|
|
|
CUGACUAUGUGAUCUUAUUAAAAUUAGGUUAAACGAGGUUAAAAAUAGUUUUAAUAUUGCUAUAGUAGAGGUCUUGCGAAAGCUUACCACACAAGAUGGACCGGAGCGAAAGCUCCAAUAUCUAGUGUACCCUCGCUGACUAUGUGAUCUUAUUAAAAUUAGGUUAAAUCGAGGUUAAAAAUAGUUUUAAUAUUGCUAAGAGGUCUUGCGAAAGCUUACCACACAAGAUGGACCGGAGCGAAAGCUCCAAUAUCUAGUGUACCCUCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((.((......(((((....((............[[[[.......))....))).))....)).)).((.((..((..))......aaa..aaaa)).))....((..)).......AAAA..AAA(((.(((<<..........<<<<<.<<<<<<<<<.......))).)))....>>>>>>>>>.>>>>>....>>(((((((((..)))).........{{{{)))))((((((..))))))...}}}}.....]]]]...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((......((((((((((((((((..((((.(..((((.((..((((((((((((..(.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))))..)...)))))))))))..)).))))..).))))...))))))))))........))))))..((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.....(((((((((((..((((......))))...)))))))))))..)).))))).((((........((((((...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..((((..(((((..(((((((..........)))))..))...)))))....((((.........)))).))))........))))))...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((...................))))))))))(...........(((......(....)......((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))...)))................)((((((((((....................)))))))))).............................((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((...(((((((((((...................))))))))))))))).))))(.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....)....................................................................((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((......(((((((((((...................)))))))))))....)))))).((((....((....((..(((((((.(((......(((((....)))))....))).))))..(((((.(((((....................))))..).)))))...........................)))...))....)).....((((.(((......(((((....)))))....))).))))..)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((.......(..((((.....(((((((((((.....(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))).......))))))))))).....))))..)........)))))))))))...............((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((((((..((((......))))...))))))))))))))).)))))...(((((..............[[[[.....)))))(((((....)))))........]]]]..(((((..[[[[[[.((((((..........))))))...)))))......]]]]]]......((((...[[[[....)))).........((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((...(((((((((((..((.(((...))).))..))))))))))))))).))))).((((........(((((....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....((((.((((.........(((((((((((..((.(((....))).))..))))))))))).........))))..)))).)))))...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((..((((....((((.....(((((((((((((((.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....)))))))))...))))))))))).....))))....))))...))))))))))).........((....((....))...))((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((...(((((((((((..((.(((...))).))..))))))))))))))).))))).((((........(((((....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....((((.((((..........((((((((((..((............))..))))))))))..........))))..)))).)))))...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((......(((((((((((...................)))))))))))....))))))...(((((.....((((((...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....((((.........((((((((((((((((........[[[[[.......)))))))))))........)))))..))))))))))............)))))(((((....)))))..............]]]]] |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...(((((((((((..((((.(((..((((...(((((((((((((((.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....)))))))))...)))))))))))..)))).)))...))))...)))))))))))))))...((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((((...(((((((((((.....(((...))).....))))))))))))))).))))))(((((.......((((((...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..((([[[.[[[[.........[[[[[[[[[[[..........))).......]]]]]]]]]]].........]]]]..]]].))))))...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))).)))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((...(((((((((((..((((......))))...))))))))))))))).))))).((((........((((((...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))....((((.((((.........(((((((((((..((((.......))))...))))))))))).........))))..))))))))))...((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(..(...(((((((((((..((((.(..((((.((..((((((((((((..(.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))))..)...)))))))))))..)).))))..).))))...))))))))))))..)...((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......((((.(((((((((((..((((......))))...)))))))))))....((((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....)))))).)))).(((((((((((..((.(((....))).))..)))))))))))....)).((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(..(...(((((((((((..((((.(..((((.((..((((((((((((..(.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))))..)...)))))))))))..)).))))..).))))...))))))))))))..)...((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(.............)...))).....((((((((((......)))))((......))(((.(((((((((((((((((.(..(.(((((.....(((((((..)))))))(...((((((...((((((.(.((((((...........))))))...))..)))))(((((......))))).)..)))).)..)))))).)))))))))).)..)))))...(((((((((..)))))).).).).))).)))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(..(...(((((((((((..((((....((((.((..((((((((((((..(.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))))..)...)))))))))))..)).))))....))))...))))))))))))..)...((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(..(...(((((((((((..((.(((..((((.((..((((((((((((..(.(((((.((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..))))....))))))..)...)))))))))))..)).))))...))).))..))))))))))))..)...((((....((....)).....((((.(((((....(((((....)))))..))))).))))..)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((.......)))).........(((((((....)))))))..(((....))).((((.((....))))))....))))..((((...(((((....)))))......(((((......))))).)))).((((((..........))))))....((((.(((((....)))))...((((.(((....))))))).........((((..((((....(((((....)))))..))))..))))..)))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((((..........)))))).....)))))...(((((.........))))).(((..[[[[[..........))).((((.((((]]]]](((((....)))))...)))).))))....((((.......)))).((((.......)))).((.((....))))....((((.........)))).(((((((((...............)))))......(((((....))))).(((.....)))..)))). |
