CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - PDB_01144



RNA: PDB_01144
Rfam family: -

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGUCCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCACAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))))........((((((....(((((.(((((....))))).)))))..)))))).)))))))))).)))))))..........(((((...))))).....................(((((((.......)))))))..................((((((...((.....)).))))))....((...(((..((((((((((.....)).))))))))....)))..(((((........)))))))........(((((((((((((.....))))))(((((((((..((((((((((.(((.....)))..))))))))))...))))))).))((..)))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......((((.......(((((..((((((....))))))..)))))....((((..((((.((....))((((....(((....)))....))))....))))...((((((((((((((..(((......(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))....)))))))))))))))))...))))..)))).(((((.(((...(((.((((((.((((......))))....)))))).......((((.(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))..(((.....))).....)))).....))).))).)))))....)))..))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((((((((....(((((..((((((....))))))..)))))))).)))....))..))))..(((((....)))))..........(((((....((((((((.((((((((((((..........(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))......)))))))))))).((((...(((((((..((((..((((((.((.....))..)))))).....))))....))))))).(((((((.((((((((..(((..((((((((...)))))).))....)))...))))))))..((((...)))).....))))..))))))).)))).))))....))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((...(((.(((((..((((((....))))))..))))).))))))...............((((....))))..................(..(((..(((((((((((((((..((....(.(((((........((((...................((((((.......)))))).))))........))))).)..)))))))))))))))))...)))).......((((..((((((.((.....))..)))))).....))))............(((((((((((((((((((.....(((((((...))))))).....))....)))))))))..(((((...................)))))..))).))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((((..((((((....))))))..))))).................................(....).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.....))).((((.(....(((((..((((((....))))))..))))).).))))........(((.....((((....(((....)))....))))...)))((((((((((((((((((((..........(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))......))))))))))))))....(((.........)))..((((((............))))))..........(((((........)))))..))))))....((((((((((((...)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((...(((.(((((..((((((....))))))..))))).))))))..............(((((....)))))..........(((...((..(((..(((((((((((((((..((....(.(((((.....(..((((........(.....)....((((((.......)))))).))))..).....))))).)..)))))))))))))))))...))))).)))(.((((..((((((.((.....))..)))))).....))))..).........(((((((((((((((((((....((((((((...))))))).)...))....)))))))))..(((((....((.....))......)))))..))).))))).........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((((..((((((....))))))..)))))((((((((..[[[[)))).))))((((....(((....)))....))))....]]]]...(((((((((((((((..(((......((((....))))..)))........(((.......[[[[[)))......]]]]]..(((...[[[..)))..]]]...)))))))))))))))...(((((......[[[[[.[[[[[[....)))))...]]]]]]....]]]]].(((((........))))).(((((((((.[[[[[[[((((((...))))))............)))))))))..(((((......................))))).........]]]]]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((.((((........((((..((((((....))))))..)))).((((((((......)))).))))((((....(((....)))....))))..(((((.((.((((((((((((((..(((...((.(((((........((((........((...))....(((((((....).)))))).))))........)))))..))))))))))))))))))))).))))).)))).(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))..(((((....((.....))......))))).)).))).(((......)))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((......(((((..((((((....))))))..)))))...))))........................(((....)))..............(((..((((((((((((((..(((......(((((........((((...................((((((.......)))))).))))........)))))....)))))))))))))))))...)))..............((((((............))))))..........(((((........))))).(((((((((((.....(((((((...))))))).....))....)))))))))..((((.....................))))....................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((...((..(((((..((((((....))))))..)))))..))((((......))))...(((((....)))))................(((((.((.(((((((((((((((.((....))..((((....)))).(((........((...))....(((((((....)).))))).)))....................))))))))))))))))).))))).)))).((((..((((((.((.....))..)))))).....)))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))..((((.....((.....)).......))))....................
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....(((((.......(((((..((((((....))))))..)))))..((((((......)))))).((((((..))))))....((((..........))))....((((((((((((([[[[[[.....[[[[[[[[.((((((((...................((((((.......)))))).))).............)))))...)))))))))))))]]]]]]]]..)))))(((((.((((((............))))))..........(((((........))))).(((((((((.......(((((((...)))))))...........)))))))))..(((((....]]]]]].........)))))....)))))....)))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((........((((..((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((..((((.((....))((((....(((....)))....))))....))))...((((((((((((((..(((......(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))....)))))))))))))))))..)))....)))).[[[[[.)))...((((...((((((....((...(((...(((((........))))).))))).))))))...((((((((...)))))).))...(((((...(((......(((.....))).)))...)))))....))))..]]]]]...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....(((((...(((.(((((..((((((....))))))..))))).)))((((......))))...(((((....)))))................(((((.((.(((((((((((((((...........((((....))))((((...................(((((((....)).))))).))))...(((.......)))...))))))))))))))))).))))).)))))((((..((((((............)))))).....)))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))..(((.....)))...............................)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((......((((..((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((..((((.((....))((((....(((....)))....))))....))))...((((((((((((((..(((......(((((.....(..((((........((...))....((((((.......)))))).))))..).....)))))....)))))))))))))))))..)))....)))).(((((.(((...((((..(..(.((((.(((.........(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))....))).)))))..)..)))).(....)..))).)))))....)))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((........((((..((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((..((((.((....))((((....(((....)))....))))....))))...(((((((((((((((..((......(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))....)))))))))))))))))..)))....)))).(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..))))))))).....)).(((((.....))...((.....))...........))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........((((.(....(((((..((((((....))))))..))))).).))))..((((..(((.((((((((....(((....)))....))))....(((....((((((((((((((..(((......(((((.....(..((((....((..((...))..))((((((.......)))))).))))..).....)))))....))))))))))))))))).))))))).)))..))))..)))....(((((((((.((((......))))....))))))....(((((((((((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))....(((((..(.((.....)).)....)))))))))).)))))..)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((...((......))((((.(.((((((((((((((..(((((.((........)).)))))..((((((..))))))((((.(........))))).(((((((((((((((((((..((((.((..))((((...)))).((((......))).).......(((((((....).))))))((((((((..))).))))))..))))))))))))))))).)))))(((((((((((((.((((((((........))))))))....)))))).).))))))..)))))))))).))))...).))))(((((((...)))))))(((((.((((.((((((................)))).)))))))))))..))).))))(((.(...))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................(((((..((((((....))))))..)))))...............................(((....)))...................((((((((((((((...((......(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))....)).)))))))))))))).........................................................................(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))...................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........((((......(((((..((((((....))))))..)))))...))))..((((..(((.....((((....(((....)))....))))......(((..((((((((((((((..(((......(((((........((((........((...))....((((((.......)))))).))))........)))))....)))))))))))))))))...)))...)))..))))..)))...((((..(.(..((((.(((.........(((((........))))).(((((((((.(((..((((((((...)))))).))....)))..)))))))))....))).))))..))..))))..(((..(((...........)))..)))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.((((.....))))....((((....)))).((((....)))).(((......)))))).(((((....)))))....((((..........)))).(((((.....((((....))))......((((....))))...........)))))..(((..((((((.......)))))).((((.........)))).(((((((...........)))))))......(((............)))...((((.((((......))))...(((((........)))))....)))).))).(((((..(((.....))).((((.....((((......))))..((((...........)))).....))))............)))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((..((((.....))))..((((((....))))))(((....))).((((......))))...(((((....)))))....((((..aaaa....))))...(((AAAA.((((....))))......((((....)))).)))......)))).(((((...((((((.......)))))).((((.........))))[[[[[[[[..)))))....]]]]]]]]...(((((......{{{...)).........((((}}}...))))......(((....)))((((.....))))...bbbbbbb(((((.....))))).....(((.(((..<<<<)))..(((.....)))......>>>>....))).))).........BBBBBBB.