|
|
|
AAUCCCCCGUGCCCAUAGCGGCGUGGAACCACCCGUUCCCAUUCCGAACACGGAAGUGAAACGCGCCAGCGCCGAUGGUACUGGGCGGGCGACCGCCUGGGAGAGUAGGUCGGUGCGGGGGAUGGUCAAGAUGGUAAGGGCCCACGGUGGAUGCCUCGGCACCCGAGCCGAUGAAGGACGUGGCUACCUGCGAUAAGCCAGGGGGAGCCGGUAGCGGGCGUGGAUCCCUGGAUGUCCGAAUGGGGGAACCCGGCCGGCGGGAACGCCGGUCACCGCGCUUUUGCGCGGGGGGAACCUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCAGAGGAGAGGAAAGAGAAAUCGACUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAAGGGGACCAGCCUAAACCGUCCGGCUUGUCCGGGCGGGGUCGUGGGGCCCUCGGACACCGAAUCCCCAGCCUAGCCGAAGCUGUUGGGAAGCAGCGCCAGAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGAAAGGUGGGGGGAUAGGUGAGGGUACCCGAGUACCCCGUGGUUCGUGGAGCCAUGGGGGAAUCUGGGCGGACCACCGCCUAAGGCUAAGUACUCCGGGUGACCGAUAGCGCACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAGCCUGAAACCGUGGGCUUACAAGCAGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUCACGGUCGUGGGCGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAGGGAAACCGAGUCCGAACAGGGCGCAAAGUCCGCGGCCGUGGACCCGAAACCGGGCGAGCUAGCCCUGGCCAGGGUGAAGCUGGGGUGAGACCCAGUGGAGGCCCGAACCGGUGGGGGAUGCAAACCCCUCGGAUGAGCUGGGGCUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAGCCCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGACUUUAGGGUCAGCCUCAGGCGCUGACUGGGGCCUGUAGAGCACUGAUAGGGCUAGGGGGCCCACCAGCCUACCAAACCCUGUCAAACUCCGAAGGGUCCCAGGUGGAGCCUGGGAGUGAGGGCGCGAGCGAUAACGUCCGCGUCCGAGCGCGGGAACAACCGAGACCGCCAGCUAAGGCCCCCAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAAGGAUGUGGCGCCGCGAAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGGCGCCGCGCCGAAAAUGAUGCGGGGCUUAAGCCCAGCGCCGAAGCUGCGGGUCUGGGGGAUGACCCCAGGCGGUAGGGGAGCGUUCCCGAUGCCGAUGAAGGCCGACCCGCGAGGCGGCUGGAGGUAAGGGAAGUGCGAAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGUACGGGUGACAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGCGCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGGUGAAAUUGAACUGGCCGUGAAGAUGCGGCCUACCCGUGGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGGUGUUGGCUCUUGGUCGCGGCGCGGCUGGGGGCCUAACCCUCGGAUGGGGGGACAGCGCUUGGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCCCCUCAGGCGGGACGGAAAUCCGCCGGAGAGCGCAAGGGUAGAAGGGGGCCUGACUGCGAGGCCUGCAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCUAGUGAACCGGUGGUCCCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCCACGGGCGCAGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCGAGGUCUUGACC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((.....((..((((....(((((((.............))))..)))...))))...))((((.((...((((((((....))))))))....))))))..)))))))))..((((.(((......((((((((((((..((((..((((((((((((.....((((((..<<......)).....((((((((.(((....>>.)))....))))))))...))))...(((....)))(((((..........)))))....((......))....))..((((((((.................)))))).))........((....))...(((((((...((.....))..)))))))...(((.....(((..((.....))..))).......(((.......................((........(((..........)))((......ddd.....))DDD..........))....................))).....((((((((.........))))))))......(((((.ccccc)))))..)))......)).)))))).))...............((....))....))....((....((((..)))).........))...))..)))))))))))).......((((((((((......))))))))))..((............))((((((....(((((((((((((............................(((..)))....((....))........)))))))))))))......((.((((((....((((((((((.((((((..((((((......))))))..)).))))..(((..((((........)))).)))....))))))))))..(((.....)))......))))))..))........((((((((...((((....))))...(((((((.....(((((((((..((((...((((((((((.((((((......)))).)).))))))))))..)).))..))))))))).....))))))).....((((((((((......))))))))))....................((...(((..(((.((......[[[[[[....[[...(((((.((((((.(((.......((.((.(((....((.......))....)))......................)).))...))).))))))))))).........))]].....]]]]]]..)))..)))..))((((((((.....))))))))..))))))))((((((............((((((.((....)).))))))........)))).)).....))))))......(((.....((((((.......))))))(((((...((((..((...((((((...((.....)).))))))....((aaaa.((...((((..(((....)))..))))...))...(((((........)))))))(((((((((((((.....(((...((((((((..((((((.((((.((.........))))))......((.......(((((((..........)))))))..........)).............................))))))...))).)))))........))).....))...)))))))))))AAAA..)).....((......)).)))).(((((....))))).)))))..((((...(((((((((..................((((((.((((..))))..))))))..(((((((...........)))))))..............(((((((((...((.........))..((((((((....((........))......))))))))(((((.(((..(((((((..((((..((..((((((....))))))..))..)))))))))..)))))((((((.......)))))).......((...........((((.........)))).....))...)))))..)).)))))))........))))))))))))))))......((..bbbbb......))BBBBB...(((((((.(((.........((((.((((((..(((((((((.......(((((((((.(((...))).))))))))).(((((((....)))))))........)))).)))))...............((((((...........))))))..((....((((((...((((((.......)))))).....((...{{.))....))))))....((((..((((....))))..)))).(((....))).)).}}.......((((((..(((.CCCCC))).)))))).............))))..))))))........(((...(((((((.(((.......))).)))))))....)))............(((((((((.....(((.((......)).))).......((((.....))))......)))))..))..))........(((((((....))).))))........)))))))))).....(((((((...((((..(((((((...............)))))))...(((....((.....(((((((.((....)).)))...)))).....))..)))....(((((...((((.............))))...))))))))).......)))))))...................(((.(((((.......)))))....((((((((..........((......))..........))))).)))....)))....))).))))
|
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((((((((....))))))))....)).))..))))))))))))...............(((((((((.....(..((((((((((.((((....(((.........(((..(((...(((((((..(((.......))).....)))))))..))).....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))))))...((((((.....((....))......))))).)....((...((....))...)))))......))))........(((.....(((....((((((((.....))))))))...(.((((((((((....(((...(((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...)))).)))))...))))))))).)))).)..((((((((((.....)))))))))).......((((......))))...)))......))))))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....)))).............).....)))))))))........(((((((((((....))))))))))).(((........)))...((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))).......((((((....(((((((((((..(((....((((((......)))))).....)))...((.(.(((((.......))))))))....)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).((((((((.....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..)))....))))))))).))).))))))).....(((((((.(((....))).)))))))..(((((.............(((((.(((.(((((((((.((((...............))))((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))...))))))))))...........)).))))))).)))((((((((......(((((....(((((((.((((........))))..)))))))...(((......)))...)))))..)))).)))).)))..))..(((((...(((..................((((((.......)))))).(((....((((..((((((((((((...........))))))).....(((((((((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...))))))..((((...((((....(((((.(((..(((((....(.(((...((((.((....(((...((((((((((((((((..........))))))).....)))))))))..)))....)).))).).)))..)...)))))...)))..))))).........))))...)))))))))((((.(.....).))))..............)))).))))))...)))))....)))))))))))))(((((((........((((.......((((....(....).....)))).(((((((((((.......))))))))))).))))...(((((((((((....(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((((((...((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))(((((.......))))).........)))))......))))))).))))...)))))))..))))))............((((((....((((.....((((((((.(((.((...(((((((.(((((((.(((((.(((.((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((......)))).....)))).)))..)))))...((((((.((((.((((((...........))))))((((..((((((((((.((((((.......))))))...)).(....).......))))))))..((((..(((......)))..))))))))....))))..))))))....(((((((((.........)))))))))............)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).)))).)))))..)))))))))))))))((((((((..((((..(((((........)))))..((....))..(((((...(((((.((((((...(((.....))).....)))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))))))))).....))))))........(..((((((...(((.....(((((((.((.....(((((....)))))....))..))))))).......))).))))))..). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((....((((((((((((.....)))).(((((((....))))).))...)))))).))(((.((....((((((((....))))))))....)).))).))))))))))))(((((((((.....((((.((((((.....(.(((((......)))))............(..((((((((..(((.(((.(((((((..((((((.(((.(((((....(((((......(...(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))...)(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..))))........)))...))...))))).))))))).....))))))))).))).)))...)))))))))((((....((((..((((((.((((.......((((((....))))))(((.(.(.((((....))))).).)))...))))..)))))).))))))))(((((((((((((((((((((...)))))))))))...(((((((((....)))))).))).....))))).))))).......)..((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((..((....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))(.((((.....)))).)...))))))))))))))........((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((.....)))..))..))))))..............(((.....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((((((......((.(((((((((((...((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))))..)))))))))))))..............)))).))))))).)))..))))))..((((((((.....))))))))))...))).(()(((((..((((......(((((..((....)))))))...)))).))))).).....)))))))....))..))))).((((((.......))))))....))))))))......((((((((..((.....))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........))))))(((...((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))..)))....(((((())))))......)))))..))))..)))))........))))))).))...))))))))))))))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))))((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((((((.))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..))))).....((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((..()..)))..)))).(((....))))..))))((((..(((((((((.........))))))))).)).))........(((.(((())))..)))..((((((((((((.(.((.......))..)))))))))).))).....................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((.(..(((((...........)))))..).))).))))......))))))))..((((.....))))........(((((.......))))).)((((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))))))..)))))))...))))))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((......((((((((((.....)))))..(((((....))))).......)))))...(((.......((((((((....)))))))).......))).))))))))))))..............((((((..(((.......[[[[[)))...]]]]]...(((....[[[[.)))......]]]]..(((((........[[[[[[[...)))))..]]]]]]]...(((....)))((((((((....)))))))).((((((....))))))......(((.(((.(((((......))))).)))...[[[[))).............]]]].........(((...........[[[[.)))....((((((((.....))))))))]]]]...)))))).(((..(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).)))..[[[[[[)))(((.(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))..)))..]]]]]](((....)))......((((..[[[...........)))).......((((....)))).]]].......((((((.....(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..............(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..)))).............((((.....)))).....)))))))))))))).(((....((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))......))))))........((((.((((.....(((((....)))))..(((((((.....(((((((((...(((...((((((((.....((((......))))......))))))))..)))....))))))))).....))))))).(((.(((((((............)))))))...)))))))..))))....((((.((((..(((((........)))))...((((......(((((((((((...(((......((((.(((((.......))))).))))....((((........))))....)))..)))))))))))..............((((....))))...)))).))))))))((((((((.....))))))))....)))..((((((((..((((......(((((..........)))))...)))).))))).)))...)))))))..................(((((((.....)))))))))))))))).....((((((((..(((...)))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((....(((((((....((((((((...........)))).))))...(((((((((....(((((((((((((((..........))))))).....))))))))))))(((....)))...))))).....))))))).....((((.............)))).......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))..(((.(((....)))[[[[[.......)))...]]]]](((...[[[[[)))....]]]]]((((((((((((.....))))))))))))....((((((((.....[[[[.))))))))..........((((((((....(((....)))......))))))))..]]]]..(((...(((....)))...)))..(((((....)))))..((((..[[[.))))....]]]((((((.[[[...))))))....]]].......((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....))))))))))))((((((.((((((....((((((......))))))..(((...((((.....((((...........)))).)))).(((.(((((((((((((((((((...))))))))))))....(((((.....))))).))))))).)))))))))))).)))))).....(((((((...........))))))).....(((((((((..((((((.......))))))..................)))))))))..((((.[[[[[[.........)))).(((....)))]]]]]].......((((((..[[[[.........))))))....]]]]......((((...[[[[[.))))...........]]]]]..((((....[[[[[[[[(((((.....)))))))))....]]]]]]]](((((((((((......)))))).)))))(((((.[[[[)))))......((((......))))......]]]](((....))).....(((((((...((((...))))..)))))))...((((((((..((((........)))).....(((..[[[[)))..((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))...]]]]...(((....(((((.....[[[[[.)))))....)))......]]]]].)))))))).((((.....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((....((((((((((((.....)))))(((((((....))).))))....))))).))(((.((....((((((((....))))))))....)).))).))))))))))))((((((((.(((....)))((((((((.(((....))).))..)))).)).((((....(((((((........((....)).(((((..((((((((...((((((.((.(((....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((..((........))..))))..((((.((((.((((....(((......)))...((((((((.....))))))))(((..(((((...((((...))))..))))))))((((....)))).(((..(((((((((((((.((((....)))).....((.((..((((((.....(((((((((.((((.((.(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))..((((.....((.((....)))))))).((((....((....))....)))).......((((....))))...........((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))....(((.(((((.(((....)))...)))))..)))(((((....(((((....))))).((.(((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((.((((....)))).....(.((...((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))))))))....)).).((.((((....)))).)))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.((.....)))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).....(((((((.....))))))))))))))))..))).(((((((...........))))))).....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.(((......))).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........)))))).))...)))))))))).))))).((((..(((......)))..))))((((....)))))))))))).))))...)))))))))......))))))...)).))((((......)))).......((((((((((((((.....))))))))))).)))..........)))))))).)))))..)))........)))).))))..))))......))).)).))))))...)))))))))))))(((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))....((.((((((.......)))))))).))))))).....)))).((((((.....))))))..........(((((..........)))))..((((((((((((((.(((...........((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.(((((((((((((...)))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((.((((.((((((...........))))))((((..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..))))))))....))))..)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......((((((((((((.(.((.......))..)))))))).)))))....(((((((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))((..((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..))..(((...((((.......))))...)))..((((((......))))))(((...((((((....))))))..))).)))))))))..))).))))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((....(((((((((((.[[[...)))...(((((....)))))]]]...)))))).)).((.......((((((((....)))))))).......))..))))))))))))(((((((((......((((((((((...........(((.........................((((((...(((.(((.(((((((....((((.(((.(((((......((....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).)))))....(((....((....))..)))..........))........))))).)))))))...<<..))))))).))).)))>>..)))))).(((((....((((....((((.((((.......((((((....))))))(((.....((((....))))....)))...)))).))))....))))))))).........(((((((((((...)))))))))))......((((((....))))))..aaa.........aaa))).AAA......((((....((....))....)))).......((((....))))...........AAA....))))))))))(((.....(((((((((((....)))))))))))ccccc..........ccccccccc....(((((((((((((..(((...(((.....)))...)))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).........cc..cccccc...(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..))......................................ccccccc..ccccccccc..(((((((((((...((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))))..)))))))))))..........ccccccccc................cccccccc(((((((.....))))))).cccc.....((.(((((...(((......(((((..((....)))))))...)))..)))))..))........................((((((.......))))))....)))..((....))..(((((((...........)))))))...........((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..(((((((((((((....(((((..(((((.((((.(((((......(((.........(((.(((....((((((((((((((((..........))))))).....)))))))))))).)))...........)))......)))))..))))..))))).........)))))..))...)))))))))))....CCCC((..(((......)))..))((((((....)))))).......((((....((((((((.((.....((((......(((((...............)))))((((((((((((.....)))))))))))).))))...(((((((((((((...(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).((((((((({{.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..}}......................))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))).............(((((((....)))))))..CCCCCCCC.........CC.CCCCCCC...CCCCCCCCCCCCCCCC....(((((((((((((...)))))))))))))................................................((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......))))))..................)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............(((((((((.........))))))))).....................CCCCCC..CC..(((..((((((.((.((.......))..))))))))...)))........CCCCCCCCC....(((((((((((......))))))).))))(((((.....))))).......CCCCC..............(((((((....))).)))).................((((..((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))...bb))))...BB.........(((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))))))............))))))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((....((((((((((((.....)))))(((((((....))))).))....))))).))(((.......((((((((....)))))))).......))).))))))))))))(((((((((.............((....(((....)))......)).....((((....(((((((.........................(((((((...((((((.((.(((....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((..((........))..))))..(((..((((.((((....((((.(((((.....((((((((.....))))))))((((....)))).((((...)))).(((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))..(((((((((.((((.(..(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))..((.......(.(((....))))..)).((((....((....))....)))).......((((....))))...........((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).....(((((....(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((.((((....))))............((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)..)))..))))))))))))).........((.((((....)))).)))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.((.....)))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))))))..))).(((((((...(.....).))))))).....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((........)).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........)))))).))...)))))))))).))))).((((..(((......)))..))))((((....)))))))))).).))))...)))))))))..............)))))))))....((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).(.((((((..........)))))).)..........)))).))))...)))......))).)).))))))...))))))).(((..(((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))...))).((((((.......))))))...))))))).....)))).((((((.....))))))..........(((((..........))))).....((((......................((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.(((((((((((((...)))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......(((((((((((.((.((.......))..)))))))))).)))....(((((((((((((((((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))........(((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))...)).))...))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((......(((((.((((.....)))).(((((((....))))).))....)))))...(((.......((((((((....)))))))).......))).))))))))))))(((((((((...........(((.....(((.<<<))).......>>>...aaaa))).(((((((...............(((......[[[........[[[[[[....[[[....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((................)))).[[[[[.[[[[.........[[[[.[[[[[.....[[[[[[[[)))..]]]]]]]]((((....)))).((((...))))((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).(((((((((.((((....(((((((((((...)))))))))))....((((((((....))))))).)((((.....(.(((....)))))))).((((................)))).......((((....)))).....ddd...((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((........(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..)))).............((((.....)))).....)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))....(((.(((((.(((....)))...)))))..)))(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....))))))))).))).))))))).....(((((((.(((....))).))))))).....(((......)))...(((.(((((..(((.((((....))))............((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))...((((........))))....)))..)))))))))))))............((((....))))...)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.((.....)))))))...)))).))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....)))))))))..)))((((((((..(((...)))))))))))....(((((.(((..((((..(((....))).).)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((....((((((...(((((.((((.(((((.(((......))).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........))))))......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))...))))...)))))))))..............]]]]]]]]]....((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).(((((((({{{{{{{{{.))))))))...............]]]]..]]]]].....]]]....]]]]]]...bbbbb]]](((.((((((..(((........(((((....)))))........)))))))))..))).((((((.......))))))...))))))).....AAAA.((((((.....))))))..........BBBBB..}}.}}}}}}}..........................DDD.....(((((((....)))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))...(((((.....)))))..)))))).)))..)))))...((((((.(...(((((((...........))))))).....((((((((((.((((((.......))))))................).)))))))))..((((..(((.(...))))..)))).(((cccc)))..)))))))....((((((.(((........)))))))))...........)))))).)).))))).......(((((((((((.((..............))))))))).))))....((((((((((((((((((((((((((((......))))))).))))(((((C.CCC))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))....((((((((....(((((((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))........(((((.......)))))...(((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).)........))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((....((((((((((((.....))))).........(((....)))....))))).)).((.((....(..(((((....)))))..)....)).))..))..))))))))(((((((((.....(.((((..((((((((.((((((....((((((((...((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((.((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((...((.(((((((.(((((((((((((((((....))))))))))).)))...)))))))....(((((((...(((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))..(((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).(((((........)))))..(..((...((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))))))))))))).....((.(((.((((....)))).))).))..))..)..((((((((.....))))))))....)))..((((((((..((((......(((((..((....)))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..(((((...)))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..))))))...........(((((.....)))))...))))))))(((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))))......))))))....(((((((....))).))))......))))))))..)))).).((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...))))...))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((......((((..((((.....))))..........(((....))).....)))).............(..(((((....)))))..)...........))..))))))))(((((((((......................................................((..((((..(((.(((.(((((((.....(((.(((............................((((((((....)))))))).((((((....)))))).........(((..(((((......))))).))).............((....))...............................))))))........))))))).))).)))...))))..))......................(((........((((((....))))))......(.((((....)))))..........)))...........................(((((((((((...)))))))))))......((((((....))))))..............................((((....((....))....)))).......((((....)))).................................((((((((((((((....))))))))))).))).......................((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..)))))))..((.....)).......)))))).......................(((((...((((...(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).....(((((((..((....))..)))))))..(((((((.....(((..........................................((.(((((((((((...(((......((((.(((((.......))))).))))........................)))..))))))))))))).........((.((((....)))).))...............((((((.....))))))...........((((((((..((((......(((((..((....)))))))...)))).))))).))).........................(((((.......)))))....................(((((((...........)))))))......................(((....)))...................................((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((..........))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((..(((.((........)))))...))...)))))))))).............................((((((....))))))...............((((((((......(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..((((((((((((.(((((((((.........(((((((.....(((....))).......)))))))...(((.........((....)).........(((((....))))).......)))...))))))))).((((((.......))))))....................((((((.....)))))).................)).))))))).)))....))))))))..................((((((......))))))....................................................((((((..(((((...)))))..))))))........................................((((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((...((((((.......))))))......(....).......))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).).))))))....)))....))))))).....))))................))))).............................(..............)...............................(((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))..................(((((((....))).)))).......................((((((((.(..((((..............................(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))......................(((.(..((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..)..)))..))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..((....((((((((((((.....))))).........(((....)))....))))).)).((.((....(..(((((....)))))..)....)).))..))..))))))))((((((((.(((..(((((..((((.((((((.((((.(((.((((.(((.....))))))).(((((.....).))))))).))))...(((..(((((.((((.((....))....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).))))..(((((..(((((......))))).)))))......(((.(((((..(((.(((.(((.....))).))))))..(((((.((((((..(((.((((((....((((((..((((((((((...((((...))))..))))..(((((((..(((((((((.((((((((((((((...((....(((((...(((.((..(..(((.....(((((((((.((((....(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))...(((..(((..(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....)))).)))...))).((((((..((.(((((((((..((((((((..((((....))))..))))).)))........((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))).(((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..))))))))..(((.((....(((((((((((..........((((((((((...(((....(((((((((.((....))))))).))))......((((.((....)).)))).)))..)))))))))).(((.........))).)))).))))))).((((....((((((((.((((.....)))).((((...((((.....))))..))))..........))))))))...)))).)).)))..)))..........))))))..............((((((.......)))))).)).))))))))).))..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..(((((((.((.((((((((.((....))..)))).)))))).(((((.......((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...(((....)))...))))).....)))))))..)).((((.((........)))))).......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))...))))...)))))))))......)))..)...)).)))(((......))).....)))))((((((((((((.....))))))))))))........))...)))))))).)))))).))).....))))))(((((((....))).))))..))).))))..))))).)..)))))).)))))).)))...((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.............(((...(((((.((.....(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..(((((...)))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).((((((.......)))))).)).)))))...)))......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....)))))))))))).....)))))).))))).(((((((((....((((((..(((((.....)))))((..((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..))....))))))..))).))))))))))).))).)))))..))).(((((((((.((((((((.(((((............((....))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..)))))...(((((...........)))))..))))).)))))......)))))))...))))))..))))....)).)))......))).(((((((..((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..)).))).)))))))))) |