CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00939



RNA: PDB_00939
Rfam family: -

GACCUCGUGGCGCAAUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCAGACCUCGUGGCGCAAUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))...(((((..(((((.....)))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))...
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......))))))))))))))..(((....))).))))))))))).)))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................................................................................................................(((.......)))..))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).(((((((..((((.......)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..[[[..))))........]]]((((....))))(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))......((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))).))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(([[[.....))]]].......(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).............))))))))))).)))))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((..(((............))).)))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).............)))))))))))).))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))).((((....)))).)).......(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((((((((.(((((.(((((((((((....)((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.((..))))))))....(((((((((((.((((((((((((((((.(((((((.(...)))))))))))))))))).))...........)))))))))).)))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......)))))))))))))).((((....))))))))))))))).)))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((((((((.(((((.((((((((((......((((.......))))))))))))))..(((....))).))))))))))).)))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))..((((((((..(((....))).(((((.......))))).)))))))).(((....((((.......)))).((((....)))).....)))..(((((.......)))))))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).