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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00917



RNA: PDB_00917
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))))........))))))).((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....)))))).))).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...))...)))))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))))........))))))).((..((((((..(((((((((....(((.(....(((((((....)))))))...)))).))))).))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...))...)))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....)))))))...((((((((.....)))).)))).....((((..(((((....))))).....)))).........)))))))..............(((((((.....(((....(((((((((....))))))).)).)))...)))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))))(((((((((....)))))))))....)))))......)))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...............................................(((((.....)))))(((((....))))).......................................((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..........................................................................................))))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......(((((((....)))))))((((((((((((.....(((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((((.........(((((......)))))...((((((.......)))))).((((((((....))))))).).))))..))))))))))))(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....)))))))).......)))))))).)))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((()))))))))...((((((((.....)))).)))).....((((.((((((....)))))...).)))).........)))))))(((...........(((((((.....(((....(((((((((....))))))).)).)))...)))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))))(((((((((....)))))))))....))))).)))..)))))))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....)))))))...(((..[[[[[..)))...((((((...))))))(((((....)))))...]]]]]..........)))))))(((..((((((..((((((((.....(((......(((((((....)))))))....)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...)))..)))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((.((((((((((.((((((((....))).....))))).)..((((((...))))))(((((....)))))((......))..........(((((......)))))..((((((((.....(((.(..(((((((((....)))))).)))))))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))...)))))))))))..)))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((((((((....))))))).....................(((((.....)))))(((((....)))))..................))))))(([[..((((((..((((((((.....(((......(((((((....)))))))....)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..)))))).))]]...)))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((.((((((((((.((((((((....))).....))))).)..((((((...))))))(((((....)))))....................(((((......)))))..((((((((.....(((.(..(((((((((....))))))).))))))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))...)))))))))))..)))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((..))))))))..(((((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))...............)))))..........((((((((.....(((......(((((((....)))))))....)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....)))))))))))))))).........))))))))))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((eeeeeeeee.ee.((((((..{{{...{{{{(<<<<..<<<<<<<<.<<<<.)))))).[[[.[[[[c((......aaaa)>>>>...C)))))>>>.)]]]]....((((((((dddd.((((]]].>>>>)))))).>>>>>}}}EE.AAAA...))))))))...(((((((((((((((}}}})))))))))))))))((((((((bb..)))))))).BBEEEEEEEEEDDDD)))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))))........))))))).((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....))))))).)).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...))...)))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((.(..........((((((((....))).....)))))....((((((...))))))(((((....)))))....................(((((......)))))..(((((((((....(((.(..(((((((((....))))))).)))))).).))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))...........)))..)))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((.(((((((....)))))))..))))..(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))..............(((((...((((((..((((((((...((((.......(((((((....)))))))))))......))))))))...(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((......))))).....)))))))))))...)))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))))........))))))).((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....)))))).))).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...))...)))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..((((((....))))))...))))...))((((((((((((((((...((((..(((((....))))).....))))...........(((((......)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))).))))....((((((((((((((((((((....))))))))))))))(((((((((....)))))))))....))))))))))))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((........(((((.....)))))(((((....)))))...)))))))........)))))))(((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....))))))).)).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...)))..)))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...(..(((((((((.(..(.((((.(..(..)(((((..(..(....(((.(((.(((...).))))).)))...))))))).(........).(((((..(..))))))..(((((((((..)).)))))).).).))))....((((((((..(((......)))))))))))(((((((((((((....))))))))))))).((((((((((..))))))))))))))))))))))...)))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((.......................(((((....)))))...)))))))........)))))))(((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....))))))).)).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...)))..)))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((....))))))).....((.(((((..((((((........)))))).(((((....)))))...)))))))........))))))).((..((((((..((((((((.....(((....(((((((((....)))))).))).)))...))))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((((....))))))))..))))))...))...)))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((.((((((......))))))..)))).((((.....)))).(((((.....)))))(((((....))))).......((((.........(((((......)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))...))))........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))).(((((((......))))))).....)))))))....)))))))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((.(((((((....)))))))..)))).((((.....)))).(((((.....)))))(((((....))))).......((((.........(((((......)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))...))))........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))).((((((((....)))))))).....)))))))....)))))))))))