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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00805



RNA: PDB_00805
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(((((....(((((((.(((((((.....(((.((((.(((.((((((((((....)))))))))).((.......))....)))......)))))))....)))))))))).))))((..(((((...((((((((....))))))))..)))))..))....aaaaaa...)))))..(((((((..))))))).......AAAAAA..(((((((((..))))))).))..........(((((....((((((...(((((.....((((.((((.(((.((((((((((....)))))))))).((.......))....)))......))))))))....)))))..)).))))((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).....[[[[[...)))))..(((((((.......))))))).......]]]]]...(((((((((..)))))).)))..........(((......(((((((...(((((.....(((.((((.(((...((((((((....))))))))...((.......))....)))......)))))))....)))))..))).))))((..(((((...(((((((((..)))))))))..)))))..)).....{{{{{.....)))...((((((..))))))........}}}}}.(((((((((((..)))))).)))))...(((((....(((((((..((((((....((((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......))))))))...)))))).))).))))((..(((((...(((((((((..)))))))))..)))))..)).....<<<<....)))))..(((((((..)))))))........>>>>...(((((((((..)))))).)))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.........(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((..(..(.....((((((((((((((........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((............(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....(((((((((((((.....)))))))........(((((...((.(((((....)))))..)).((((((((.(((.((....((((....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))...((...((((...((((((((....))))))))..))))))...............)).))))))..................(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).........((((....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))...)))..((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....))))))))))))))))))))....)..))))))...((.(((((....)))))..)).))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.....(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)))))..))...((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.....((((((((((((((((((((.....((.(((((...((.(((((....)))))..)).(((((.((((........(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))).......))))...((((((((....))))))))........)))))...))))).))..(((((((((((((.....))))))).....((.(((((...((.(((((....)))))..)).(((((.((((........(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))).......))))...((((((((....))))))))........)))))...))))).))..)))))))))))))))))))).....((.(((((.((((.(((((....)))))..)))).....((.....(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)))))..((...((((...((((((((....))))))))..))))...))..)).))))).))..))))))(((((....)))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........((((............(((((....))))).........((((......(((((....)))))...((((((((.............((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........................(((((((.....)))))))...................(((((....)))))...)))))))).............((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........))))............((((((((((((((..........(((.((((.(((((....)))))..)))).))).........((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........................)))))))))))))).........))))...((.(((((....)))))..))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.....(((((....((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)))))..((...((((...((((((((....))))))))..))))...))..)).(((....((.((((((((.........(((...((((........))))(((((....)))))...)))..))))).))).))...(((((....((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)))))..((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).............))).(((.(((((((.....)))))))....))).........(..(((((....)))))..)((((((((............(((((....((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)))))..((...((((...((((((((....))))))))..))))...))..................((.((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).)))........(((((....((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)))))..((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).................))).))))))))))))))....))..........(..(((((....)))))..))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))..)((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))(((((...(((((.....((((((((((((()))))))........(((((((.((.(((((....)))))..)((((((((.(.((........((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)))).(.((...((((.(.((((((((....)))))))).))))))).)......(((((.......(((.(((((((.....)))))))....))).))))))).)(.(((((....)))))..))))))))).).)).......(((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))..)((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))........))))).....))))))((((((((((((((....(((.(((((.((((.(((((....)))))..)))).)))........(((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))..)((...((((.(.((((((((....)))))))).)))))))...........)).......))).))))))))))))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((....(((((....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..))))).......((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.......(((.(((((....)))))....))).)))))......(((((....))))).....)))))..))).))).....((((....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..))))(((....[[[[(((.((((((((....)))))))).))).)))........]]]].(((....(((.(((((((.....)))))))....)))...)))......(((((....)))))...((((((((.....(((.....((((....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........)))..(((....(((.((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).(((.....((((....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........))).........))).))))))))))))))....)))...)))......(((((....)))))...)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.....(((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))).((...((((...((((((((....))))))))..))))))(((......))).))))))((((((.....(((((.....)))))....)))).)).(((((....)))))...((((((((.(((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))).((...((((...((((((((....))))))))..))))))(((......))).)))).(((((((((((((.....)))))))...((((........))))(((((....))))).((..(((((.((((........(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))).......))))...((((((((....))))))))........))))).)).((.....))))))))((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).........(((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))).((...((((...((((((((....))))))))..))))...)).....(((.....))).))).))))))))))))))...((((........)))).((((....))))))).)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((((.....(((..(((((((..(((((((((....))))))))).((((.[[...))))..))).....)))).)))....)))))...............((((...((((((((....))))))))..))))....................((((((..............................((.(((((....)))))..))......))).)))..........................(((..(((......(((((((((....)))))))))..((..]]....))............))).)))........................((((...((((((((....))))))))..))))..........................(((((((.....)))))))...................(((((....)))))................................(((((((....((((.(((((((..(((((((((....))))))))).(((((....)))))..))).....))))))))...)))))))..............((((...((((((((....))))))))..))))..........................((((((((((((((...........((.((((.(((((....)))))..)))).))(((......(((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))..))).....((((...((((((((....))))))))..))))....................)))...))))))))))))))................((.(((((....)))))..))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((.....)))((((((((((....)))))...((((........)))).((((....))))(((.((((((((.(((.........((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))...(....((((...((((((((....))))))))..)))).)........(((.....))).)...(((((((.....)))))))...((((........))))(((((....))))))).)))))))).)))((((.....((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))...((......))..)))).))))).((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).........((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((...((((((((....))))))))..))))..........(((.....))).))).))))))))))))))....(((........))).(((((....))))).....)))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((...(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.......(((.(((((....)))))....))).)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..))).)))...(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.....(((((((((((((.....)))))))........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((............(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....))))))((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).(((.....((((....(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))...((...((((...((((((((....))))))))..))))))........))).........))).))))))))))))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..[[[[[...[[[..)))]]]((((((((((....)))))...((((........)))).((((....))))(((.((((((((.............((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........(((.....))).....(((((((.....)))))))...((((........))))(((((....)))))...)))))))).)))((((.....((((....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..(((......))).)))).))))).((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).(((.....((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..))))........((((.(.((((((((....)))))))).)))))..........{{{..)))}}}.))).))))))))))))))...((((........))))(((((....))))).....]]]]]..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((...(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.....(((((((((((....)))))........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((............(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....))))))(((((((.....)))))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..))).)))...(((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.......(((.((((((((((((((....(((...(((.((((.(((((....)))))..)))).))).(((.....((((....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))...((...((((...((((((((....))))))))..))))))........))).........))).))))))))))))))....))).)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((((((((((((.((((...((((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.(((.((..(((((.(((((...(((((((..))))))).)).)))((((..)).))(((((((...(((((.((((((((((((((((((...))).((((((((((((((..)))))((((((...((..(((((.((...)))))))..)).))))))...((.(((((.(((...((((((((..)))))))).))).(((((.................(((((((((..(((.(((.(((((.(.(.((...((((...(((((((..))))))).)).)).))))))).((.(((((((...(((((.(((((((.....)))))))))))).)))))))))..(.((((((..))))))...(((..)))..)(((.((...))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...))))))).).).))))).))(((.(((....(((((((..((((((((..))))))))..))).((((..)).))))))...))))))..)))))))))))))))))))).)))))))......((((((..)))))))))))))).(((.((...))))))).))).).))..).)))).))))).))))(((((((((..)))))))))(((((.............)))))...)))))))).).))))))))))).))))))((...((((...(((((((..))))))).)).)).)).((.((((.(((((((...(((((.((((((..))))))))))).)))))))))))))((((((..)))))))))))..).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).....)))......((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.....(((((.((((((((((((((........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((......................(((..((....(((..((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))).)))...))..)))..............((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....(((((((((((((.....)))))))........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((......................(((..((....(((..((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))).)))...))..)))..............((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....))))))))))))))))))))..........(((.((((.(((((....)))))..)))).))).........((((....(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))........((((...((((((((....))))))))..)))).....................)))))((((......))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..(((((...(((((.....((((((((((((((((((((........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((............(((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....(((((((((((((.....)))))))........(((((...((.(((((....)))))..)).(((((............(((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((....))))))))..))))..)))))...))))).....))))))))))))))))))))..........(((.((((.(((((....)))))..)))).))).(((.....((((....(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..))))...((...((((...((((((((....))))))))..))))))........))).......))))))(((((....)))))........)))))...((.(((((....)))))..)).)))))..