CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00961



RNA: PDB_00961
Rfam family: -

AGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] .............(((((.......))))).............(((((.......)))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))).))((((((.....))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((.....((((((((.........)))))))).....))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...((((((.....))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...(((((.......)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.....(((((((.......))))))).....))).)).((((.......)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...((((((.....))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((.....))))))))...........((((((.....))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...((((((.....))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))).).((((((.....))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...((((((.....))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))(((((((...)))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((.((((((((.....)))))))).))).)))...((((((.....))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((.....((((((((.........)))))))).....))))))
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((((.((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((.......))))))............(((((.......)))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((.....))))))))...........((((((.....))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))).((((((.....))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.((((.((((((.......))))))).))).))))).(((((.......)))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((.(((.((((((((.....)))))))).))).))))..((((((.....))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.(((..(((((((.....)))))))..))).))))).((((((.....))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((.....))))))).(((......))).((((.....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((.....))))))).(((......))).((((.....))))..