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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGGCAAGGAGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCAGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCAGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.......................(((((((((((...))))))))))).....................((((((((.......(((((((...............................................................................)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((..................)))))..))))))))...................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...))))))))....((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........)))))))).............................................((((....(((....))).)))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.....((((((.....)))))).....)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......)).......................(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))..................(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))......((....))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).))...............((((((((.((((....))))..............((((((.(((.((((....))))......((......)))))..))))))...................(((((....)))))......((((.....))))..........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..).............)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).............))))))))............((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))....(((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))........))))))).)))..)))))..........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))...........(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...)))).((((((.(....(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..)))))))).....)..))))))((((((((((....))))))))))....((((((((.....................)))))))).....................(((((((((.((((.((((((.((((.((((((.....))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))(((.((((.((((((.....))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))))).)))).((((((.....))))))........((.......))..)))))))))... |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))....((((((((.((...............)).)))))))).....................((((((((..((((........)))).(((((((....((((((.((..(((((.......)))))(((((((....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....)))))))...(((........)))))))))))....))))))).....(((((.......)))))))))))))... |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((...((((((...))))))..))((.....))........(((......)))((((.(((((((((((...))))))))))).)).)).((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).))(((())))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(.......((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..))))))..((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...))))).....)....(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)..((((())))).)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).................(((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))))((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))((((((((((....))))))))))....((((((((.(.................).)))))))).....................(((((((((.((((.((((((.((((.(((((((...)))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))(((.((((.(((((((...)))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))))).)))).(((((((...)))))))......((((.......)))))))))))))... |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............((((.(.....).))))..........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((((((....)))))))))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))....(((((......((.............).).......)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((((...((((((....)))))).....(........)...)))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).....................................................................................................................................................................................................................................................................)))........................... |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..(((((...(((((((((((...))))))))))).))))).((((((((......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))(((.........((((((((.......))))))))[[[......)))..]]].((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((........((((.....))))(((...))).)))))........)))))))..((((((.........[[[[.....))))))..]]]].......(((((((((.(((((((...((((((((..(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....))))))))....((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))...((((...))))......)))))))..))))))......(((...(((......)))....)))...((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))((((((.......(((((..[[[[[(((((..((((........)))))))))))))).(((((((...((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))))))).)))]]]]]...((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....)))))........)))))))))....(((.[[[[[[)))....................]]]]]].....(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....))).....(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]...........))))))..........)))))))).((((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..)))((((((((.....................)))))))).....................((((((((..((((..((((..((((.(((((((...))))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))..((((........)))).(((((((...))))))).....))))).))))..)))))(((((((....)))))))..))))..))))..)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))))... |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))..((((.((.((((((((((((((..((....(((......)))..)).(((((((((((...)))))))))))((((((((..((((((.....(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....)).......(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))..(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).)))).)))))))))))).))))))))).))))).)))))).(((((....((((((((((....))))).(((((((((.((.(((.....)))((((((((((.........))))......)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))).((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))((((((((((....))))))))))..)).))))))))).............(((((((((((((................)))))))).))))).....)))))..)))))..(((((((...(((((((.....(((((.((((..((((((((((((....)))))))..((((........)))).(((((((...))))))).....))))).))))..)))))(((((((....)))))))..((((........)))).)))))))...)))))))((((((..((((((....)))).)))))))).. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((.(((.....)).))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((.(((....))).)))).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(..(((((.......))).))..)....)))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))....(((.((....))..((.(((....(((((..((((...(...))))))))))................((((((((..(((((((....)))))).)..((........))..)))))))).....))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.(................................................................................................................................................................................................................................(..(((..)))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))...........................)))................)...........))... |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...))).................................(((..((.(((..((.((.....)).))..))).))))).((((((((.(.....(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((((((((....))))))))))...(((.....))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))...(((((((.....((..(((.....)))..)).......)))))))....))).)))....(((((((((.((....)))))...)))))).........)))).......................((((.(.(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((((((((((((((.)))))))))))....(....)....))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.((...((((((((..(((((((....)))))))..(((........))).)))))))))).(.((.(((((.((.(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....((((..(((((((.(((((((......))).))))..)))))))..((.(((((....))))).))...).)))))))).....))....))))))))....))))))).......))))))).....(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((..........)))))))..................((....)))))))))))..(((.(((..((((((((((((.(.(((((((..............................................................(.....((....)))...)))...).))..........................).))).............................................))))))))))..)))...................)))...........................(((((..........................................................((....))....................)))......))))...................)))))))...........)... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((.....))))))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((...(......................)....))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))......(((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((.....))))))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((...(......................)....))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((.((((((...))))))))))...((((..........(((......))).....(((((((((((...)))))))))))....((((.........(((((((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))........))))..(((((....)))))................................(((((((....)).))))).(((((........((((.....))))..........)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..((((((((...(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))..)))))..(((((((.(..(((((((....(((((((....(((.(.....)))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))))))....((((.(((((....)))))..))))...(((((((((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((.((((((((....))))))).).((((....))))..)))))))).((((...((.(((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).....)).)))))))))....)))))))...).)))...)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))...........(((((((.(.....))))))))......(((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).)..((((((((((................(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))).......)).)).))))))((((((((((....))))))))))....((((((((.....................))))))))......................{{{{{{{..((((........))))((((((((...))))))).)....((((.......))))((((((((....)))))))).((((..[[[[..)))).(((((((...)))))))..)))))))..))))))))..((((((((....)))))))).((((..]]]]..)))).(((((((...)))))))..........((((....))))}}}}}}}.))) |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..))).......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).......((((.(((..))).))))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((((((....))))))....((........))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((..((.(((.(....).)))))....(((((..(((......(((((...((((((((((.....)))))))))).))))).((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((.((((.......((.(((.((.(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((..((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))).))))).))).)).(((((((((....((..(((.(((((.....((((((((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..)))((((((((....(..(((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......)))))))).)))))...(((((((........)))))))....))).((.((((.(....).)))).))..)).))))))))).....)))).)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))..)))......)))))((((((((....)))))))).))))))(((((((.....................)))))))......................((((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))..((((..((((..((((.((((((.....)))))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))..))))..))))..)))).((((((.....)))))).....))))).))))..))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((...........................................................................................................................................................(...(....)...........(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......(.((.(.........).)).).....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))....(((((...(........(..........)..)....)))))......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((......(...................)....................))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((...............)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....)......................................................................................................................................................................................................................................................................................). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.....(((.(....).))).............(((......))).....((((((((((.....))))))))))..((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((..................................((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))........))))))))......................................................(..(((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...(((((((....(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))...))).))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))..............((((((((....(..((((((((((((......((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...))))))))..))))....)))))))......)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))...((((..(((((((........))))))).....))))...............................................)))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))..)))).........(((((((((....))))))))))))))((((((((.....................)))))))).....................((((((((...................(((((((...)))))))......................(((((((....)))))))...................(((((((...)))))))......................(((((((....)))))))...................(((((((...)))))))......................))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((.((((..(((((......((((((((.(((((....(((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...(((.((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).)).)))..((((((((.......)))))))).)).)))))..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))))....)))))....(((((....((((....))))..)))))..)))))))).((((......((((....)))).....))))....(((((((((....((((.....))))........(((((.((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).)))).)))))....)).)))))))............)))))....((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))(((((((.....................)))))))......................((((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))..((((..((((..((((.(((((((...))))))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))..))))..))))..)))).(((((((...))))))).....))))).))))..))))))))))))))). |
