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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAUAACUUUGUAUGUGAUCUAUCGUGUGGGUCACCACUGCAAAUAAGGAGGUAAAAAUGCCUGUUAUA |
| Reference structure (ext) |
|
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.......................(((((((((((...))))))))))).....................((((((((.......(((((((((((.......................................................................)))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))...................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...))))))))....((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).................)))))))).........................................................................(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..........................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))........................................................................................))))))))...........................(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.....((((((.....)))))).....)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))...((((((((((((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))))...((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))........((((((.((((((.........))))))...)))))).))))))))....)........... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..((((((...)))))).)))((..(((((.(((.........))).)))))((.(((((((((((...))))))))))).)).))..............................(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).((((((...(((((((((((())))))))))))...)))))).......(..(((((((.(((((((.........)))))))..........(((.....((((((((.((((....))))......(.......((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..))))))..((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...))))).....)....(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)..((((())))).)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).............))))))))(....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).......((..(((((((.(....).))))))).....))((((.((......(((((((..((....))))))))).....)))).))................))))))).)(((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))).......((((.(((((((((((((....))))))))))....(((((((((((((((((......((..(((((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).).....)..)))))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))).))))))))).......((((((.((((((((.....))))))))...)))))).)))))))).......))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((((...........)))))...)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((....)))))))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(..((..............))..)....))))).)....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((((((....))))))...................))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((....((......)).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......(((((.....)))))......)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((((....))))))))))...((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...))))....(((((...(..((..............))..)....)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....((........))..)))))))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((....(((())..)).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..[[[[..))).......((((..(((((...))))))))).]]]].(((..[[[[[)))(((((((((((...))))))))))).]]]]].((((((((......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....)))))))).....(((((.....(((.....((((((((..((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((........((((.....))))(((...))).)))))........)))))))..(((((((((.........)))...)))))).........)))))))).....(((((((.....(((((((((((((.....(((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))..)))))).........((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))))).(((.((((.((((........((((((.........((((((((.(((((((.......))).....(((((((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).))))(((((((....)))(((.(((((..(((((..((((........)))))))))..........(((...((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))))))))))).)))))))((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....)))))........)))))))))))))))))........)))))).)))).)))).))).))).)))).)))))).((((...(((((....((((....))))......)))))......)))))))))))......(((((((........)))))))....)))((((......((((((((((..........)))))))...))).)))).)))))..........)))))))).((((......(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))......)))).....((((((.((((((((((((....))))))))......(((((((((((((...((((...))))...((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((...((((((((....))))))))(((...))).)))))))))..))))..))))))...))))..))))))((((((((....(((((..(((....))).))))).......))))))))....)))))...)))))))).....)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((.(((((..(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))((((((((((((.((.....(((((...)))))(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).((((((....(((((((((....)))))))))....)))))).((((((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))..(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).(((((.(((((((((.((.(((......)))((.((.((((....((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....)))))))......))))....)).)).))..))...))))))))))).)))))......((.(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))..))).))...(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))))))))).....)))))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)).)))))..)))))((((.(((.((((((((....))))))))......(((((((((((((((((........((((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....)))))).....)).).)))).))))).))))))..))))))...))).))))))))..))))..))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))))))......)))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((.(((.(((.....)).))))))..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((.(((....))).)))).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(..(((((.......))).))..)....)))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))...((((.((....))..((.(((.....((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))).)..((........))..)))))))).....))).)).)))).(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((..(((..)))))))))))..)))))))))))))..))).))))................................................................................................................................................................(((((((((....))))))))))))..............................................)))))).......................)....)... |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((.((.((.....))).).)))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(((((((((((....)))))))))))..(((.....))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(.....((.......))......)....)))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..((....))))))..........................(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))))).)....))).).)..(....)..((((...(...((((.........))))...)))))...(((........((((((..(((((((((...)))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).............(...((.(((((..(((((((....)))))))...(((......)))..))))).)))).))))).)).)))..(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((..((((((.((((((((....))))).)))..))))))...((.(((((....))))).))..)).))))))))..................................................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...(..(((.(..(((....)))))))..)..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))...............................................................................................................................................................................................)))))))))))))))).......................)....)... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((...)))))))))).....((((.(((((..(((......))).....(((((((((((...)))))))))))...((((((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((........((((............<<<..............<<<<<<<<<....)))).((((((((((((....)).))))).(((((.(((....((((.....)))).....)).).)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..((((((((...(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))..)))))..(((((((.(..(((((((....(((((((....(((.(.....)))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........))))).....>>>>>>>>>....{{{{(((((..((((........)))))))))...{{{{{{{>>>...((((((((.((((((((....))))))).).((((....))))..))))))))....))))))....)))))))).((((((((([[[[)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).....)).)))........................]]]]}}}}}}}.......}}}}........(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))...........(((((((........)))))))........(((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))...............)))))))))).)))).(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..))))((((.(((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((((......(.((((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)))))..))))))...)))).)))))))..))))).))))))))).......((((((((((((((((...))))))))).).)))))).))))))))......)))))))).. |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......((((((...))))))......)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((..))).))))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((((((....))))))....((........))..)))))....(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).............................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((...............................................................................................................................................................((..))...........(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......(.((.(.........).)).).....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))..........................................................................................................................................................................................................................). |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..........................................................................................................................................................((......))............(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((..(.(..((...............)).................).).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))..........................................................................................................................................................................................................................). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................((((((((((.....)))))))))).......((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((..................................((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))........))))))))......................................................(..(((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...(((((((....(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))...))).))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))..............((((((((.......((((((((((((......((((........))))........(((((((.((...((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...))))))))..)))).)).)))))))......)))))))).......))))......(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..............................................)))))...)))..)))))))))).......((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))...........(((((..(((.((((((((....))))))))......(((((((((((((((((........((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..((((..((((((((....))))))))........)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))..))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))))))......))).))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((((.(((..(((((((((((.((..(((((.(((..((((...(((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...(((.((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).)).)))..((((((((.......)))))))).)).)))))..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((((((....((((.....))))........(((((.((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).)))).)))))....)).))))))).))))..))).))))))))))).)).)))).(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)..))))))).))((((((.((((((((((((....))))))))......(((((((((((((((((..(((....))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..(((....))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).)))))))).....)))))))))). |
