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UGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCAUCGGGCUCAUAACCCGAAUGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
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....((((..aaaaa..)))).((((.(((((..((((((((.....(((.....((((..(((((..(((((((((......)))))).))))).)))))))....((((......((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((..))))))))))).)))))((...((((..)))).)).((((((..((....)))))))))))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))))((((((..........))))))((((((..)))))).....)))......((.(((....((((....))))..))))))).))))))..(((((.....((((....))))....))))).....(((((((((....((((((..........)).)))).....)).))))))).......((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>)))))..)))))))))..........(((((.....((((((((((.(((((((.((((((((((.....((((((((...))))))))...))))))))..)))))))))...((((((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))...))))))))))))))).......(((..))).))))))))))))).))))...))))))))))...(((((((...(((.(((((((.....))))))).)))))))))).........{{{{{{..((((((((((((.....)))))))))))).{{{{..))}}}}...}}}}}}.))).(((((.((.(((((..))))))))))))...AAAAA(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((.....(((........))).........(((((((......(((((((.(((((((((..))))))))).((((..)))).))))).))..((.(((...((((((((....(((((((((....)))..(((((....)))))..)))))).....((((.(((((((..(((..(((.....))))))...))))))).....((((((...))))))........)))).....))).)))...)).)))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((....((((..((((((((....))))))))....))))....)))))))......((.(((((((((........))))))))).))....))))))((.((((((((((.......)))))))))))).)))...)))))))))).))....((.((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((..((....)).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))..)).....(((.(((((....))))).)))......((((((.[[[.))))))]]]...
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((...((((.........((((.((((..((.........))..))))..))))..((((((((((....))))))).)))..))))....((((((((.((...(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))..((((.((...((((((((.......))))))))((((((((((((..(((((((.........)))))))..(((((...(((.(((...)))))).((((....))))....)))))))))...((((.....((((....)))).((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..(((((..(.(((((((.(....((((((((.......)))))))).....).)).))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((....(((......)))..((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..)))))).....((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)..)))))..((....)).............((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))..((((((.........(((.(((.....))).)))))))))))))..........)))))))).)))))).((((((((((....((....))...((((((...(((((.....((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))........)))).(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..)))))..(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))......)))))).))))........)))))))))).((((..((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))))))))(((((.......))))).....) |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((((...............................(((((((....)))))))..........................................(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....))).....................)))))))))))))........................((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...)))))).................................((((((((((.........................................))))))))))..(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((............................)))))))..........((((((((((.......................................))))))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))............................................................................(((((((........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((...............(((....))).................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((....((((((....................))))))...))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.........((((((....)))))).........)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..((((((((((....))))))).)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(....((((((((.......)))))))).....)....)))))....)..(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((.(...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....))..))))))..)))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))).(.(((((((.......)))).))).). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((((((((........)))))))).)....................................((((((((((....))))))).)))....(((((((.((((((.((((.(((((((((..(.((....(((..((..((.((((((....)))))).))...))...........((((((((..(.((((...(((((.((((.((((((((((............((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((((((((((((.((((((..........)))..(((((....))))).))).)))..(((((((((.....((((()))))..............((((.(((((..(..((.((((((((.......)))))))).))..)....))))).))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....(..................).......)))))).)))(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))))..)))))))))....)))))))).)))...((...((((((((...(((........)))....))))))))...))))))))))))))))(((((((................((((((((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........((((((((((((((((((((.....))))))))))))...((....))...))))))))))))))))((((..((((....))))...))))............)))))))..((((.((......)).))))..................)))))..)))).).))))))))...)))..)).)(((((((....)))))))....................................((....))((((((..(((........(((......))))))))))))..........(((((((...(.......(((()))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...(....((((((.....)))))).(((((((.......)))))))....)...((...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))))(((((..(((((((........))))))).....)))))..((......(((((((.........))))))).....))))))))))).)))).))).))).)))))))(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))...............((((((((((....))))))))))...(((((((.......))))).))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................(((((......)))))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(................................)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....)))))).....(.....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((...............((((....)))).............)))................(((((((.((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))............((....))......))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(..........((.......))...........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((...))...))))).)).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((((((((....((((((..(((........((((((((((....))))))).))).)))((((((.....(((......(((((((.......(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((((((.....))))))....(((((....))))).))).....)))))).))))))....)))))...(((((((...((((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.........)))...)))))))))))..(((...((((......((((((((....(((......)))((((((((.((((((((((...((((............))))..))))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))(((..........)))))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))..(((......))))))))))))))...))))))))((((....))))....(((..((((.(((((((.(((((((....)))(((.(((((..(((((..((((........)))))))))....(((.(((.......(((((..(((((((....))))))).............)))))))))))))))).))))))).))))))).))))(((((........(((......))))))))))).)))))))........))))))))))(((((..((((((((.............(((((.....)))))......(((..((((((.....)))))).(((((((.......))))))))))...(((((..(((((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))(((((((.........)))))))......))))))))(((((((......((((((((...........((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...)))))))))))))))..)))))........)))))))(((((((((....)))))))))))))).(((((.......)))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((([[[[[..))))).]]]]]..((((((((((((............................................................................(((((((..((...(((((((..........((((((....))))))...............(((....))).......((((.((....))))))...)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...((((.........)))).....((((....))))(((.(((((((((.((.............................((.......(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...................(((((.......((((....((.((((((((.((((((((((...((.(((((.....)))))))..))))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).)))))...))....))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((((((((((((.....))))))))))))...((....))...)))))))).)))))..{{{{))((((....))))...}}}}......................................................................(((((.((((.............(((((((....)))))))...((....))......))))))))))).)))))))))..)))....................(((......))).......................))))))))))))((((..((((((((.............(((((.....)))))...........((((((.....)))))).(((((((.......)))))))........((((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))))(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))......))))))))(((((((((..................(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..)))..........)).)))))))(((((((((....)))))))))))))..(((((.......)))))...... |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((........)))))))).(((.((((..((.........))..))))..)))...((((((((((....))))))).))).....((((((.((((((..(((.(((((((((.....(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....)))....((((....))))....)))))).))))))).((((((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))((.(((((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((....((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..........((.......)).(((.....)))...((((((((((((((.(((((((((....((((.(((.....)))))))...)))))))))..)))))(((...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).))))...)))....((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))).(((((.((......)).)))))...(((((.(((.(((((...)))))..))).)))))..)))))))))..))))...(((....)))...........(((((((((((....)))(((..((......))..)))..)))))))).)))))).)))))..)))).(((.(((((.((.(((.((((.(((((((....))))))).....)))))))...)))))))))).)).))))))))).))))))))...((((((...(((.(((......)))))).....))))))((...(((((((((.((.((......)).)).))..)))))))..((.(((((.....)))))))...))....((((((.....)))))).(((((((.......))))))).............(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........))))))).......))))))))).)))..))).))).))))))((((..((..(((((((((((.((..((((((.((((..((...))..))))))))))..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))).....(((((.......)))))...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(.((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))..)..(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))..))...)))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((.........)))))))....))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((((((((((((....)))))))))).....))))................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))................ |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))).)..(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))....((((((((((....))))))))))(....))))................... |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((....(.((((.((((((.((((((((.....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)).)))))).(((....((...((((((((.......)))))))).))......)))..(((((((......))...)))))))).(((((.(.(.....).)))))).((((....)))))).))))))........(((((....(((....))).).)))).)).))))))..((((.......(((....)))......)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((....((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((....(((((((...((((((((...((........))......))))))))...).((...))((....))))))))...))))).)))..)))....))))....((((((........((((.........)))).....))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((.((((((((.((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....(((..(((((((...((..(((.....)))))....))))))).....(((((.....)))))....)))....))))))....))....)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))......(((((.........)))))))...........))))))..(....)....)))))))((((..((..((((((((((((....(.(((...(((..((....)).)))..))).)...))))))))))))..))..))))............((.(((((((((....)))))))))......))..................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((...((((.........((((.((((..((.........))..))))..))))..((((((((((....))))))).)))..))))(((.((((((((.((...(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...(((((((((....((((.((((.((((.....)))))))).((((....))))......))))......((((.....((((....))))(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..((((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....(((((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..)))))))))..((((((((..(((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).)))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)))))))).(((....)))............((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..)))))).)))))..))))((((.((((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).((((((.........((.((((......))))))))))))))))...)))))))))...)))))).....((((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..(((((((((..(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))..))))..........)))).........)))))))).))........)))))))))).((((..((..((((((..((.(((..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))))))))[[[[[.)))...]]]]]...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((...)))))))))).....((((.................))))........((((((((((....))))))).))).....((((((.((((((.((((.(((((((((.....(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....)))....((((....))))....)))))).))))))).((((((((..(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))).)(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))((.(((((((((((((((.............((((.(((((.((((((..((((((((.((((((.(.....(((((((((....).)))))))).......)).))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).........((((.....))))((((...))))...((((((((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..))))))))))..)))))).....((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........))))...))))))))...))))...............)))))..)))).))))..........((((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))).(((((............)))))...(((((.(((((((((...))))).)))).)))))...))))))))...)))))((((....))))..........(((((((((((....)))((((............))))..)))))))).)))))).)))))..))))((((.(((((.((.(((.((((.(((((((....))))))).....)))))))...)))))))))))...))))))))).))))))))(((((((((...(((.(((......)))))).....))))))((((.(((((((........................)))))))..((.(((((.....))))))).))))....((((((.....)))))).(((((((.......))))))).............(((((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))))..(((((..(((((((.(.....)))))))).....)))))..........(((((((((....)).)))))))....)))))))))))).)))).))).))).))))))((((.(((..(((((((((((.((..((((((.((((...........))))))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...(((((((.......))))).))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))).................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((.....(((.(((..((((....((.......(((((....)))))......))...))))......(((.......((((((..((...((((((((..((.....((((((....))))))......)).......(((....)))..........................))))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((.......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....)).....))))...))))))))))).....(((.((((..(((....((((((((((((.((..((((((((.....))))))))..))...((....))....)))))))...((...((((..((((....))))...))))...))...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((......(((....))).......((....))..))))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))((...((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))).)))..................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((((...............((((..((....((((((((((....))))))).))).))..))))....(((((((....(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((.((.((.(.((((((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))..((((((.((((((.(((....))).(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..(((((..(.(((((..(..((.((((((((.......)))))))).))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....(((((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..)))))))))..((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)..))))).(((....)))...........(((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))).)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).......)))))).)))))).))))..))))).)))).)))......))))))).)))))))))))(((((..((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..((((((((((.(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))...).)))))..))))..........)))).........))))))))(((((((((((..((((((((...(....)..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..)))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))).(((((.......)))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(..(((((...((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((...((........................................................................................................................................))....((..................).............((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))((((.(((((...(.(...........................).....).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(..((((...(..(((....))))................))))...).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((....))..)).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).))))).......)............))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(..(((((...((((.(((((.(((((.(((((((((.((.(((.(((..((.(.....................................................................................................).))...(...(..(.....(.........................(....)............).........((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....)...)))...))).....)).(((((....(((....))).).))))))).))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((.(((((....(.((........................)).....).)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).))))))))..))))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))(((((..((....(((.........))).))..)))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...(((((((....(.(((....))))................))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....))))))).(((.(..(.(.....)).).....))))))).)))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).))))).......)............))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((................................(((((((....)))))))............................(((((((...(...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)..)))))))((((........((((((((.......))))))))........))))..(((((((.........)))))))....((((..(((.....))).)))).((((....)))).........................((((....))))......................................................(((((..(..((.((((((((.......)))))))).))..)....)))))..................(((((((((.((....)))))...)))))).......................(..(((..................((((((((.(((((((((....(((.((((.....)))))))...)))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).)))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))).)))..).((((..((((....))))...)))).......................................................................(((..(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))))).)))...........................................................................)))))))))........(((((((.............(((((.....)))))...........((((((.....))))))..((((((.......))))))..............(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))......)))))))..............................(..((((((..(((.((..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)......................(((((((((....)))))))))......(((((.......)))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...((((.........((((.((((..((.........))..))))..))))..((((((((((....))))))).)))..))))(((.((((((((.((...(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...(((((((((....((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))......((((.....((((....))))(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..(((((..(.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....((((((..(.(((((((((....((((.((......)).))))...)))))))))..)..))))))..((((((((..(((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))....((....))...)))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)..))))).(((....)))............((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).((((((..((((.......(((.....)))))))))))))))))...)))))))))...)))))).....((((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..(((((((((..(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))..))))..........)))).........)))))).))))........)))))))))).((((..((..(((..(..((((.(..((((((.(((...((....))..)))))))))..)))))..)..)))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))))))))(((((.......)))))...... |
