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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCGCGGGGUGGAGCAGCCGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCAGGCAAGGAGGUAAAAAUGAAAAAAAAA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.((((((.......(((............(.((.(((((((.....))))))).)).)....................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))...............))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).)).((.(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).....((((((((..((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))..............). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((...((((((...))))))..))((.....))........(((......)))((((.(((((((((((...))))))))))).)).)).((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).))(((())))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))..............((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..)))))).(((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...)))))..........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)...(((())))..)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).................)((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).))))(((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))).....((((((((.(((((((((((..(((((((.(((..(((((.......))))).))).)))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......)))))))))))).....).))))))))................ |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((((((((...)))))))))...)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).........(((((....)))))........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))....(((((...(......................)....)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....((........))..)))))))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))......)))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................................................................................................................................................................................................ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))..((((.((.((((((((((((((..((....(((......)))..)).(((((((((((...)))))))))))((((((((..((((((.....(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....)).......(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))..(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).)))).)))))))))))).))))))))).))))).)))))).(((....)))....(((((....))))).(((((((((.((.(((.....)))((((((((((.........))))......)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))).((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))((((((((((....))))))))))..)).)))))))))(((((((.((((.(((((..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...((((((.(((....))).)))))).)))).(((((.......)))))...))))).)))).))))))).((((.((.....))...))))................. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((..((...((..........................(((((((((((...))))))))))).....(((..((((.......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((....((((.((((((((....))...)))))).)).(((((.((.......))))))).((((....))))((..((...........((((...(((((....))))).))))....((((((((((((......((((....)))).....))).....(((((........((((.....))))..........)))))......(((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))............(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).......................))))))))).ccccccc((((...((((........)))).))))...ccccccc......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))<<))....)){{{{)).(((((((((....)))...(((......)))...))))))...)))))))bbbbbbb))ddd))aaa)))..AAADDD...BBBBBBB.....(((((....))))).............}}}}........>>............CCCCCCC.......CCCCCCC.....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))............(((((((..........)))))))...............(((((..........((.((.[[[..[[[..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))))]]]))]]].........))))).(((((((((....))))))))).....((((((((..((((((.(((..(((((((.((...(((((.......)))))..)).)))))))....)))...)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))................ |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)))..............(((((.......))))).......((.((((.(((((.....))).)))))).))...................(((((((..((.(.((((((((.(((.(((.((((((....)))))).)).).)))....((.(((((((......))))))).))...((.....)).)))))))).)))))))))).........((..((((((((.(...).)))))))))).....((((((.((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((.(((((..((..(((((.......))).))..))...)))))).)...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))........(..(((((((.....)))))))......)..(((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))...))).)))..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((........((((((..(((((((((...)))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...(((.((....))..((.(((((...((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))))...(((......)))..))))))))...))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.((((((....)))))).))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..................((....))..))))))..((((.(((..(((((((((((((...((((((....(((....))).))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))).............................................................................................................................))))).....................)))))).................................... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((...))..............................((......(((.......(((((((..((...((((((..(.((.....((((((....))))))......)).)...........(((....))).......................))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.(((...............((((....)))).................................((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....))))))).....(((((....)))))........))))..)))).).)))))...))))..))).)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))..))))))..))).))))................((((((((....))))))))...........................................................................................................................................................))).................................... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(......................)....)))))....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((..........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..(.((((.....)))).)..)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(......................)....)))))....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..))).......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))...................................................................................................................................................................................... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((...(((((.....)))))...))..))))......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((((((.(((..))).))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((.(((....))).))....((........))..)))))....(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))).................................................................................................................................................................................... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((.(((...((((......((((((((((.............(((((...((((((((((.....)))))))))).))))).((((.((.(((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))....((((((.(((.((.(((..(((((.((.(((.((.(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((..((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))).))))).))).)).))).))......(((((((((((..((((.(((((.....))))).....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).))))...))))))....))))).))).)))))))))))..))).)).))))..)))))))))).((((((..(((((....))))).........((((((((...((((((((....(..(((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))((((((..((...((((.(((((((((((..(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..))))).......((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).((((((.(((....))).)))))).).))))).).))))...))))..))..)))))))))))))).))))))..)))).))).))))..))))............. |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((...........................................................................................................................................................(((........)......)).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))..(.(((((...(..(................).....).)))))....).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(((...(..(........)....).................))).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((.....((...))...)))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))).................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................((((((((((.....)))))))))).......((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.............................(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))........)))))))).)))............................................................((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))..............((((((((.......((((((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...))))))))..))))....)))))))...)).)))))))).......))))......(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..............................................)))))...)))..))))))))))..(((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..)))...............((((((((((....))))))))))....((((((((..((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).......))))))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((((.(((..(((((((((((.((..(((((.(((..((((...(((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...(((.((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).)).)))..((((((((.......)))))))).)).)))))..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((((((....((((.....))))........(((((.((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).)))).)))))....)).))))))).))))..))).))))))))))).)).)))).(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)..))))))).)).........((((((((((....))))))))))....((((((((..((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))................ |
