CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00704



RNA: PDB_00704
Rfam family: -

UAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUCGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGAAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUGCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUCCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAGUGCGUAACAGCUCACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGGGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCGCAAGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCCGACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGGACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUGGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAUUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCGGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAACCCGGUUCGCCGCCACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..((((((((((((((((((..(((((((((.((.....(((((((.cc.ccc.)))....(((((((((((((CCC.CC.)))...))))))))))..))))...(((...)))...((((((.....))))))))..(((((((((((((......)))).))))))).))....((..((.....))...(((((((.(((((...))))))))))))...(((.(((((...(((((..))))).....)))))..(((((((((....((((((((.((((((((((....((((......)))).((......bbb.....))BBB..))))))))))..)))))))).))))))).)).....(((((((((......))))))))).....(((((.aaaaaa)))))..)))))......))))))).))...............(((..)))....)).........(((((...))))).............)))))))))))))))).......((((((((((......(((((((((..((...(((((((..)))))))....)).))))))))).....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((.(((((.....))))).))))...(((..))).....(((((((((((..))))))))))).((((((....))))))...)))))))))))))..(((((((((((((.....(((((((((.((((((((((((((((..)))))))))))).))))..((((.(((.((........)))))))))...)))))))))...(((.....)))......))))))).))..))))..(((((((((((((((....)))))((((((((((((((.(((((((((.(((((....((((((...))))))..)).))).))))))))))))....)))))))))))...((((((((((.....)))))))))))).((((......))))..(((((((..(((((((.....[[[[[[.....[[...........(((.((((((((((...((.((((((((((..((((.......))))..))).........(((....)))..))))))))))))))))))))))..........)))]]....]]]]]].))))..)))))))(((((((((...)))))))..))..))))))))((((((((((((...((((((((((((..)))))))))))))))))))))).)).....))))))(((...(((.......((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((ddd(((..((((((((((.....)).))))))))....)))..(((((........)))))))((((((((.....((((((((((((((((((.((((((((((((.....))))))(((((((((..((((((((((.(((.....)))..))))))))))...))))))).))((..)))))))).))))))))))......)))))))))))))))).DDD..)).....((......)).))))..(((((...)))))..))))...((((....((((((((((((...............((((((.((((..))))..))))))(((((((((.....)))))))))............(((((((((...((.........))..((((((((((.((((((..)))))).))..)))))))).((((.(((..(((((((..((((...((((((....))))))...)))))))))..)))))................(((((.......)))))..........))))...)).))))))).....)))))))))))))))))))..))).((..{{{{{......))}}}}}..((((((((.(((.((......((((.((((((..((((((((((((((((...((((((.........((((((((((..))))..........)))))))))))).......((((((..))))))..))))))))))).)))))...((.......))..((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((..)))))))....((...<<<))....)))))))...((((((((((.......)))))))))).((((..)))).))>>>....((.(((((.(((((.AAAAAA))))))))))))........))))..))))))......(((((.(((((((((..(((.....)))..)))))))..))))).))......((((((((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).))....((((((((..)))).))))....))..)))))))))))...((((((..(((((..((((((((((.((((..))))))))))))))(((((...(((((..((((((((((....)))))...)))))..))))).))))).(((((..(((((..(((.)))....)))))..))))))))))......))))))...(((((((((((.......)))))....(((((((((((((..((((((((((..)))))))))).))))).))))).)))...))))))...((((((....((((((((.....(((((((....((....)).))))..)))...)))))).)).(((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((....(((((((((((((.((((((((..(((((..((...((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).))..))))).........((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))).((((((((((((((((....((((..((...))..))))..(((....)))..............(((....)))))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))......(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..((((((((((((((.((((((((((((((.....)))))))))).)))).......(((((((((((((((((.(((((.....(.((((((....)))))).)....(((.((((........)))).)))))))).))))))))..(((((((....................((((((((.((((..((((((((...(((.........))).)))))))).....((...((((((((.((((((((.((((.(....).))))...((((.(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).)..(......)..))))......((((((((((((((((.....(((((((((((.(((((((...((((((((((...........)))))))).....((((.((..((((((.((.....))..))))))...((((...(((((........)))))..((((((((.((..........((((..((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))..))))..........))..)))))))).))))....)).))))..))...)))))))...(((....))).))))).)))))).....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...((.((...((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..)))))....)).)).....(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))..((((....((((((......))))))...))))...)))))..((((.........)))).....((......)).)))))))))))..))).)).))))))))))).((.((....)).))((((((...((((((((((((..((((((..((((((((((..(((((((..((((..(((...((((((..((.(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((..((...(((((.((((((.....))))))))))).))..)))...))..))))))....)))..(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..)))).)))))))..))))).)))))...))).)))..)))).))))))).)....)))))).......)).))))))))))))......(((((((....))).))))))))))).))).))))))(.(((((((((..((((..(((((((..(((.(....)..))))))))))..(((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).))).....((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))....)))))))).).))))).((((..(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))..)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(........((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...)))..........(((......(((.....)))..)))...((((((.....((....))......))))).)....................((((((.....((.....))....)))))).((((.........((((....))))..(.(((((......(((((...(((.........(((((((....(.((((......)))))........(((.......)))....))))))).........))).)))))))))).)...(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))).....)..)))))).))............((((((........))))))......(((......)))..........)))))....)))))))))).(.((.(((((((((((.....((((...........))))(((((....)))))............(((....))).))))))))))).)).)(((......(((((((.....(((((((((((((..(((...(((((...)))))...)))...((....)).....((((...(((....)))...)))).(((((......)))))...))))))))))))).........((((((...(((((((((((...(((...(((((((....)))))))....))).....(((..((.............)).)))....)))))))))))(((.......))).....))))))......))))))).........(((((....))))).((((....))))..(((((((((...(((.....(((.......)))...)))....)))))))))((((((((((((((((.....((((((((((.....)))))))))).((((((..((.(((((.(....((.......)).....).))).....))))..))))))...((((((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))...))))))))................(((......)))))))))............(((((.......)))))................(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).)........(((((.....((((((((....((((((.......))))))(((((.........)))))(((((((...........)))))))....((((((((...((((((............)))))).....))...(((((........)))))..(((((((((((....)))...((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((((((..((..(...(((....))).)))))))).(((.(((.(((((((..(((....(.........).)))...(((((....)))))....((((((((.....))))))))..(((((((................................((((((((....(((....)))......)))))))).(((((...(..((.((((..(((.....((((......)))).....)))))))...)).((....)).......(..(((((.......)))))..)...)...)))))..........)))))))....))))))).(((......(((....((((((........)))))).....))))))..........(((((.(((((((.((((...(((((((.((((((........(((..(((((..((....))............)))))..)))...))))))((((....)))).....)))))))....)))).......(((.....(((((((((.......))))))))).)))...((((((((.(((((....)))))...)).(((....)))...))))))....((((((((((.......)))))))))).(((....)))((((.(...).))))....(((((.......)))))..............)))))..)))))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))..)))....))))))))(((((..((.((((((......))))))...))..((((.....))))......)))))......))).)))...(((((((....))).)))).))))))))...)))))...(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...(((....(((((..(((....))).....)))))....))).)))))..(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))).....)))))))).)))...))))).......(((((((.....(((((..........)))))....))).))))...........)))...((((((....((((((((......((((((.............))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((())))).....(..(((((..(((((...........))))).))))))...((.((((((...(((.......)))......)))))).))((.......))....(....(((((.....)))))...)...(((((..(((((......))))).))))).......................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..((((((......))(((((..(((.((((....)))).)))(((((.(((((((.((.(((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..))))))................................(..(((((((......)))))))...)..((((....))))..((........))..................((.((((((((((((.(..((((((..((......((.(((((....)))))..)).....)..))))..)))))))))))))))).))(((....))).(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).......)))))).........(((((....)))))..(((((((..(((.(((((((((...(((.(((((())))))........)))....))))))))))))....)..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))..(.((((((((....)))))).......((.((((((((((...(...(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))))..))))))))))))((.........))...........))..)...............)...)).)))))))..))))).......)))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))....(...(((((((((...((....))....((((((.......)))))))))).........)))))((((((((..((.....))))))))))........((((..((((((.((.....))..)))))).....)))).(((((........)))))........................(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))(((((((...(((..(((..((((((..........((((..((((..........((.....((((..((((...((.((((.......)))).))))))))))(..(..((((((((.((((............((((..((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((...(((....)))...)..)))))))).....(((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..)))))))(........)....(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))..)).....((.......))))))...)))).......))))))..))))))....)))))))........((((.((((((((.((((((....((..(((..(((((.((((....)))........).)))))..))))).))))))((((....)))).....))))))))..))))))))))))).))))).(((((((((.......))))))))))))...(((((((((.((((((..))))))...)..(((....)))..)))))))).(.(((((((((((.....))))))))))).).....))))))))).(((....(((((.((((((.....)))))))))))...........))))))))))))..........)((((((((...((.......))...)))))))).(((.(((((......((...(((.((((((((((((......)))))).))))))))).......))........))))).)))..........))))))))..))))).)))))))))...............(((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......))))))))).))))).((((((.....))))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).)))......((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((....(((((..((((((.((((((((((((((........((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).......)))).........)))..(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..((((((((((......((((......)))).....(((.((((....)))).))).)))))))..((((...)))))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........))))))...............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))).....((((((((((((....((((.[[[[......))))(((((....)))))............]]]]......))))))))))))..((((....))))(((((((....((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...))))))))))))))........((((((((((((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))))))..))))))......)))))))...((((..[[[[))))..]]]](((((....))))).(((((((((.......((((....))))..[[[[[[[......)))))))))...]]]]]]]..((((((...((((((((((.....)))))))))).[[[(((......)))..............))))))......((((((....))))))]]]...(((.[[[[...)))..]]]]((((((....))))))....(((((((....................(((((((((((....((((((((...(((.........))).)))))))).....)))..(((........[[[....[[[[))).....]]]]...]]]((((((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).............[[[[........))))...((((((.......))))))]]]]...........(((.[[[[[[[)))........]]]]]]].........(((((.((((((.......[[[[[))))))....))))).(((((........)))))..((((....))))...]]]]]..(((((((((.......(((((((...))))))).......(((...[[[[[))).((((...)))).....]]]]]......(((...[[[[....))).......]]]](((((((.......(((.(((...))).)))........((((((..[[[......((((((....)))...))))))))).....]]]...(((.[[[[....))).......]]]]...(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......(((...(((((((.....(((((...........((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....)))))...(((.(((....(((((.......))))).))))))..)))))......)))))))...))).......)))))))((((..(((((...[[[[[)))))...]]]]]..)))).((((.[[[[[.....)))).....]]]]](((((.((((((((.((((((........(((..(((....(((....))).((((...)))))))..)))...))))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.[[[[((((((((.......))))))))))))))......(((..(((((....)))))..)))]]]]..............(((...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).[[[.)))....(((((.((((((.....)))))))))))..]]].........)))))))))......((((....))))(((((..(((.....[[[[[[))).)))))..........]]]]]].((((((((((((((((......)))))).))))).((((.....))))......)))))..))))))))......(((((((....))).))))))))))).............(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))).........((((.....))))((((..(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....((((((......((((((........((((....[[[......))))..]]]...)))))).(((((((((......)))))))))..(((((...(((...))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((......(((((..(((((...........))))).)))))((..((.((((((...(((.......)))......)))))).))..)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...)))))).(((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((..((.........(((((....))))).........))..)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((((.(((((((((.(.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))..)))))))))))))).....(((.......))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......)))))))........(((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....)))((((......))))..(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((((((((((((((.((((.(((((..((((.....((((((..((.(((((.((((....(((((((((..........))))))).))...(((.....)))...)))).))))).)).....)))))).......))))..))))))))).))))..(((..(((((....)))))..))).(((....)))...))))))))).(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))....))).)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))(((((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).)))).)))))))))))...((((......)))).(((((((((((...(((...))))))))).)).))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((....................((((((...(((.......)))......)))))).......................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).)))))...................................(((........)))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((......((((......)))).....(((.((((....)))).))).)))))))..............((..((((......(((((((........)))))))......[[[[))))...))]]]]..............)))))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))...((.((((((((((((....((((((.............(((((....))))).............)))..))).)))))))))))).))((((((.....(((((((((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))))))))))..))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))......)))))))...))))))(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))...((.(((((((((...(((((((((((((.....)))))))))).)))........(((((((((((.((...((.((((......((((((....))))))......)).)).))...))......(((((.(((((.(((((.......))))).))))).............((((((((.((((..((((((((...(((.........))).))))))))....................((((.......))))...................((((((((......((((((((....)))))))){{{))))))))..........((...((...............((((((.......))))))........))....))...(((((((...........))))))).........}}}...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((...(((((((((((((...))))))<<...(((((....(((((....(((.....))).....))))).....))))).<<.......)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....)))))..............(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))....(((.(((.....((((>>((((((((...((.((((((((..(((((....((..(((..(((((..((....))............)))))..))))).))))).((((....)))).....))))))))..)).....>>...(((.....(((((((((.......))))))))))))...(((((((...(((((....))))).......((....))....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).))..))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))).)))...)))))))))(((.((((((((((((......))))))).))))))))...................))))))))))))......(((((((....))).))))))))).))))).))))))..(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))......))))))).))..))..((((..(((.((((((((....(((((..........)))))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((...((.(((((..(((((...........))))).)))))((.....((((((...(((.......)))......)))))).....)).((((((.((((....(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((....((((((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.((.(((((.((((.((((.....(((((.......)))))...((.................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....)))))............(((....))))))))))))))).(((((....))))).))..(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...)))))))))))))).))).....((((((..((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).((((..(((((....)))))......))))..(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..)))))).))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((..(((((((((.((.....(((((.(((.(((((.......))))).))).....((((........)))).)))))..))))))))))).))...................))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))......((((..((((((((....))))))))((((((.............(((((............)).....(((((((....)).)))))...............))).(((((((...........)))))))......))))))...((((((.((.....))..))))))..........(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))).)))).)))))).(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......((((((.((((((.............(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((.((((((..((((((.(((((.............((((((((....(((....)))......))))))))..(((((((.(...((((((.(((.....((((......))))....))))))))).....(((((((.((...)).))))))).(((((.((((((((((.....((.....))..(((.((((((.((((....))))..)))))).((((((......)))))).(((....)))..(((((((..........)))).))).)))....)))))))))).)))))......).))))))).((((((.((....)).))((((......))))(((((((..........)))))))....)))))))))))))))........((((((.....((((((((.......))))))))))))))..((..(((..(((((....)))))..)))..))...(((........)))...(((((((((((.....)))))))))))..((....))(((.(((.((((........((((((.....))))))...(((((((..........((....))........))))))).)))).))).))).......)))))).))).))........)))))))))))).((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))......(.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..).....))))....((((((((.((....)).))))))))....))))))..(((....))).))))).))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((...((((((((..(((((.(........)))))).))))).......((((((...(((.......)))......))))))........((((((.(((...(.(((((.....)))))))))...(((((..(((((......))))).)))))..........((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....)))))...))))))((((((((((((((.((((....((((((...((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.((.((((((((((.((((.....(((((...{{{.)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((....((((...........))))(((((....))))).(((...)))..(((....))))))))))))))).(((((....)))))..........((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...(((....)))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).................(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....))))..(((..(((((....)))))......)))...(((((}}}.)))))(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......(((.(((((((((.((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....(((((.....).)))).)))))..))))))))))))))...................))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......(((((.((((((((....))))))))((((((.((((........((((((.[[[[.....))).))).(((((((....)).)))))......]]]]........((((((((...........)))))))))))).))))))...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))))))).)))))).(((((..(((......((((.......))))...))))))))((((((((.((((.<<<<<<.<<<<<<.............(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).<<<<<.<<<<<<..<<<<<<.<<<<<.............((((((((....(((....)))......))))))))..<<<<<<<...((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).).(((((((.........))))))).<<<<<.<<<<<<<<<<<<..(((.....)))<<<<<<<<<<<.<<<<))))>>>>..>>>>>>>((((((......)))))).(((....)))..(((((((..........)))).))).>>>>>>.>>>>>>>>>>.>>>>>........>>>>>>>.((((...............(((......)))(((((((((.......).))))))).)..))))>>>>>>>>>>>........((((((.....((((((((.......))))))))))))))(.((..((((.(((((....)))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))..........(((.(((.((((....(((.((((((.....)))))))))(((((((........((((....)).)).....))))))).)))).))).))).......>>>>>>.>>>.>>........>>>>>>>>>>>>.((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((..((((((.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))...((((((((((.....))))))....(((.((((((((.((((..(((......)))..))).).)))).))))..)))...))))....((((((((..........))))))))....))))))..(((....))).))))))))))))))))..(((((......)))))(((((((((((...(((...)))))))))).)).)).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((..(((....(((((((((..((((((...(((.......)))......))))))..((((.........((.((...(((((.....))))).))))..(((((..(((((......))))).))))).)))).................))))).))))...((((......)))).))).((((..((((..((((....))))....))))....))))..))).))))))))..(((((((((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).))).).)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))..((((((((((((((((....(((..((((.......((.(((((....)))))..))........))))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))......(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..(((((.((((((((.((((((((((((((.....)))))))))).)))).......(((((((((((((((((.(((((.....(.((((((....)))))).)....(((.((((.(....).)))).)))))))).))))))))..(((((((....................((((((((.((((..((((((((...(((.........))).)))))))).....((...((((((((.((((((((.(((((.....(.((..((((..(((.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).).))..)))))).)...))))).((((((((((((((((.....(((((((((((.(((((((...((((((((((...........)))))))).....((((.((..((((((.((.....))..))))))...((((...(((((........)))))..((((((((.((..........((((..((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))..))))..........))..)))))))).))))....)).))))..))...)))))))...(((....))).))))).)))))).....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...((.((...((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..)))))....)).)).....(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))..((((....((((((......))))))...))))...))))).((((..........)))).....((......)).)))))))))))..))).)).))))))))))).((.((....)).))((((((...((((((((((((..((((((..((((((((((..(((((((..((((..(((...((((((..((.(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((..((...(((((.((((((.....))))))))))).))..)))...))..))))))....)))..(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..)))).)))))))..))))).)))))...))).)))..)))).))))))).)....)))))).......)).))))))))))))......(((((((....))).))))))))))).))).))))))..(((((((((..((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))).....))))))))...))))).((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.........(((.((((...((((((...(((.......)))......))))))..((((.................(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).))))..................))))..)))...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).....(((((((....(.((((......)))))....(((.((((....)))).))).)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))))))))).((((((((((((((((.......(((.............(((((....))))).............)))......))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))......(((((....))))).(((((((((...(((.((((....))))........)))....)))))))))..(((.((((((((((.((((((((((((((.....)))))))))).)))).......(((((((((((((((((.(((((.....(.((((((....)))))).)....(((.((((.(....).)))).)))))))).))))))))..(((((((....................(((((((..((((........(((((..((......................................(..(((.((.((((.(....).)))))).)))..).((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........................((((((((((...........(((((((((((.(((((((.....((((((((...........))))))))..............((((((.(.......)..))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((..((...((((((.((((((...)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))...........))))))...))..))))..............)))))))).......................)))))))...(((....))).))))).)))))).....((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..)))))..............(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))..........((((((......))))))...................................................))))))))))........................((....))....................................((((((((..(((((((.........................(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))............(((((.((((((.....)))))))))))...............................................................................)))))))..))))).))).((((((......))))))...........))..))))).........)))).)))))))......(((((((....))).))))))))))).))).))))))..(((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))).....)))))))).))..))).((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..)))...)))).....((((((....((((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).)))))).))...(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))...))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((...........(((...(((((.....)))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).))))))))..(((((.(((((...(((((.....((.....))..(((.((((....)))).)))...)))))..)).)))...)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............(((((((......)))))))...((.((((....))))..))......)))))....))))))))))..(((((((((((..(((......((((..((......((.(((((....)))))..)).....))..)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...(((....)))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...))))..((((((((((.((......(((((((((...(((.((((....))))........)))....))))))))).((((.....))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((........((((..((((((.......((((((....))))))......((..((((((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).))).....((((........)))).)))))...))))))))))..)).........))))))..))))...(((((..((((((((.((((((((....((((.........((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))...))))......((((((((((((((((.....(((((((((((.(((((((...((((((((((...........)))))))).....((((.((..((((((.((.....))..))))))...((((...(((((........)))))..((((((((.((..........((((..((...(((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))..))))..........))..)))))))).))))....)).))))..))...)))))))...(((....))).))))).)))))).....((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...((.((...((((((((....(((....)))......)))))))).....(((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..)))))....)).)).....(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))..((((....((((((......))))))...))))...))))).((((..........)))).....((......)).)))))))))))..))).)).)))))))))))....((....))..)))))......(((((((((((..((((((..((((((((((..(((((((..((((..(((...((((((..((.(((((((((.......)))))))))......((((((((..(((((....)))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((..((...(((((.((((((.....))))))))))).))..)))...))..))))))....)))..(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..)))).)))))))..))))).)))))...))).)))..)))).))))))).)))))))).)).......)))))))))).((((......(((((((....))).))))(((((((...........(.(((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))))..((((((((((.....))))))....(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..)))...)))).....))))))).))))((((((.((..((.((((.............)))).))..)).)))))).(((..(((((.....(..(((.((....)))))..)....)))))..))).......