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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_01140



RNA: PDB_01140
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.......((((((((((((((((((..((((((((((((.....(((((((.bb..bb.)))....(((((((((((((BB..BB.))))...)))))))))..))))...(((....)))((((((((....))))))))(((((......)))))))..(((((((((((((......)))).))))))).))........((....))...(((((((.((((.....)))))))))))...(((.((.(((((...........))))).))..(((((((((..(((...((((((((((((((..(((((......)))))((......ccc.....))CCC..)))))..))))).))))..))).)))))).)))...(((((((((((.......)))))))))))....(((((.{{{{{)))))..)))......)).)))))).)).............((((....))))..)).........(((((..))))).............)))))))))))))))).......((((((((((....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..(((..((((.....))))..)))...(((..)))..(((((...)))))..)))))))))))))..(((((((((((((.....(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..((((.(((((........)))))))))...)))))))))...(((.....)))......))))))).))..))))..(((((((((((((((....)))))(((((((((....((((((((((....((...(((((((((.................)))))))))..)).....))))))))))....))))))).))..((((((((((......))))))))))))...(((......)))...((((.(((..(((((((.....<<<<<<.....<<..(((((.(((((((((..................))))))))))))))........)))>>....>>>>>>.))))..)))))))((((((((.....))))))))..))))))))(((((((((.(((...((((((((.((((..)))))))))))))))))))))).)).....))))))(((...(((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((eeee.((..(((((.(((((..))))).)))))..))...(((((........)))))))((((((((((((((..(((((((.((((((((((((((((.((((.((...dd....))))))((((.(((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))))))))((.........))))))))).)))).)))))......)))))))..)))...)))))))))))EEEE..)).....((......)).)))).(((((....)))))..))))..((((...((((((((((((...............((((((.((((..))))..))))))((((((((((.........))))))))))............(((((((((...((.........))..((((((((((.((((((..)))))).))..)))))))).((((.(((..(((((((..((((..(((((((((((..)))))))))))..)))))))))..)))))(((((.........)))))....................((((((.....))))))..........))))...)).))))))).....)))))))))))))))))))..))).((..aaaaa......))AAAAA..((((((((.(((.........((((.((((((..(((((((((((((((.(((((((((.((((((((.........(((((....................))))))))))))).)))))))))..((((((....))))))...)))))))))).)))))..(((.......)))((((((.((....))..))))))..((...(((((((..(((((((.......)))))))....((...[[[))....)))))))...((((((((((....)))))))))).((((..)))).))]]].......(((((((.(((.}}}}})))))))))).............))))..))))))........(((.(((((((((.((((.....)))).)))))))..)))))...........((((((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..))..))).......((((((((..)))).))))........)))))))))))....(((((((..(((((..((((((((..(((....))).))))))))((((((...((((...(((((((((((.DD.))))))...)))))...)))).)))))).(((((....(((..((...))....)))....))))))))))......)))))))..............((..((((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))))))..))..(((((((((....(((((((((...(((((((....((....)).)))..))))..))))))).))((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((.(((..((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((....)))..((((((....))))))...(((((....)))))(((((.(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))...)))))((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).)))........((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((....((........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..))).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).)))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((.(.((.....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.....((((..((..((((...((((((((.((((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).).))))))))...)))).))....))))............(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).))))))....))).)))))..(((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))......((((.(((....(((((((....))).))))(((.(((((((((...((((((.((((((((.(..(((((((((((..((.(....).)).)))))))..((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).))))....(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))..........(((((((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))))))..))))))...)))).)))))))).))))))))))))((...(((....)))...((((((...(((.((....(..(((((....)))))..)....)).))).)))))).)))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((....((((((((((.....(..((((((((((.((((....(((.........(((..(((...(((((((..(((.......))).....)))))))..))).....(((....)))((((((((....)))))))).(((((....))))))))...((((((.....((....))......))))).)....((...((....))...)))))......))))........(((.....(((....((((((((.....))))))))..(((((...(((..(((...(((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...)))).)))))...)))..)))..)))))...((((((((((.....)))))))))).......((((......))))...)))......))))))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....)))).............).....)))))))))).....))((((((((((....)))))))))).(((........)))...((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).))))))))))))))).......((((((....(((((((((((..(((....((((((......)))))).....)))...((.(.(((((.......))))))))....)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).((((((((.....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((...(((....)))......))))))))..)))....))))))))).))).))))))).....(((((((.(((....))).)))))))..(((((.............((((.((((..(((......(.((((((...............((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).......))))))))))..))))))))..((((((.....))))))((((((.(((.((.(((((..((((......((((..(((....))).))))...)))).)))))..))...((((.................((((((.......))))))..(.....(((.......((((((((...........))))))))...))).)...((..(((...(((....)))...)))..))))))(((((........)))))..((((((((((......((((....(((((.(((..(((((...(..(((............))).....((((((((((((((((..........))))))).....))))))))).(((((....)))))..))))))...)))..))))).........)))).........))))))))))))).)))))).................(((((((....)))))).).)))))))))))))(((((((........((((.......((((....(....).....)))).(((((((((((.......))))))))))).))))...(((((((((((....(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((((((...((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))(((((.......))))).........)))))......))))))).))))...)))))))..))))))............((((((....((((.....((((((((.(((.((...(((((((.(((((((.(((((.(((.((((..((((((((((((((((.(.........(((((..(((.......))).....)))))).))))))))))))))))...((((......)))).....)))).)))..)))))...((((((.((((.((((((...........))))))((((..((((((((((.((((((.......))))))...)).(....).......))))))))..((((..(((......)))..))))))))....))))..))))))....(((((((((.........)))))))))............)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).)))).)))))..)))))))))))))))((((((((..((((..(((((........)))))..((....))..(((((...(((((.((((((...(((.....))).....)))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))))))))).....)))))).....((((((((((((...(((.....(((((((.((.....(((((....)))))....))..))))))).......))).))))))))).((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((((((((....))))))))....)).))..))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((....((.(((((((((((((((..........))))).(((((.....).)))).............((((.(((.(((((((....))....(((....)))((((((((....)))))))).(((((....))))).(.....(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..)))))......((.....))...))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.((((((.(((..((((((.((((.......((((((....))))))(((.(.(.((((....))))).).)))...))))..)))))).))))))))).)))))((.(((((((((((...)))))))))))...(((((((((....))))))).))......))..)))))).))))..)).((((....((....))....)))).......((((....))))..................))))))))(((((..((((((((((((((..))))))))))).))).(((((..((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))(..(((...((....))..)))).....)))).))))))))))))))).(......((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((.....)))..))..)))))).........)...(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((.(.(((...((((((((.(.(((((()))).)).).))))))))..))).)..))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).))))))).)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))))).....)))))))....))..))))).((((((.......))))))....)))))((....)).((((((((..((.....))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........)))))).(....((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))))(((((....)))))...)))))..))))..)))))........))))))).))...))))))))))))))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))))((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.(((.((())))))....))))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..)))))......(((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((..()..)))..)))).(((....)))...))).((((..(((((((((.........))))))))).)).))........(((((((()))).))))..((((((((((((.(.((.......))..)))))))))).))).....................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))(((.((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((.(..(((((...........)))))..).))).))))......))))))))..((((.....))))..........(((((((((...((((.((((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))))))..)))).))).)))))))))..)))........((((((((((.....)))))(.(((((....)))))..)....))))).((((((((....((((((((....))))))))........)))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((((.......(((((......)))))....((((((((((.((((........))))...))))....[[[[[[[[[[........))))))....(((....)))((((((((....)))))))).]]]]]]]]]].(((((((..(((.(((.(((((......))))).)))..)))..............[[[.)))))))............]]].(((.[[[[..)))...((((((((.....))))))))]]]](((.(((((((.....((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..))))))...))))))).))).....(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))(((((...((((((((....)))......((((................))))........(((....))))))))......)))))...))))))))))).(((...((((((((((....))))))))))[[[[...)))..]]]]((((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..)))).............((((.....)))).))))))))))))))).((((....))))....(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))..(((....))).....))))))))..................(((((((..[[[[[)))))))...]]]]]...(((..[[[[[[[))).(((....))).......]]]]]]]...(((......((((((((...))))))))....(((((((............)))))))....[[[)))...........]]]......(((((((((...(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).)))))))(((....[[[))).((((((((.....))))))))]]].........(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).)))))((((...[[[..))))..]]](((((......(((((((.....)))))))...((((....))))[[[[[[[....)))))..]]]]]]]....(((.........(((...(((....)))...)))[[[[[[[.))).............]]]]]]].((((((((((((((((((....((((((((...........)))).))))....(((.((((....(((((((((((((((..........))))))).....)))))))))))).)))..........)))))))...(((((.((((((.......((((..((((....(((((....)))))((((..(((......)))..)))))))).))))(((.(((((.((((((....((((((((........((((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).))))...(((((((((((....(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......)))))))).((((((.(((...(((....)))...)))..(((((....)))))........((((((.....))).((((((.......))))))....))).......(((...((((((.....))))))......))))))))).....))))))).))))...))))))))...((((...))))....((((((......))))))..))))))((((.....((((...........)))).)))).)))))))))))))))))))))))))))))).......((((((......[[[[[.......))))))..]]]]]...)))))))))..(((((.....)))))............((((............[[[[[[((((((...........))))))))))..(((((((((..((((((.......))))))..................)))))))))]]]]]].((((((.....[[[......(((....)))))))))..(((..((((((.(((........))))))))).))).]]]......(((.....[[[[[[)))......]]]]]]((((..(((.....))).))))(((((.....)))))....(((((((((...(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))............))))))))).....(((((((....))).))))(((.(((((((((...((((((.((((((((..(((((((((((((..((((((((((...............)))))((((.((((((((((((....)))))...))))))).)))).))))))))))......(((((...........)))))..))))).))).......))))))))..((((.....))))..........(((((((((...(((....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).....))).)))))))))..))))))...)))).))))))))....((((...[[[[))))..]]]](((...)))(((.[[[[[[[[))).((((((((....))))))))........]]]]]]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((((..((((((((((.(((.((((.(((.....))))))).(((((.....).))))))).))))...((((((((((.(((((((....)).....)))))....((((((((....)))))))).)))))))))).((((.....)))).((.(((((......))))).))(((.((((..((........))..))))))).....((((..((....(((..((.((((((.((((((((.....))))))))..(((((.(((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).)))))...(((((((((((...)))))))))))......((((((....)))))).(((((...((((.(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....))))))))......)))))...(((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).))))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))....(((.(((((.(((....)))...)))))..)))(((((....(((((....))))).((.(((((.((..(((((((((...(((...((((((((....((........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((......(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).....(((((((.....))))))))))))))))..))).(((((((...........))))))).))))))))..)))...))...))))..)))))).))))..)))).(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((((.((.........))))))......((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))).(((((....)))))...)))))..))))..))))).........)))))).))...)))))))))).((((((((((..((.....(((((((..((((((....)))))).((((...(((....))).))))......((((..((((((......))))))..)))).....((((((((((((((.....))))))))))).))).((((((((..........))))))))..........(((((((((...(((....)))...))..)))))))..((((((((((((((((...((....(((((.(((((...((((((.((((......))))...))).)))............((((((......(((...((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....)))))))))))).(((((........)))))((((......))))....((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.((((((((((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((.((((.((((((...........))))))((((..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..))))))))....))))..)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......((((((((((((.(.((.......))..)))))))).)))))....(((((((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))))).((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))...)))))).(((((((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))))))(((((((......)))))))...))))).))))).(((((....)))))......(((....)))))..)))))))))))))))).))))))).....))..).)))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((...........(((........................((((........))))...((......(((ddd((bb..................(((....)))((((((((....))))))))...))...)))..(((((....(((((..(((((......))))).)))))...........((....))...))))).......................BB.DDD....ffffffff))...FFFFFFFF..(((((.(((((((.((...(((((.((((.......((((((....))))))(((.....((((....))))....)))...)))).)))))...))))))))).)))))...(((((((((((...)))))))))))......((((((....))))))..[[[.........[[[))).]]]......((((....((....))....)))).......((((....))))...........]]]....))))))))))(((.....((((((((((....))))))))))ccccc...........ccc((<<<...(((((((((((((((.(((...(((.....)))...)))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).............<<<<<<...(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((...((.........))...))))))))..)))....))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).................<<<<.................((iiiii((ggggggggg..(((((((((((...(((.....)))..))))))))))).((........))....))......)).......<<<<<<<<(((((((.....)))))))<<<<<.....((((((((...(((......(((((.(((....))))))))...)))..))))).))).......))...............((((((.......))))))....)))..((....))..(((((((...........)))))))...........((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..(((((((((((((....(((((..(((((.((((.(((((.((((.((.........))))))......((((((((((((((((..........))))))).....))))))))).(((((....)))))...)))))..))))..))))).........)))))..))...)))))))))))....>>>>>...(((......)))....((((((....)))))).......((((....((((((((.((.....((((......(((((...............)))))((((((((((((.....)))))))))))).))))...(((((((((((((..((((.......))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((ee.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..EE......................))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))).............(((((((....)))))))..>>>>>>>>......................GGGGGGGGGIIIII......((((((((((((((((..........((((aa..))))......(((.....AA)))..))))))))))))))))...........................>>>>.................((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......))))))..................)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............(((((((((.........))))))))).....................>>>>>>......(((..((((((.((.((.......))..))))))))...)))........>>>((CCC.....(((((((((((......))))))).))))(((((.....))))).......CCCCC.....)).......(((((((....))).)))).................(((...((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..jjjj)))..JJJJ..........(((((((((...(((..((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))..))).)))))))))...................................(((((..hh))))).HH.............(({{.....((((((((....)))))))).......))}}..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((((..(((((.((((.(((.((((.(((.....))))))).(((((.....)).)))))).))))...((((((((((..((((((....)).....)))).....((((((((....)))))))).)))))))))).((((.....))))(((.(((((......))))).)))...((((..((........))..))))........((((..((....(((..((.(((((..((((((((.....))))))))..(((((.((((((.(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).)))))...(((((((((((...)))))))))))......((((((....)))))).(((((........(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....))))..........)))))...(((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).))))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).....(((((....(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((....((........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((......(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))))))..))).(((((((...(.....).)))))))..)))))))..)))...))...))))...))))).))))..)))).(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((((.((.........))))))......((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))).(((((....)))))...)))))..))))..))))).........)))))).)))...))))))))).((((((((((..(......(((((((..((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........................................((((((((((((((.....)))))))))))).)).((((((((..........))))))))..........(((((((((...(((....)))...))..)))))))..((((((((((((((((...((....(((((.(((((...((((((.((((......))))...))).))).(.........)((((((......(((....(((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....))))))))))).....((........)).((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.((((((((((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......(((((((((((.((.((.......))..)))))))))).)))....(((((((((((((((((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))))).((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))...)))))).(((((((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))))))(((((((......)))))))...))))).))))).(((((....)))))......(((....)))))..)))))))))))))))).)))))))......)..).)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((((........((((.(((.((((.(((.....))))))).(((((.....)).)))))).))))...((((((((((.((((...............))))....((((((((....)))))))).))))))))))..................(((((......)))))......(((((................)))).)..................(((..((.((((((.((((((((.....)))))))).((((((.((((((.(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).))))).).((((((((((([[[))))))))))).....(((((((....)))))))(((((...((((.(((....)))......((((................)))).......((((....))))))))......)))))..((((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).))).(((((........(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..)))).............((((.....)))).))))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))....(((.(((((.(((....)))...)))))..)))(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((.(((.......))).....))))))))..)))....))))))))).))).))))))).....(((((((.(((....))).))))))).....(((......)))...(((.(((((..(((......(.(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).)))))))))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....)))))))))..))))(((((((..(((...)))))))))).))))))))..)))........(((....)))...))))..)))).(((((........)))))..(((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((((.((.........))))))......((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))).(((((....)))))...)))))..))))..))))).........)))))).)))...))))))))))((((((((((..(((......)))..))))((((....))))...((((...(((....))).)))).......(((....((((..{{{.))))aaa.)))AAA}}}((((((((((((((.....)))))))))))).)).((((((((..........))))))))..........(((((((.....(((....))).......)))))))..((((((((((((((((.........(((((.(((((...((((((.((((......))))...))).)))............((((((......(((...((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))..)))))).)))..)))))...((((((.(...(((((((...........))))))).....((((((((((.((((((.......))))))................).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((<<<<)))..)))))))....((((((.(((........)))))))))(((....))).)))))).)).))))).......(((((((((((.((......]]].....))))))))).))))....((((((((((((((((((((((((((((......))))))).))))(((((>.>>>))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))))).((((((((....(((((((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))...)))))).(((((((((...((((((.((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))).)))).))).))).)))))))))(((((((......)))))))...))))).)))))((((((....))))).)....(((....)))....))))))))))))))))......................))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...((((((.(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).(((((....))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((...((.(((((((.((((((((((((((((....)))))))))).)))...)))))))....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((....((........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..))).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).))))))))).....((((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))....))))))))))))).(((((((....))).))))(((.(((((((((...((((((.((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))..........(((((((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))))))..))))))...)))).))))))))..)))))(((........(((....)))...((((((...(((.((....(..(((((....)))))..)....)).))).)))))).)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((........................................................................................................((((((((....))))))))............(((((((......(((.(((((......))))).))).............((....))..)))))))................................((((((((.....))))))))..(((((..(((((.(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..))))).................................(((((((....))))))).............(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....))))...................)))))))).........((((((((((....))))))))))(((((.......((((((((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).))))))))))))))).................(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..)))))))..(.......).............(((.(((..((..((((((...(((((((..((((.(((((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((.........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).))..(((((((..((....))..)))))))..((((((((...((((...((((((((..((((((((....((((((.((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).))))..)))))).......((((((.((((((((.....))))))))..(((((..((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....((((((...............(((((.......))))).........(((....))).(((((((...........)))))))................(((...(((....)))...)))....................(((.(((..(((((((((((((..((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((..........))))))).....)))))))))))).)))..))).))..))))))...(((((.(((((((.......((((..((((....(((((....)))))((((..(((......)))..)))))))).))))(((.(((((.((((((....((((((((.((...(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).).(((((((((((((.(((((((((.........((((((((....(((....)))......))))))))...((((........((....)).........(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))...............((...((((((.....))))))......)).........)).))))))).)))))).))))))))..................((((((......))))))..))))))((((......(((..(.....)..)))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))..))).))).......))))))........))))).)))))).))))))))..(((((.....))))).....)).))))))...((...((((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......))))))......(....)....).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).).))))))..))))))..)))))))).....))))...............)))))))...))))))..))..)))..)))..((((..............))))..................)))))))))).))(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).......)))))..............(((((((....))).))))(((.(((((((((...((((((.((((((((.(..((((..(((((.....(....)....)))))...(((((...(((((.((((((.(((((....)))))....)))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))..........(((((((((...(((((..((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..)).))).)))))))))..))))))...)))).))))))))..................(((....)))...((((((...(((.......(..(((((....)))))..).......))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...(..(((.(((.((.((((...((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.(((((..((.((((((((.((((....(((....)))((((((((....))))))))....(((((((((.(((....))).(((.(((((......))))).)))..(((.(((....((....))..)))))).....)).))))))).....)))).(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))......)))))).))))...((((........((....))....((((((.((..((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((..(((....)))..))))).)))........((....((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((....((........))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((....(((((..(((((.((((.(((((.((((.((.........))))))......((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))).(((((....)))))...)))))..))))..))))).........)))))..))...)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))...((((...(((....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))....)).)))))).........((((((((....(((....)))......))))))))..)))).))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.............(((...(((((.((.....(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((....(((((....))))))))).((((.....))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).((((((.......)))))).)).)))))...)))......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))..))))))))).....((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))))..).(((((((....))).))))(((.(((((((((...((((((.(((((((((.((((((((.(((((............((....))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..)))))...(((((...........)))))..))))).)))))......)))))))..((((.....))))..........(((((((((...(((((..((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..)).))).)))))))))..))))))...)))).))))))))..)))))(((........(((....)))...((((((...(((.((....(..(((((....)))))..)....)).))).))))))))).