..)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....)))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(((......)))....))).))))))))((((.(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((((..(((..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).....(((((((....((((....))))..))))).))))))....((((......((((....)))).....)))).(((((....((((.....))))((((.(((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).))))))))).....)))))..)))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))). |
