|
|
|
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..((((........))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....(((((((...(((........))).((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((((.((((((..((((((...))....))))..))))))........((((((((....))))))))..)))))))))).((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((.((((((((((....))))))))........)))))))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.............((((((..((((..((((((...((((.((((.......))))((((((((....))))))))..................(((((.......)))))......((((.......))))((((((((....)))))))).....................))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((........))))..((((.......)))).......................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....)))))))..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(........((.((((((..((((..((((((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..)))(((...((((.((((.......))))((((((((....)))))))).((((........))))....))))..))))))...))))..))))))...)).).)))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........[[[[.[[[[[[..[[[[..)))))))..]]]]..]]]]]]..]]]]..((((((...[[[[[))))))......]]]]]..((((((..((((.....[[[[..))))..))))))......]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]].((((......[[[))))..]]](((((..[[[..)))))...]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((.(((.((((((.(((((...........))).))))))))..))))).((((((((....))))))))......((.(((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....)))))).....)).).)))).))))).))))))..))))))...))).))))))))..))))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((([[......)))).(((((]].....))))).......(((.......)))..(((((((....)))))))...(({{{.......))..(((((}}}....))))).......(((.......)))..(((((((....)))))))...((<<<.......))..(((((>>>....))))).......(((.......)))..))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((...((((((((....)))))))).........))).))))))..))))..)))(((...((((..((((((..(((...((((((((....)))))))).........))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..)))...)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))...((((((((((......(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))...))))))))))......(((((.......))))).....))))).))))..)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((....))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(.((((.((((((.(.(((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)....................(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)))))..))))))...)))..)))))))..))))).)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..((((..((((((((....))))))))((((....((((.((((((..((((...........))))..))))))..))))..((((((((....))))))))))))....)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))..)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(......((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))).)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((....))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..(((....))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).((..(((((((...((((((.((......)).)))))))))))))..))..(((((.......)))))........... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).)......)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..)))...((((((((....)))))))))))).))))(((.((((((..((((...........))))..))))))..)))...)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((........))))((((((...(((.((((((....((((((...)..)))))((((((((.(.(((((((..((((........))))((((((.......))))))....((((((...)..))))))))))))).).)))))))..((((........)))))))))))))....))))))....((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........................................................((((((((....))))))))........................................................((((((((....))))))))........................................................)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((..((((.((((((..((((...........))))..))))))........((((((((....))))))))..))))..)))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..(((....))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((........)))).(((((.......))))).))))).((((..((((....((((((((....)))))))).((((........)))).(((((.......))))).))))(((((.......))))).((((((....))))))...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((........)))).(((((.......))))).))))).((((..((((....((((((((....)))))))).((((........)))).(((((.......))))).))))..(((.[[[[[.))).((((((((....)))))))).((((.]]]]]..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....)))).. |
