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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_00993



RNA: PDB_00993
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...)))..)))))..(((((...((......)).(((........((((..((((((((((((((((.....((((((((.(((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).)))).)))).((((((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))((....))...(((((((((...(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((...((.....)).((....))....(((.......))).)))...)))))))..((((((((((((.((.((..(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((..((.((.(((((((...(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).((((((..(((.((((((((.((((.....(((((...(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))...((.((((((((....((((....((((.....(((((.(((....)))...)))))....))))..........(((((((...)))))))...........(((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....))))).))))....)))))))).)).(((((((.(((....))).)))))))....(((......))).((((.........))))(((...(((((((...))))))))))....(....).......))))).(((((.(((((.......))))).))))).....))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))..)).)).((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).)))))....(((.((((((........)))))).))).(((((((((.(((((((.....(((((((((..((....((((((((.(((.(((...)))))))))..((((..(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))..))))..))))).....))..)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......))))).((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))....((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((.....)))...))..))))))).........(((..(((((..(((....(...(((((....)))))...)....))))))))...))).((((((.......))))))...)))).))))).)))))).(((((.....)))))((((((((...(((((..(.....).)))))(((((.....)))))................(((((((....)))))))....))).)))))....((((..((...))..)))).))))))).)))))))))..))))))).)))))............((((.((((.((..((((((((....))))))))((((((...((((......))))...((((........))))..(((((((......)))))))((((((.((..(((((...)))).).)).))))))))))))..........)).)))).)))).((((((((((.((((((((...)))))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))..).))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..))))))....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).)))))..))))........)))((((((...((((.(((.(((((.(....).).)))).((((.....((((...))))..((((((((...(((.((((((......((.((.((.(((.......))).)).)).))..((((((((((((....))))))...))))))......((((((...)))))).(((((...........)))))..)).)))))))......))))))))..(((.....)))...)))).(((((.......)))))....))).)))))))))).(((((....)))))..)))))(((((((....)))))))...))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...))))..))))..((((((.............(((........(((((.((((((((((((((((.....((((((((((((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).(((.((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))...........((((((((((..(((((......(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((.........................(((.......))).)))...)))))))..((((((((((((........(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((........(((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....)))).......))))))))))))))((((((..(((.((((((((.((((.....((((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))......((((((((....(((((...((((.((..(((((.(((....)))...)))))..))))))......(((..[[[[[[)))]]]]]]............(((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....))))))))))....))))))))....(((((((.(((....))).)))))))....(((......))).<<<<.))))))..>>>>(((...(((((((...))))))))))(((((....))))).........(((((.(((((.......))))).))))).....))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.........(((((..........)))))......))))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....)))))........((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((.(.((((..(((....))).).)))..)))...(((((........))))).)))))....(((.((((((........)))))).)))((((((((((.(((((((.....(((((((((........(((((((((.((.(((...))))))))...((((..(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))..)))).)))))).........)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......)))))(((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))....((((((((..........))))))))..........(((((((.....(((.....))).......))))))).........(((..{{{{{..{{{....))).(((((....)))))........}}}}}}}}.......(((((((....).))))))...)))).))))).)))))))(((((.....)))))((((((((...(((((..........)))))(((((.....))))).((((...))))....(((((((....)))))))....))).)))))....((((...........)))).))))))).)))))))))).))))))).)))))............((((.((((.....((((((((....))))))))((((((...((((......))))(((aaaaa..))).AAAAA..(((((((......)))))))((((((.((.((((((...)))).)))).)))))))))))).............)))).)))).((((((((((.((((((((...))))))))................).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).))))))))).....))))).)).))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..)))))).....)))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........)))((((((.(((((...(((........)))..)))))..(((......((((...))))..((((((((...(((.(((((((...(.((.......(((.......))).......)))(((((((((((((....))))))...)))))).)....((((((...)))))).(((((...........)))))).)).)))))))......))))))))..(((.....)))....))).(((((.......)))))............))))))((((((....))))))))))))(((((((....)))))))...))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..((.((((((.(((.....))).)).)))).))......(((((((.......(((((.(((((.(((((((..(((.....))).(((((((((.((((((..((((....))))((((....)))).((((....))))(((...(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).......((.....))...))).((((.((((....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))......((((((((((.....))))))))))...(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((.............((....))....(((.......))).)))...)))))))........((((....((((.........(((((((.(.((((((.(((.(((((((((((((((...(((((..((((..((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))........((((((...(((((((..((((..((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))........)))).)).))..))))))).(((.....)))......)))))).....))..))))..(((((.((((.((((((((..(((((((((...((((.((((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....)))))).).)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((....((((((...(.(((((((.........((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))))))))....((((((((.((((......((((((........(((..((((((((...))))))))))))))))).)))).(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))....(..(..((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...((.....)).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))..))))..)..).(((((........))))).))))))))...))))))).))))))).................((((.....))))...))))).)))).)))))..))))((((((...((.....)).))))))...)))))))))))).))))).)))))((((((.((...(((((....(((((((.((..((((....))))...(((......)))...))))))..)))...)))))....)).)))))).............))))))))..(((..((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))..............(((((((....)))))))....))))))).(((.......((((((.(((((..(((...(((.(((((.(..(((((((((((((..................((((.(...((((((((....))))))))).))))...((((......))))..)))))))))))))..)...(((((((......)))))))....))))).))).)))))))).)).)))).((.(((((((...........))))))).))....)))..(((.(((((((.....)))))))...))).......))).)))))).).)))))))........)))).....))))(((....))).))))).)))...))))))).))))))))).))))....))))..))))))...((((((....)).))))..((..(((((((((((.........)))..))))))).)..)).)))))).))).)))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))))........(((((((((...((((.(((.(((((((....))).)))).((((.((((.(..((((.....((((((((.(((((..(..((((..((.(....).)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).))))))))..))))....).)))))))).(((((.......)))))....))).)))))))))).))).......))))))).)).(((((((....)))))))...))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(((((.(((((.(((((((((...............................(((....))).((((....)))).((((....))))......(((((..(((((......))))).))))).............................................................((((((.(((..(((...((((((....))))))........................)))....))).))))))......(((((((((.......)))))))))...(((((((((((((((((((.(((((...............................((....))...............((((....)))).................................((((((((((((((....).)))))))))).)))............(((((.......(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((...(((.((((((((.(((.(((..(((..(..(((((......))))).(((((((....((((...(((......)))..))))...((((((.((((((..((..........))..)))))).)))))).)))))))((((..(((((....)))))...))))...)..)))..))).)))...((((((....(((........................................(((.....(((((((..((....))..))))))).....(....)..)))...............................................................))).(((((.(((((.......))))).)))))...))))))....))))))))))).))))).........((((......))))))))).........................((((((((...))))))))...............................(((((.((....)).)))))....................((((......(((.........(((((.......)))))...((....)).....(((((((((((.....((((((.......................(((...(((((.((((..((((........(((((........)))))......................................................))))..)))).)))))........((((..((...(.((.....)))..))...((((..(((.((((...((((((((.((.((...((..(..(....).)..))...)).))..))))))))..)))))))..))))...))))..)))..............(((((..((((......))))..))))).........((((((((.........(((.......(((......(((....))).))).((((((((...)))))))).)))......(((((((((((....................(((((.((...(((.....)))...))...)))))...((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((.......................((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...)))))...)).))))))).)).....))))))))..................(((((((....)))))))...........)))))).....))))).))))))..))).......))))..(..(((((((((((((..............(((.((((.(...((((((((....))))))))).))))...(((.....))).))).)))))))))))))..)...(((((((......)))))))..................................(((((((...........))))))).....((((((((...((((((((...))))))))...................))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))........................((((((....)).))))......................................................)))))))))..(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........(((((((((............(((((((....))).)))).......................((((((((.(((((..(..((((.....(....)....))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).)))))))).....................(((((.......)))))............)))))).))).......................................))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((..((((((...(((((((((.(((((((((.......(((........(((((.(((((.((((((((((.....((((((((((((((....)))))..(((....))).((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).((((((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))...........((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((.....(((((....(((....((((......((....))...((((((......((((....))))......((((((((((((...((((...(((..((((((((((((((...(((((.....(((((((........))))..)))..(((.((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))..)))...((((..((((((.((((..(((((((....(((((......)))))(((.((((((...)))).)).(((....((.(((..(((.......)))..))).))...)))...))))))))))..)).))))))))..(((((.((((.((((((((..(((((((((...(((..((((((...(((...(((.((((......)))).)))..)))....))))))...)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((...((((((....(((((((...))))))).((.((..(((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))..))))..........))))))...............((((((((...((((((((...))))))))..(((((..(((((((((((((.((......((((..((....))..))))...)).)))))).(((((.....((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...(((...))).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))..)))).......(((((........))))).((.(((((.....))))))).....))))).))))..)))..)))))..))))))))..))))).)))).)))))..))))((((((.............))))))...)))))))))))).))))).(((((....)))))....))))..)))))..)))))).((((....))))............))))))))..)))))))..(((((.....(((((..(((((....)))))..))))).........((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).))))))))..)))))...........(((((((....)))))))..((((..((..(((..((((..((...))..))))......)))..))..)))).)))))).))))))............((((.((((.((..((((((((....))))))))((((((...((((......))))...(((((......)))))..(((((((......)))))))((((((.((..((..(...)..).)..))))))))))))))..........)).)))).))))....))))))..((((((((...)))))))).....))))...)))........(((((((((((....)).)).))))))).)))))........))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))))..((((((....)).)))).))))))))).(((((.((.......))..))))).))))))....))))...))))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))))........))).((((((..(((....)))..)).)))).......)))).)))))..))))).))))...((((((((..((((..(..((((..((........)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))......))))))))))))))..)))......(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...))))...))))))))).