|
|
|
GCGGGGGUUGCCGAGCCUGGUCAAAGGCGGGGGACUCAAGAUCCCCUCCCGUAGGGGUUCCGGGGUUCGAAUCCCCGCCCCCGCACCAGCGGGGGUUGCCGAGCCUGGUCAAAGGCGGGGGACUCAAGAUCCCCUCCCGUAGGGGUUCCGGGGUUCGAAUCCCCGCCCCCGCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((([[[))...........]]]((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))....(((((((..(((.............)))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((........(((((((............)))))))..)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((........(((((((............)))))))..)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((.((((((.......)))))).))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((.((((((.......)))))).))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((........)))((((((.......))))))..............((((.......)))).)))))))............................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((......))))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))....(((((((.......((((......))))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((.((((((.......)))))).))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((.((((((.......)))))).))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((..[[[[)))...]]]]((((((.......))))))((((..[[[[[[[))))....]]]]]]].((((((((....)))))))).(((..[[[[)))...]]]]((((((.......))))))((((..[[[[[[[))))....]]]]]]].)))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......)))).(((((.......))))).(((....)))....((((((((((((((.((((((((....))))))))......((((......)))).(((((.......))))).(((....)))....)))))))))))))).)))))))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((.(((((((....).)))))).))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((.(((((((....).)))))).))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......))))((((((.....{{))))))...........}}.((((((((((((((.((((((((....))))))))......((((......))))((((((.....[[))))))...........]].)))))))))))))).)))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......)))).(((((.......))))).(((....)))....((((((((((((((.((((((((....))))))))......((((......)))).(((((.......))))).(((....)))....)))))))))))))).)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((........(((((((............)))))))..)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((........(((((((............)))))))..)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((......)))).(((((.((..((.((((.(((.((.(((....((((.((((.(((((.(((((((....))))))).......((((......)))).))))).))..)).)))).))).)).)))....)))).)))).))))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......)))).((((.........)))).(((....)))....((((((((((((((.((((((((....))))))))......((((......)))).((((.........)))).(((....)))....)))))))))))))).)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......))))(((((........)))))((((...))))....((((((((((((((.((((((((....))))))))......((((......))))(((((........)))))...............)))))))))))))).)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((.(((((((....).)))))).))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((.(((((((....).)))))).))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((......))))..((((.......))))))))))).((((...(((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((.((((((.......)))))).))....)))))).)))))))))).))))).))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((......)))).(((((.((..((.((((.(((.((.(((....((((.((((.(((((((((((((....))))))))......((((......)))).))))).))..)).)))).))).)).)))....)))).)))).))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(..)(((((..))))).((((((.((..))))))))(((...)))....((((((((((((((((((((((((....)))))))).).(..)(((((..))))).((((((.((..))))))))(((...))).....)))))))))).)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((..(((((.......)))))..))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((..(((((.......)))))..))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.......((..(((((.......)))))..))....)))))).((((((((((((((.((((((((....))))))))....((((((.......((..(((((.......)))))..))....)))))).)))))))))))))).)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((......)))).(((((.......))))).(((...(((....(((((.......))))).((((.........)))).......((((......)))).(((((.......))))).)))...))).....((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..((((......)))).(((((.......))))).((((..<<<<<<<))))....>>>>>>>.((((((((....))))))))......{{{{)))...}}}}.(((((.......))))).((((..[[[[[[[))))....]]]]]]]..))))))).... |