RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00985

RNA: PDB_00985
Rfam family: -

			GGGGGUGAAACGGUCUCGACAGGGGUUCGCCUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCACCUCCGGGGGUGAAACGGUCUCGACAGGGGUUCGCCUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCACCUCCGGGGGUGAAACGGUCUCGACAGGGGUUCGCCUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCACCUCCGGGGGUGAAACGGUCUCGACAGGGGUUCGCCUUUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCACCUCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...........(((((.((..)).))))).....((.......))...)))))))(((((.............(((((((....)))))))..((((.........))))..)))))(((((((...........(((((.((..)).))))).....((.......))...)))))))(((((.............(((((((....)))))))..((((.........))))..)))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))............((((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.(((...(((((....((((((((((((....((((((......((((((((((((.(((((.(((...(((((....((((((((((((....(((....)))..)))))))))))).)))))..)))..)))))....))))))))))))......))))..))..)))))))))))).)))))..)))..))))))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....(((((((..(((((((...(((((.......)))))((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.......))))))))))))(((((((............((((((....))))))...(((((.......)))))))))))))))))))............)))))))..))))))))))(((((.......))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((..............................................................................................................................................................................................))))))...(((((.......))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.......))))))))))))(((((((............(((((((..(((((((((((((((.......)))))((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.......))))))))))))))))))).....)))....)))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....(((((((..(((((((((((((((.......)))))((((((((((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.......))))))))))))(((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.......))))))))))))))))))).....)))....)))))))..))))))))))(((((.......))))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((((((((((((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..))))))))))))))))))).....(((....((((((....)))))))))))))).))))..))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((...((....)).((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))...((....)).((((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..(((((((...(((((.......))))).((((((((((([[..............((((....)))).....(((((.......)))))..)))))(((((...............(((((....)))))....(((((.......)))))]]))))))))))).............)))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((.......(.(...(((((....)))))))..(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..))))))))))))))))))).........(...(((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....(((((((..))))))))))(((((.((((..(((((((((((((((((((.....(((....(((((((..))))))))))(((((.((((..(((((....((((((((((((...(((..))).....)))))))))))).))))).))))..))))))))))))))))))).....(((....(((((((..))))))))))))))).))))..))))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))............((((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((((((((((((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..))))))))))))))))))).....(((....((((((....)))))))))))))).))))..))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((......((((((((((....))))))...(((((.......)))))((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.......)))))))))))))))))))........))))......)))))))))))).))))).))))..))))))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))............((((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((..((((.((((((....))))))....))))..))...(((..((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))...((....))...))).)))))))).((..(((((.......)))))..))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((((((((((((((((.....(((....((((((....)))))))))(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..))))))))))))))))))).....(((....((((((....)))))))))))))).))))..))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((...((((((((..))))))))..((((((...)..)))))((((((((((((((((((((((...((((((((..))))))))..((((((...)..)))))((((((..))))))))))))))...((((((((..))))))))..((((((...)..)))))))))))))))))))))))))))...((((((((..))))))))..((((((...)..))))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((((((((((((((((............((((((....))))))...(((((.((((..(((((....((((((((((((....((((....)))))))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))))))............((((((....))))))...))))).))))..))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..((....))..))...(((((.((((..(((((....(((..(((((((...(((..(((.....(((((((..(((.(((((.((((..(((((....(((..(((((((....((((....)))))))))))..))).))))).))))..)))))....)))..)))))))...)))..))).....)))))))..))).))))).))))..))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....((((....)))))))))))...(((.((((.......)))).(((((....))))).....))).(((.((((.....))))..(((.((((.......)))).(((((....))))).....))))))..((((.....)))).((((.((((.......)))).(((((....))))).....))))...(((((......)))))...(((((.......))))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((....))))))...(((((.aaaa..)))))(((((.<<<)))))........>>>.((((((....)))))).....(((.AAAA..)))..(((((.[[[)))))........]]].((((((....))))))...(((((.bbbb..)))))(((((.{{{)))))........}}}.((((((....)))))).....(((.BBBB..)))..)))))))

---