|
|
|
GGACUCGGGGUGCCCUUCUGCGUGAAGGCUGAGAAAUACCCGUAUCACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGUAGGGAAGUUCGGACUCGGGGUGCCCUUCUGCGUGAAGGCUGAGAAAUACCCGUAUCACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGUAGGGAAGUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.(((.[[..))))))........)))))....((((((.((((......)))))).)))).)))))((((((((((.(((.(((.]]..))))))........)))))....((((((.((((......)))))).)))).)))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((((((.((((((((((......(((..(..((((..((((......))))..))))..)...))).))))).....))))))))).)))))........)))))......((((..((((......))))..))))..))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((.(((((((((........(((((......((((..((((......))))..))))..(((....)))..))))).))))).)))))))))........)))))......((((..((((......))))..))))..))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.(.......)..............(((.....((((..((((......))))..))))......))).....)))))))))...............................((((..((((......))))..))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....)))))...................(((...((((......))))...)))....................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((....((((.......))))..........)))).....((((..((((......((((..(.(((..((.(((.........(.((((.......)))).).........))).))..))))..))))......))))..))))...)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((((((((.....)))...((((......(((.((..((((..((((......))))..))))...)).))).))))))))))))(((.....)))..............)).....((((..((((......))))..))))...))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....(((((.....))))).[[[......))))..]]](((..[[[[[[[.(((....))).)))..]]]]]]]..((((....(((((.....))))).[[[......))))..]]]((((..((((......))))..))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((..(((.(((.....)))))).........))))..)).((((..((((......))))..))))(((.(((.((..((((..(((.(((.....)))))).........))))..)).((((..((((......))))..))))))).))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((((((.((((((((((......(((..(..((((..((((......))))..))))..)...))).))))).....))))))))).)))))........)))))......((((..((((......))))..))))..))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((.......................(((.....(((...((((......))))...)))......)))....))))))))))...(((.........................[[[...((((......)))))))]]]..))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.....))))...).))))..))))...(.(((((((((((....)))))))))))).)))))((((((((((((((((((.....))))...).))))..))))...(.(((((((((((....)))))))))))).))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((..((.((((.((..((((((..........(((.....((((..((((......))))..))))......))).........).))))).))..)))))).........))))..)).((((..((((......))))..))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((.....)))))..........)))).....((((..((((......))))..))))..)))))(((((((((....(((((.....)))))..........)))).....((((..((((......))))..))))..))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..((((((.((......)).)).......(((..((.((((..((((......))))..))))))....)))....))))..))))(((((((...(((.......((.(((.(((....))).))).))..))).)))))))..))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((.((((((((.((((((..........(((..((.((((..((((......))))..))))))....))).........).))))))))).))))))........))))).....((((.(((((......)))).)))))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((((((.(((((..........((((.....((((..((((......))))..))))............))))....))))))))).)))))........)))))......((((..((((......))))..))))..))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..((((((.((......)).)).......(((..(..((((..((((......))))..))))..)...)))....))))..))))(((((((...(((..(....)..(((.(((....))).))).....))).)))))))..))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((....(((((.....)))))...........(((..((.((((..((((......))))..))))))....))).(((((.....(((((.....)))))))))).....))))..)).((((..((((......))))..))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.....)))).(((((......(((..(..((((..((((......))))..))))..)...))).)))))))..))))(((((((...(((..(....)..(((.(((....))).))).....))).))))))))).)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........(((((.((((((((((((.(((.((.(((.((((..))))).)).)).))))))(......).((((..)))).......))))).)))))))))(((.(((.((.(((.((((..))))).)).)).))))))(......)))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..........(((.....(((((...........(((.....((((..((((......))))..))))......)))...........))))).....))).....................((((..((((......))))..))))..))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((((((.((((((((((......(((..((.((((..((((......))))..))))))....))).))))).....))))))))).)))))........)))))......((((..((((......))))..))))..))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((....(((((.....)))))........((((.......((((..((((......))))..)))).....(((....))))))).(((((.....)))))..........)))......((((..((((......))))..))))..)))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((....(((((.....)))))........((((.......((((..((((......))))..)))).....(((....))))))).(((((.....)))))..........)))......((((..((((......))))..))))..)))). |